biaya, sementara studi penurunan sifat untuk penanda ini sulit dilakukan atau bahkan tidak mungkin dilakukan, jumlah lokus polimorfik rendah dan
heterozigositas tidak dapat diukur disebabkan oleh dominasi dari alel-alel tertentu. 4.
Isoenzim Isoenzim atau isozim adalah enzim-enzim yang mengkatalisa reaksi
metabolisme biokimia yang sama. Isoenzim pada jenis pohon hutan tropis telah dipelajari secara mendalam sejak awal tahun 70-an pada abad lalu dan sampai
sekarang masih merupakan gen penanda terpenting untuk jenis pohon hutan. Polimorfisme isozim sejauh ini adalah alat yang terpenting dan paling banyak
digunakan dalam analisis berbagai aspek dan sistem genetik pohon hutan tropis. 5.
Penanda DNA Akhir-akhir ini penelitian menggunakan DNA secara langsung telah
banyak berkembang. Keuntungan dari penanda DNA adalah kemungkinan bekerja dengan jumlah penanda yang tidak terbatas. Tinggi atau rendahnya variasi dari
penanda-penanda spesifik dapat dipilih berdasar pada tujuan dari studi. Penanda DNA dapat dibedakan menjadi RFLPs Restriction Fragment Length
Polymorphisms , RAPD Random Amplified Polymorphic DNA, mikrosatelit dan
AFLP Amplified Fragment Length Polymorphisms. Pengembangan jenis-jenis penanda molekuler baru berdasarkan pada PCR mengalami kemajuan yang pesat.
Di masa mendatang, kepentingan penanda-penanda DNA juga akan meningkat untuk penelitian genetik pada tumbuhan hutan tropis. Penanda molekuler berbasis
pada teknik Polymerase Chain Reaction PCR telah menghasilkan metode yang lebih obyektif untuk analisis keragaman DNA.
2.3 RAPD Random Amplified Polymorphic DNA
RAPD Random Amplified Polymorphic DNA merupakan salah satu metode yang sering digunakan untuk analisis profil DNA genom. Teknik RAPD
ini merupakan suatu metode analisis DNA genom dengan cara melihat pola pita DNA yang dihasilkan setelah DNA genom diamplifikasi menggunakan primer
acak. Metode ini didasarkan atas teknik reaksi polimerasi berantai PCR Rohaeni 2007.
Penanda RAPD dihasilkan melalui proses amplifikasi DNA dengan menggunakan primer tunggal atau sekuen nukleotida pendek 10-20 base pair
yang sekuennya dibuat secara acak Wiliams et al. 1990. Teknik RAPD dilakukan dengan menggunakan primer-primer pendek biasanya 10 base pair
dari suatu sekuensi yang dipilih secara bebas dan mengamplikasikan bagian dari DNA total yang tidak diketahui. Amplifikasi dari potongan-potongan tergantung
pada ada atau tidaknya sekuensi komplementer terhadap primer pendek. Fragmen- fragmen DNA biasanya secara langsung dipisahkan pada gel agarose Finkeldey
2005. Teknik RAPD dapat digunakan untuk menentukan keragaman genetik
melalui amplifikasi DNA dengan primer acak tunggal berukuran pendek sekitar 10 susunan basa dalam mesin PCR. Keragaman genetik dapat diamati berdasarkan
pita DNA hasil amplifikasi. Amplifikasi pada mesin PCR memanfaatkan komplementasi basa primer dengan basa DNA cetakan, selanjutnya enzim
polymerase DNA menambahkan dNTP denukleotida untuk pembentukan DNA
yang baru. Proses dalam mesin PCR mengikuti pola sintesis DNA replikasi dalam sel mahluk hidup Innis Gelfand 1990. Komponen-komponen yang
dibutuhkan dalam reaksi ini hampir sama dengan komponen dalam proses replikasi DNA yaitu enzim polymerase DNA, DNA cetakan, basa-basa nukleotida
yang sering disebut dNTP dATP, dCTP, dGTP, dTTP, buffer dengan MgCl
2
dan aqudest
steril Innis Gelfand 1990. RAPD sangat kuat dalam mendeteksi polimorfisme dalam jumlah besar
karena oligonukleotida dari primer dapat mendeteksi semua genom dalam reaksi PCR. Produk dari amplifikasi DNA diskoring berdasarkan ukuran serta
kemunculan pita. Polimorfisme terjadi ketika pita muncul pada suatu induk tetapi tidak pada induk yang lainnya. Sekalipun fragmen homolog terdapat pada induk
lain, akan tetapi menunjukkan pita pada ukuran yang berbeda, hal ini akan diskoring sebagai penanda yang berbeda Dunham 2004.
Metode penanda RAPD mendeteksi polimorfisme DNA yang menggambarkan ada tidaknya amplifikasi pada suatu lokus. Lokus dari penanda
RAPD hanya ada dua tampilan saja yang dapat diobservasi yaitu ada atau tidaknya pita. Oleh karena itu, pada tingkat genotipe alel homozygot dan
heterozygot tidak dapat dibedakan. Alel yang tidak muncul dianggap resesif
terhadap alel yang muncul. Oleh karena itu, penanada RAPD diekspresikan dan diskoring sebagai alel yang dominan Young et al. 2000; Dunham 2004.
2.4 Sertifikasi Lacak Balak Kayu
