29 29
tidak rusak waktu pemanasan untuk memisahkan rantai DNA. Sehingga tidak perlu menambahkan DNA polymerase baru untuk setiap siklus, proses PCR menjadi lebih
sederhana dan efisien. Salah satu dari DNA polymerase yang termostabil diambil dari bakteri
Thermus aquaticus dan disebut Taq. Taq polymerase di gunakan secara luas pada praktek PCR dewasa ini. Satu kekurangan Taq adalah kadang-kadang membuat
kesalahan ketika mengkopi DNA, menyebabkan terjadi mutasi kesalahan pada susunan DNA.
Polymerase lain, yang disebut Pwo atau Pfu, diambil dari Archaea, mempunyai mekanisme koreksi pada kesalahan dan dapat mengurangi secara
signifikan jumlah mutasi yang terjadi dalam proses mengkopi susunan DNA. Kombinasi Taq dan Pfu sekarang ini terbukti lebih teliti dan akurat dalam
amplifikasi DNA Sudjadi, 2008.
II.6.2. Penggunaan PCR PCR digunakan untuk mengamplifati rantai pendek pada bagian tertentu dari
rantai DNA. Proses PCR biasanya hanya dapat mengkopi hingga 10 Kb kb=kilobase
pairs=1000 base pairs. Metode PCR tertentu dapat mengkopi hingga 40 Kb, yang
mana masih sangat kurang dibandingkan dengan kromosom DNA sel eukaryotic, contohnya sel manusia berisi kira-kira 3 milyar pasang basa.
Dalam prakteknya, PCR membutuhkan beberapa komponen, yaitu: 1.
DNA template, merupakan bagian fragmen DNA yang akan diamplifikasi.
p d f Machine
A pdf w rit er t hat produces qualit y PDF files w it h ease
Produce quality PDF files in seconds and preserve the integrity of your original docum ents. Com patible across nearly all Windows platform s, sim ply open the docum ent you want to convert, click “print”, select the
“ Broadgun pdfMachine printer” and that’s it Get yours now
Universitas Sumatera Utara
30 30
2. Two primer, merupakan bagian tertentu untuk memulai dan mengakhiri
fragmen yang akan diamplifikasi. 3.
DNA polymerase, merupakan enzim yang digunakan untuk mengkopi DNA. 4.
Nukleotida, di mana DNA polymerase membangun DNA baru. 5.
Buffer, yang memberikan lingkungan kimia yang cocok untuk DNA polymerase.
Reaksi PCR dilaksanakan dalam thermocycler, di mana mesin PCR memanaskan dan mendinginkan tabung-tabung reaksi yang ada di dalamnya pada
suhu tertentu yang dibutuhkan untuk setiap tahap reaksi Sopian, 2006; Sudjadi, 2008.
II.6.3. Primers
Fragmen DNA yang akan diamplifikasi ditentukan oleh primers yang dipilih. Primers adalah potongan rantai DNA artifisial, tidak lebih dari 50 nukleotid. Oleh
karena DNA biasanya mempunyai rantai ganda, panjangnya diukur dalam pasang basa. Panjang rantai tunggal DNA diukur dalam basa atau nukleotid, yang mana
merupakan pasangan yang tepat dari bagian awal dan akhir fragmen DNA yang akan diamplifikasi. Primers melekat pada DNA template dibagian awal dan akhir, dimana
DNA polymerase mengikat dan memulai sintesis rantai DNA baru Sudjadi, 2008.
II.6.4. Prosedur
