7 panen tanaman pertanian, mengontrol penyakit dan hama tanaman, adaptasi
tanaman terhadap lingkungan yang kurang menguntungkan serta untuk kegiatan penghutanan lahan kembali. Ekploitasi cendawan endofit untuk tujuan-tujuan di
atas dapat dilakukan dengan dua cara yaitu menggunakan cendawan endofit yang secara alami sudah terbukti memberikan keuntungan bagi tanaman inang dan
melalui kolonisasi jaringan tanaman oleh cendawan yang diduga memiliki ciri-ciri yang diinginkan Maciá-Vicente et al. 2009; Bhagobaty et al. 2010.
2.3 Kolonisasi Cendawan pada Akar
Kolonisasi cendawan dapat didefinisikan sebagai suatu keadaan dimana cendawan berada dalam tubuh inang untuk jangka waktu tertentu Casadeval
Pirovski 2000. Barker et al. 1998 menyatakan bahwa inisiasi awal simbiosis cendawan mikoriza dengan inangnya ditandai dengan pelekatan cendawan pada
jaringan inang. Umumnya cendawan mikoriza melekat pada jaringan inang melalui apresoria cendawan vesikula arbuskulaVAM atau dengan hifa
ektomikoriza. Tahapan ini dilanjutkan dengan kolonisasi bagian internal sel dan perkembangan hifa intraselular hanya cendawan VAM.
Prekolonisasi cendawan VAM dimulai dengan perkecambahan spora dalam air menghasilkan hifa aseptat. Pertumbuhan hifa tidak berlanjut tanpa keberadaan
akar atau eksudat akar. Perkecambahan spora dipengaruhi oleh senyawa kimia yang dihasilkan akar. Senyawa kimia yang bertindak sebagai sinyal pemicu
respon hifa atau spora cendawan adalah berbagai senyawa fenolik dan isoflavonoid yang umum terbentuk akibat interaksi tanaman-mikroba Barker et
al. 1998. Struktur khas cendawan VAM yang dibentuk secara interselular adalah
arbuskula dan vesikula. Arbuskula adalah percabangan dikotomus yang intensif dari hifa intraselular dan berperan dalam transfer nutrisi antara cendawan dan
tumbuhan. Vesikula dibentuk secara intra dan interseluler. Struktur ini berfungsi sebagai cadangan makanan bagi cendawan. Varma et al. 1999 menyatakan
bahwa cendawan mutualistik akar non mikoriza Pirimospora indica mengkolonisasi akar melalui pembentukan apresorium saat terjadi kontak dengan
akar tumbuhan inang. Setelah itu dilanjutkan dengan kolonisasi interseluler di
8 dalam korteks melalui pembentukan struktur percabangan dan koil atau struktur
menyerupai klamidospora. Namun pada cendawan mutualistik akar non mikoriza tidak terjadi pembentukan arbuskula.
2.4 Analisis Proses Kolonisasi Cendawan pada Akar Tanaman
Proses kolonisasi cendawan pada akar tanaman dapat dipelajari dengan menggunakan beberapa metode. Beberapa metode yang sering digunakan
diantaranya adalah metode pewarnaan akar, metode biokimiawi dan metode molekular. Dua metode terakhir membutuhkan biaya yang cukup besar dan waktu
preparasi yang relatif lama sehingga tidak digunakan secara rutin. Mewarnai akar dan pengamatan mikroskopis merupakan metode standar yang banyak digunakan
sampai sekarang Vierheilig et al. 2005. Brundrett 2004 menyatakan bahwa teknik pewarnaan akar dan pengamatan
mikroskop tidak saja dapat memberikan data tingkat kolonisasi cendawan pada akar secara akurat tetapi juga mampu memperlihatkan keberadaan struktur kunci
seperti arbuskula yang penting dalam penentuan ciri morfologi cendawan yang berasosiasi dengan tanaman inang. Untuk tujuan pengamatan ciri morfologi,
material akar perlu diproses sedemikian rupa agar ciri morfologi yang ingin diamati dapat dengan mudah terdeteksi.
Pengamatan simbiosis cendawan dengan akar tanaman dapat dilakukan menggunakan metode non destruktif dan destruktif. Metode non destruktif
mungkin dilakukan dalam keadaan tertentu. Metode ini dapat dilakukan dengan beberapa cara seperti pengamatan langsung dibawah mikroskop cahaya,
mikroskop epiflouresens dan mikroskop pemindai laser konfokal confocal laser- scanning microscopy Vierheilig et al. 2005; Maciá-Vicente et al. 2009.
Pengamatan menggunakan mikroskop pemindai elektron SEM dilakukan untuk tujuan mendapatkan hasil observasi dengan detail yang lebih baik daripada
mikroskop cahaya. Metode destruktif terdiri dari pewarnaan vital dan non vital. Pewarnaan vital
menggunakan aktivitas enzim-enzim spesifik cendawan untuk visualisasi jaringan cendawan yang metabolismenya aktif, sementara itu pewarnaan non vital
dipergunakan untuk mewarnai keseluruhan jaringan cendawan.
9 Teknik pewarnaan non vital merupakan teknik yang paling sering digunakan
untuk visualisasi cendawan pada akar tanaman. Struktur cendawan biasanya tidak nampak karena terhalang oleh pigmen alami tanaman dan isi sel. Oleh karena itu,
diperlukan prosedur untuk menghilangkan pigmen yang ada pada dinding sel tanaman dan mengeluarkan isi sel Gardner 1975. Struktur cendawan yang
terdapat dalam akar setelah proses penjernihan kemudian diikat oleh zat warna. Zat warna ini biasanya diaplikasikan dalam larutan asam yang mengandung asam
laktat, gliserin dan air Brundrett et al. 1984.
2.5 Dark Septate Endophyte DSE
