BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Optimasi Ekstraksi dan Isolasi DNA
Ekstraksi dan isolasi DNA dilakukan dengan metode CTAB yang dimodifikasi untuk mendapatkan DNA yang cukup murni. Ekstraksi DNA
dilakukan pada bagian kayu gubal. Hal ini mengacu pada penelitian Kholik 2008, diperoleh bahwa DNA pada bagian kayu gubal lebih banyak dibandingkan
bagian kayu teras. Bagian kayu gubal adalah bagian sel-sel kayu yang masih aktif tumbuh serta belum banyak mengandung senyawa polifenol dan senyawa
metabolit sekunder lainnya, sehingga diharapkan DNA yang diperoleh lebih banyak. Hasil ekstraksi DNA pada kayu dapat dilihat pada Gambar 11.
Keterangan: 1= Ada pita hasil optimasi ekstraksi DNA, 0= Tidak ada pita hasil optimasi ekstraksi DNA
Gambar 11 Contoh hasil ekstraksi DNA pada contoh uji kayu. Hasil ekstraksi DNA seperti pada Gambar 11 menunjukkan DNA kayu jati
sangat tipis dan relatif masih kotor. DNA kayu yang tipis disebabkan karena dalam kayu sendiri terkandung sifat degraded-DNA yaitu DNA yang telah
terdegradasi tidak tersebar merata pada semua jaringan kayu. Hasil ekstraksi yang kotor ini masih banyak mengandung klorofom, kandungan fenol yang tinggi,
alkohol ataupun kontaminasi protein, polisakarida dan RNA. Perbandingan pengenceran yang dilakukan adalah 100x 99 µL aquabidest : 1 µL DNA.
1 0 0 0 0 0 1 0 1 1
1 1
1 1
1 1
1 0 1 1 0 0
Perbandingan pengenceran yang dilakukan mengacu pada penelitian sebelumnya yaitu Kholik 2008 dan Purnamasari 2008, yaitu pengenceran 100x
menghasilkan DNA amplifikasi yang relatif optimal.
4.2 Optimasi PCR-RAPD Polymerase Chain Reaction Random Amplified Polymorphic DNA
Kegiatan PCR dilakukan dengan menggunakan primer OPO 10, OPO 14, OPY 13 dan OPY 20. Primer ini telah digunakan sebelumnya untuk megetahui
variasi genetik pada kayu jati di Jawa. DNA yang digunakan adalah hasil ekstraksi contoh uji kayu pada bagian kayu gubal yaitu kayu tunggak 20 contoh uji dari
Purwakarta dan 11 contoh uji dari Ciamis, kayu di TPK 20 contoh uji dari Purwakarta dan 11 contoh uji dari Ciamis, kayu curian 7 contoh uji dan kayu
industri 12 contoh uji yang berasal dari Ciamis. Hasil ampilifikasi DNA dengan primer OPO 14 dapat dilihat pada Gambar 12. Hasil ampilifikasi DNA dengan
PCR dengan primer OPO 10, OPY 13 dan OPY 20 disajikan pada Lampiran 1. Amplifikasi DNA dengan 4 primer OPO 14, OPO 10, OPY 13 dan OPY
20 pada kayu tunggak, kayu di TPK, kayu curian dan kayu industri yang telah dilakukan menghasilkan fragmen yang bervariasi tergantung pada jenis primer
yang digunakan. Ukuran fragmen yang dihasilkan berkisar antara 100bp sampai lebih dari 1000bp, dengan jumlah fragmen berkisar antara 1 hingga 7 pita untuk
kayu tunggak, kayu di TPK, kayu curian dan kayu untuk industry penggergajian. Jumlah lokus yang dihasilkan untuk masing-masing primer berbeda. Lokus
terbanyak ditemukan pada primer OPO 10 sebanyak 18 lokus.
M P5 P4 P3 P2 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 M P21 P20 P19 P18 P17 P16 P15 P14 P13 P12 P11 P10 P9 P8 P7 P6
1000bp 300 bp
a
21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 M M C7 C6 C5 C4 C3 C2 C1 22
1000bp
200 bp
b
I12 I11 I10 I9 I8 I7 I6 I5 M M I4 I3 I2 I1
1000bp
300 bp
Keterangan: a= Contoh uji jati Purwakarta, P1-P21= Purwakarta tunggak, 2-21= Purwakarta TPK; b= Contoh uji jati Ciamis, 1-6 dan 13-17= Ciamis tunggak, 7-12 dan 18-22
= Ciamis TPK, C1-C7= Kayu curian, I1-I12= Kayu industri Ciamis, M= Marker
Gambar 12 Hasil PCR primer OPO 14.
Tidak semua pita menunjukkan kualitas yang bagus yang dihasilkan oleh masing-masing primer, utamanya pada primer OPO 10 untuk contoh uji kayu
industri Lampiran 1. Ada beberapa pita yang kurang jelas yang kemudian menimbulkan keraguan dalam menginterpretasikan dan menganalisis pita.
Beberapa faktor yang mungkin menyebabkan hal ini, yaitu kurang murninya DNA genom yang digunakan, proses pengenceran, dan komposisi bahan-bahan yang
kurang tepat. Menurut Suryanto 2003, konsentrasi DNA contoh, ukuran panjang primer, komposisi basa primer, konsentrasi ion Mg dan suhu hibridisasi primer
harus dikontrol dengan hati-hati agar dapat diperoleh pita-pita DNA yang utuh dan baik.
4.3 Interpretasi dan Analisis Data 4.3.1 Lacak Balak Kayu Tunggak dan Kayu TPK Per Populasi
Kategori