16 dengan satu molekul DNA, dapat diperbanyak dua kali lipat DNA dalam satu
siklus suhu denaturation, annealing dan extension. Sekuens primer DNA merupakan faktor kunci yang menentukan berhasil
atau tidaknya suatu PCR, karena primer ini sebagai awal dimulainya proses amplifikasi DNA. Jika primer langsung menempel pada susunan basa nukleotida
pada sekuens DNA, maka proses berikutnya akan mudah bekerja dengan baik. umumnya suatu primer DNA memiliki panjang antara 20-24 pasangan basa
basepairs, baik primer yang berukuran panjang atau pendek keduanya umum digunakan dalam proses PCR Baker dan Birt 2000, diacu dalam Sunandar 2008.
Primer DNA yang digunakan sebaiknya memiliki kesamaan sekuens atau spesifik dengan target template DNA
2.6 Keragaman Genetik
Keragaman genetik merupakan hirarki yang paling rendah dalam tingkatan keragaman hayati. Keragaman hayati mencakup area yang meliputi keragaman
habitat, komunitas, populasi sampai dengan spesies. Keragaman genetik merupakan cerminan keragaman di dalam spesies yang secara umum disebut
subspesies. Terminologi sumber daya genetik diartikan untuk merefleksikan adanya keragaman genetik di dalam satu spesies sampai pada tingkat DNA
Soewardi 2007. Lebih lanjut Soewardi 2007 menyebutkan bahwa keragaman genetik
merupakan bagian dari keragaman hayati biodiversity yang memiliki pengertian yang lebih luas, yakni keragaman struktural dan fungsional dari kehidupan pada
tingkat komunitas dan ekosistem, populasi, spesies dan genetik. Oleh karena itu dalam rangka mempertahankan keragaman hayati, sumberdaya genetik memiliki
peran penting karena semakin beragam sumberdaya genetik, akan semakin tahan populasi tersebut untuk hidup dalam jangka yang lama serta semakin tinggi daya
adaptasi terhadap perubahan lingkungan semakin besar. Disamping itu, keragaman genetik juga merupakan kunci penting dalam memelihara
keberlanjutan dan meningkatkan produktivitas dari suatu spesies. Menurut Sumantadinata 1982 keragaman genetik antar populasi
merupakan hasil interpretasi dari isolasi secara fisik dan terhalang secara ekologis,
17 terpisah jauh secara geografis atau pengaruh tingkah laku seperti migrasi dan
waktu memijah. Secara umum keragaman genetik suatu populasi akan mempengaruhi respon populasi terhadap seleksi alam dan seleksi buatan yang
dilakukan oleh manusia untuk memenuhi kebutuhannya. Populasi dengan keragaman genetik yang tinggi memiliki peluang hidup yang lebih baik. Hal ini
dikarenakan setiap gen memiliki respon yang berbeda-beda terhadap kondisi lingkungan, sehingga dengan dimilikinya berbagai macam gen dari individu-
individu di dalam populasi maka berbagai perubahan lingkungan yang ada akan dapat direspons lebih baik. Beberapa studi menunjukkan bahwa karakteristik
genetik suatu populasi ikan di alam pada umumnya menunjukkan adanya heterogenitas spasial, bahkan pada jarak yang sangat dekat Ryman dan Utter
1987. Pembentukan struktur genetika populasi suatu jenis ikan dipengaruhi
berbagai faktor. Faktor-faktor tersebut dapat menambah maupun mengurangi keragaman genetik. Faktor-faktor yang menyebabkan penambahan gen atau
meningkatkan keragaman genetik antara lain faktor mutasi dan imigrasi, sedangkan faktor-faktor yang menurunkan keragaman genetik antara lain seleksi
alami dan penghanyutan genetik genetic drift Gardner et al. 1991, diacu dalam Soewardi 2007. Menurut Soelistyawati 1996, keragaman genetik juga
dipengaruhi oleh perpindahan materi genetik antar dua populasi yang berbeda tempat.
Ada beberapa metode untuk mengukur keragaman genetik di dalam suatu atau antar populasi. Menurut Chambers dan Bayless 1983 diacu dalam Imron
1998, ada tujuh cara yaitu pengukuran asam inti, sekuensing protein, elektroforesis, imunologi, kromosom, hubungan antar lokus, morfometrik dan
studi breeding; sedangkan menurut Allendorf dan Phelp 1981 diacu dalam Imron 1998 cara untuk menduga keragaman genetik populasi adalah dengan
metode biometrik yaitu keragaman karakter fisiologis atau morfologis yang terukur seperti bobot, panjang, umur kematangan, ketahanan terhadap penyakit,
toleransi salinitas, metode studi kromosom dan marka genetik biokimia. Powers 1991 mengajukan cara protein pengkode lokus elektroforesis dan pendeteksian
keragaman genetik melalui metode asam inti. Metode-metode yang dimaksud
18 adalah DNA mitokondria, DNA figerprinting, amplifikasi DNA dengan PCR dan
sekuensing protein dan DNA mikrosatelit. Metode untuk mengukur keragaman genotip yang sekarang ini banyak digunakan oleh para ahli genetika salah satunya
adalah DNA mitokondria. Pengukuran tingkat DNA ini mempunyai hasil yang lebih akurat Ryman dan Utter 1987.
2.7 Pengukuran Jarak Genetik
