1 akuarium dengan contoh air saja, 2 akuarium dengan contoh air dan sedimen, tanpa pencampuran, 3 akuarium dengan contoh air dan sedimen dengan
pencampuran. Masing-masing perlakuan mewakili dua stasiun pengambilan sampel dengan tiga ulangan. Selain itu dilakukan pula pengamatan terhadap
jumlah total bakteri dan meiofauna yang terdapat di sedimen pada setiap stasiun pengambilan sampel.
Variabel yang ditera pada setiap akuarium adalah DO dan BOD serta temperatur, sedangkan variabel kerja yang diamati adalah besaran kebutuhan
oksigen untuk dekomposisi hingga bahan organik mudah urai di sedimen habis mendekati nol. Disain penelitian ini adalah Nested design rancangan acak
bersarang .
3.3.2 Pengambilan contoh air dan sedimen
Pengambilan contoh air dan sedimen dilakukan pada dua stasiun yang telah ditentukan di bagian estuari Sungai Cisadane. Jumlah contoh sedimen dan
air yang diambil disesuaikan dengan perlakuan yang ada, yaitu sebanyak 100 liter contoh air dan 40.500 cm
3
contoh sedimen di setiap stasiun. Contoh air dikoleksi dengan menggunakan alat pengambil contoh air pada kedalaman sekitar 20 cm
dekat dasar, yaitu seperangkat pompa yang dilengkapi dengan selang. Selanjutnya, contoh air yang telah diambil kemudian dimasukkan ke dalam
jerigen plastik berukuran 20 liter yang telah diberi label. Contoh sedimen diambil dengan Van Veen Grab berukuran 26 cm x13 cm. Contoh sedimen yang
diperoleh dimasukkan ke dalam plastik yang telah diberi label, kemudian dibungkus dengan plastik berwarna gelap dan disimpan ke dalam kotak pendingin
cool box yang telah diberi es batu untuk segera diangkut ke laboratorium. Contoh sedimen yang diperlukan dalam analisis kelimpahan meiofauna, terlebih
dahulu diawetkan dengan formalin 5. Selain itu, di lapangan dilakukan juga pengukuran suhu, salinitas, pH, serta DO.
3.3.3 Pengamatan laboratorium
Pengamatan contoh air dan sedimen di laboratorium dilakukan dengan menggunakan media akuarium yang telah diberi label sesuai dengan stasiun, jenis
perlakuan dan ulangan. Sebelum pengamatan dilakukan, contoh air terlebih dahulu dipanaskan sampai suhu 100
o
C dan kemudian didiamkan selama 5 menit. Contoh sedimen yang telah dikeluarkan dari cool box terlebih dahulu
diaklimatisasi pada suhu ruangan. Untuk perlakuan 1, akuarium hanya diisi dengan contoh air saja. Contoh
air dimasukkan ke dalam akuarium setinggi 20 cm. Untuk perlakuan 2, akuarium terlebih dahulu diisi dengan sedimen setinggi 5 cm kemudian
dimasukkan contoh air secara perlahan setinggi 15 cm, kemudian diaduk. Untuk perlakuan 3, akuarium terlebih dahulu diisi dengan sedimen setinggi 5 cm
kemudian dimasukkan contoh air setelah sebelumnya sedimen dilapisi dengan plastik. Plastik kemudian diangkat secara perlahan dan diupayakan sedimen dan
air tidak tercampur. Untuk menghindari terjadinya penambahan oksigen akibat proses fotosintesis, pengamatan dilakukan di ruang gelap dan semua akuarium
pengamatan dilapisi dengan plastik berwarna hitam Lampiran 16. Penelitian laboratorium dilakukan untuk melihat besaran penggunaan
oksigen disetiap akuarium sampai habis atau mendekati nol akibat proses dekomposisi. Nilai penggunaan tersebut diukur dengan menggunakan metode
titrasi Winkler dan DO meter. Pengukuran DO pada setiap perlakuan dilakukan setiap hari pada jam yang sama. Frekuensi pengukuran akan ditambah pada hari
dimana jumlah oksigen akan habis atau mendekati nol, yaitu tiga kali pengamatan pada pagi, siang, dan sore hari. Selain DO, dilakukan juga pengukuran nilai BOD
pada hari ke- 5 BOD
5
. Suhu pada akuarium disetiap perlakuan diukur dengan menggunakan termometer minimum-maksimum setiap harinya. Pengukuran suhu
minimum-maksimum dilakukan secara acak untuk ulangan yang berbeda pada perlakuan yang sama.
Penelitian penunjang bertujuan untuk mengetahui kepadatan total meiofauna dan kelimpahan total bakteri pada setiap stasiun. Dalam perhitungan
jumlah total meiofauna, metode yang digunakan adalah metode sensus, yaitu dengan menghitung jumlah total meiofauna yang tampak pada luas pandang
mikroskop per volume botol sampel pada perbesaran 10 kali Higgins, 1988. Perhitungan bakteri diukur dengan menghitung jumlah koloni bakteri dengan
metode hitungan cawan. Metode ini dilakukan dengan cara metode tuang.
Caranya adalah dengan mengencerkan sampel menggunakan pengencer buffer larutan fisiologis 0,85 sampai pengenceran yang diinginkan 10
-1
, 10
-2
, 10
-3
, 10
-4
, 10
-5
, 10
-6
, 10
-7
, 10
-8
, 10
-9
. Untuk menumbuhkan total bakteri, digunakan media agar TSA Tryptic Soy Agar. Dari pengencer 10
-5
, pipet 0,1 ml lalu tanam pada media TSA. Setelah itu, cawan petri tersebut diberi nama dan diinkubasi
pada suhu 36,5 °C selama 24-48 jam Fardiaz, 1989 in Muchtar, 2007.
3.4 Analisis data
