Perhitungan chi-kuadrat dilakukan dengan microsoft excel sehingga diperoleh
χ²
hitung
yang kemudian dicocokkan dengan χ²
tabel
pada selang kepercayaan 95 . Adapun hipotesis yang diuji adalah :
H : Struktur alelik 1 dan 0 contoh uji kayu di tunggak sama dengan contoh uji
kayu di TPK. H
1
: Struktur alelik 1 dan 0 contoh uji kayu di tunggak tidak sama dengan contoh uji kayu di TPK.
3.4.3 Analisis Lacak Balak Kayu Tunggak dan Kayu TPK Per Individu
Analisis lacak balak per individu dilakukan dengan membandingkan genotype
masing-masing individu kayu di tunggak dan di TPK. Perbandingan genotype
individu di tunggak dan di TPK didasarkan atas adanya lokus penanda pada primer yang digunakan. Lokus yang digunakan sebagai lokus penanda
adalah lokus yang memiliki intensitas dan kontuinitas kemunculan yang lebih tinggi dibanding yang lainnya. Minimal 60 struktur genotype dari masing-
masing pasangan individu kayu yang diujikan tunggak dan TPK harus sama. Apabila 33 dari populasi yang diujikan memiliki kesamaan struktur genotype,
maka dianggap semua pasangan individu kayu pada populasi yang diujikan sealiran Certisource 2008.
Analisis ini hanya dilakukan pada lokus tertentu yang merupakan lokus penanda karena metode RAPD merupakan suatu metode yang mengamplifikasi
DNA secara acak dengan ukuran pita yang sangat bervariasi untuk masing-masing individu untuk suatu primer yang digunakan. Oleh karena itu, masing-masing
individu akan memiliki pola pita yang berbeda tergantung pada DNA genom individu yang sekuennya sama dengan sekuen primer yang digunakan.
3.4.4 Pendugaan Asal Kayu Curian dan Kayu Industri Penggergajian
Hasil perhitungan baik data primer hasil skoring kayu curian dan kayu industri maupun data sekunder kemudian dianalisis dengan menggunakan
software POPGENE Versi 32. Pengelompokan kerabat dilakukan berdasarkan
metode Unwieghted Pair Grouping with Arithmatic Averaging UPGMA Nei 1973, diacu dalam Yunanto 2006 dengan software Numerical Taxonomy and
Multivariate Analysis System NTSys Versi 2.01. Parameter variasi genetik
berupa analisis klasterkelompok dan jarak genetik yang diperoleh dari pengolahan data, kemudian digunakan untuk menduga asal kayu curian dan kayu
yang digunakan untuk industri penggergajian.
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Optimasi Ekstraksi dan Isolasi DNA
Ekstraksi dan isolasi DNA dilakukan dengan metode CTAB yang dimodifikasi untuk mendapatkan DNA yang cukup murni. Ekstraksi DNA
dilakukan pada bagian kayu gubal. Hal ini mengacu pada penelitian Kholik 2008, diperoleh bahwa DNA pada bagian kayu gubal lebih banyak dibandingkan
bagian kayu teras. Bagian kayu gubal adalah bagian sel-sel kayu yang masih aktif tumbuh serta belum banyak mengandung senyawa polifenol dan senyawa
metabolit sekunder lainnya, sehingga diharapkan DNA yang diperoleh lebih banyak. Hasil ekstraksi DNA pada kayu dapat dilihat pada Gambar 11.
Keterangan: 1= Ada pita hasil optimasi ekstraksi DNA, 0= Tidak ada pita hasil optimasi ekstraksi DNA
Gambar 11 Contoh hasil ekstraksi DNA pada contoh uji kayu. Hasil ekstraksi DNA seperti pada Gambar 11 menunjukkan DNA kayu jati
sangat tipis dan relatif masih kotor. DNA kayu yang tipis disebabkan karena dalam kayu sendiri terkandung sifat degraded-DNA yaitu DNA yang telah
terdegradasi tidak tersebar merata pada semua jaringan kayu. Hasil ekstraksi yang kotor ini masih banyak mengandung klorofom, kandungan fenol yang tinggi,
alkohol ataupun kontaminasi protein, polisakarida dan RNA. Perbandingan pengenceran yang dilakukan adalah 100x 99 µL aquabidest : 1 µL DNA.
1 0 0 0 0 0 1 0 1 1
1 1
1 1
1 1
1 0 1 1 0 0
