Biro Administrasi, yaitu Biro Administrasi Umum BAU dan Biro Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan BAAK.
Selain melaksanakan Program SI sebelumnya Sarjana Muda dan Sarjana, IKIP Sanata Dharma juga dipercaya pemerintah untuk
menngelola Program Diploma I, II dan III untuk Jurusan Matematika, Fisika, Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris, IPS dan PMP. Berbagai
Program Diploma ini ditutup pada tahun 1990 dan selanjutnya dibuka Program Diploma II PGSD Pendidikan Guru Sekolah Dasar.
4. Universitas Sanata Dharma 1993 – sekarang
Akhirnya untuk menyesuaikan diri dengan tuntutan dan kebutuhan masyarakat serta kemajuan jaman, tanggal 20 April 1993 sesuai dengan
SK Mendikbud No. 46 D O 1993 IKIP Sanata Dharma dikembangkan menjadi Universitas Sanata Dharma atau lebih dikenal denngan nama
USD. Setelah Sanata Dharma menjadi Universitas, Jurusan dan Program Studi yang berada di dalam FKIP tetap berstatus ”disamakan” sesuai
dengan SK Dirjen Dikti No. 266 Dikti Kep 1993, tertanggal 10 Mei 1993. Selanjutnya, berdasarkan peraturan baru semua Program Studi di
lingkungan FKIP USD tetap terakreditasi sesuai dengan SK Mendikbud No. 78 D O 1997, tertanggal 17 November 1997.
Dengan perkembangan ini USD diharapkan tetap dapat memajukan sistem pendidikan guru sekaligus berpartisipasi dalam memperluas
wawasan ilmu pengetahuan dan teknologi. Setelah berkembang menjadi Universitas, Sanata Dharma terdorong untuk memperluas muatan
program pendidikannya. Di samping tetap mempertahankan pendidikan guru dengan tetap membuka FKIP Fakultas Keguruan dan Ilmu
Pendidikan, Sanata Dharma membuka beberapa Fakultas baru. Universitas Sanata Dharma sekarang memiliki 8 Fakultas dengan 25
Program Studi, 3 Program Pasca Sarjana, 1 Program Profesi, dan 3 Program Kursus Bersertifikat. Sekarang ini banyak hal berkembang di
Universitas Sanata Dharma. Perkembangannya meliputi berbagai aspek, baik sarana fisik gedung, lab, perpustakaan, dan fasilitas fisik lainnya,
administrasi sistem informasi, manajemen, biro lembaga pusat serta unit pendukunng, peningkatan mutu akademik, penelitian, pengajaran,
serta pengabdian pada masyarakat.
5. Nama-nama Rektor Sanata Dharma
a. Prof. Dr. N. Driyarkara 1955 – 1967
b. Drs. J. Drost, S. J. 1968 – 1976
c. Prof. Dr. A. M. Kadarman, S. J. 1977 – 1984
d. Drs. F. X. Danuwinata, S. J. 1984 – 1988
e. Drs. A. Tutoyo, M.Sc. 1988 – 1993
f. Dr. M. Sastrapratedja, S. J. 1993 – 2001
g. Dr. Paulus Suparno, S. J. MST 2001 – 2006
h. Dr. Ir. Paulus Wiryono Priyotamtama, S. J., M. Sc sekarang
B. Visi, Misi dan Tujuan Pendidikan USD