Keragaman Haplotipe Haplotype Diversity

30 berbeda situs restriksi. Tipe B dominan ditemukan pada semua kelompok sampel. Tipe C hanya ditemukan di kelompok sampel 1, tipe D di kelompok sampel 4 dan tipe E di kelompok sampel 5. Enzim Mbo I menghasilkan 2 hingga 4 tipe restriksi, dimana tipe A dominan di semua kelompok sampel. Dua tipe restriksi yang sama yaitu tipe A dan C ditemukan pada kelompok sampel 2 dan 5, tiga tipe restriksi pada kelompok sampel 1 dan 4, namun berbeda situs restriksi, dan empat tipe restriksi hanya pada kelompok sampel 3. Enzim Hin6 I menghasilkan dua tipe restriksi yang sama pada kelompok sampel 1 dan 2, dan tiga tipe restriksi yang sama pada kelompok sampel 3, 4 dan 5. Tipe B dominan hampir ditemukan pada semua kelompok sampel, kecuali pada kelompok sampel 2. Hasil pemotongan yang menunjukkan ukuran panjang fragmen berbeda akan memberikan tipe pemotongan haplotipe yang berbeda pula. Tipe pemotongan yang berbeda pada setiap individu dalam suatu populasi maupun antara populasi dapat disebabkan oleh terjadinya pergantian, penambahan atau hilangnya basa tertentu pada urutan pasangan basa D-Loop mtDNA-nya sehingga enzim tertentu tidak memotong pada situs yang sama. Hal ini mengakibatkan terjadinya pergeseran situs pemotongan. Dengan demikian dapat dikatakan bahwa terdapat perbedaan urutan pasangan basa pada individu yang mempunyai tipe pemotongan basa yang berbeda. Hal ini mengindikasikan adanya keragaman genetik di dalam populasi dan antara populasi.

4.2.2 Keragaman Haplotipe Haplotype Diversity

Hasil pemotongan produk PCR dengan menggunakan empat enzim restriksi menghasilkan 23 komposit haplotipe mtDNA D-Loop region. Tipe komposit haplotipe yang diperoleh tersaji pada Tabel 11. Setiap enzim memiliki tipe restriksi tipe pemotongan yang berbeda. Analisis komposit haplotipe menghasilkan 23 komposit haplotipe pada seluruh kelompok sampel. Jumlah terendah yang diamati adalah pada kelompok sampel 5 7 komposit haplotipe, sedangkan jumlah tertinggi terdapat pada kelompok sampel 1 12 komposit haplotipe. Nilai keragaman haplotipe bervariasi 31 antara 0,5578 kelompok sampel 5 hingga 0,8136 kelompok sampel 4 Tabel 11 dan Lampiran 1. Tabel 11 Distribusi frekuensi menurut tipe komposit haplotipe pada lima kelompok sampel ikan tuna mata besar Frekuensi haplotipe No Tipe komposit haplotipe Total Kelompok sampel 1 Kelompok sampel 2 Kelompok sampel 3 Kelompok sampel 4 Kelompok sampel 5 1 AAAA 1 0,02 - - - - 2 BBAB 86 0,50 0,54 0,27 0,30 0,65 3 ABAB 33 0,14 0,05 0,43 0,24 - 4 BAAB 4 0,04 0,03 - - 0,03 5 BBAA 14 0,14 0,08 - 0,03 0,10 6 BABA 1 0,02 - - - - 7 BBCA 3 0,02 - - 0,03 0,03 8 BBCB 16 0,04 0,15 0,05 0,12 0,06 9 ABCB 4 0,02 - 0,08 - - 10 BBBA 3 0,02 - 0,05 - - 11 CBAA 1 0,02 - - - - 12 BCAA 1 0,02 - - - - 13 BAAA 5 - 0,08 0,05 - - 14 ABAA 5 - 0,03 - 0,12 - 15 BBAC 5 - 0,03 0,03 - 0,10 16 ABAD 1 - 0,03 - - - 17 BADA 1 - - 0,03 - - 18 CBEB 1 - - - 0,03 - 19 BDAA 1 - - - 0,03 - 20 DBAA 1 - - - 0,03 - 21 DBAB 1 - - - 0,03 - 22 BAAC 1 - - - 0,03 - 23 BEAB 1 - - - - 0,03 Jumlah sampel sirip ekor 190 50 39 37 33 31 Jumlah tipe komposit haplotipe 12 9 8 11 7 Keragaman haplotipe 0,7048 0,6693 0,7232 0,8136 0,5578 Komposit haplotipe BBAB tertinggi ditemukan pada kelompok sampel 5 65, selanjutnya berurutan adalah kelompok sampel 2 54, kelompok sampel 1 50 dan kelompok sampel 4 30, dan komposit haplotipe ABAB 43 pada kelompok sampel 3. Komposit haplotipe BBAB dan BBCB terdistribusi pada semua kelompok sampel, sedangkan ABAB terdistribusi pada empat 32 kelompok sampel yaitu kelompok sampel 1, 2, 3 dan 4. Komposit haplotipe BBAB dan BBCB merupakan haplotipe utama major composite haplotypes karena keduanya terdapat pada lima kelompok sampel, sedangkan ABAB merupakan haplotipe umum common haplotype karena terdapat pada empat kelompok sampel dari lima kelompok sampel. Selain komposite haplotipe utama dan umum, kelima kelompok sampel juga dicirikan dengan komposit haplotipe unik unique composite haplotypes, yaitu komposit haplotipe yang terdapat pada satu kelompok sampel tetapi tidak terdapat pada kelompok sampel yang lainnya. Komposit haplotipe AAAA, BABA, CBAA, BCAA, ABAD, BADA, CBEB, BDAA, DBAA, DBAB, BAAC dan BEAB adalah komposit haplotipe unik yang masing-masing hanya terdapat pada satu kelompok sampel yang berbeda. Komposit haplotipe AAAA, BABA, CBAA dan BCAA hanya ditemukan pada kelompok sampel 1, ABAD hanya ditemukan pada kelompok sampel 2, BADA hanya ditemukan pada kelompok sampel 3, CBEB, BDAA, DBAA, DBAB dan BAAC hanya ditemukan pada kelompok sampel 4 dan BEAB pada kelompok sampel 5. Berdasarkan tipe haplotipe BBAB dan BBCB, yang ditemukan pada semua kelompok sampel, menunjukkan kedekatan secara geografis. Dengan demikian dapat diduga secara genetik kelima kelompok sampel tersebut memiliki asal stok yang sama. Nilai keragaman haplotipe yang diperoleh berkisar dari 0,5578 pada kelompok sampel 5 hingga 0,8136 pada kelompok sampel 4 Tabel 10. Nilai keragaman haplotipe, secara umum sangat tergantung pada ukuran sampel Nei 1981; Tabata dan Mizuta 1997, diacu dalam Rina 2001. Tingkat keragaman genetik, yang ditunjukkan dengan jumlah maupun keragaman haplotipe, pada ikan tuna mata besar yang diamati setara dengan jumlah haplotipe ikan laut lainnya yang berjumlah antara 6-17 dengan nilai keragaman 0,600-0,900 Nugroho, 2001. Hasil penelitian keragaman genetik ikan tuna mata besar yang dilakukan oleh Bremer et al. 1998 di perairan Samudera Atlantik, Samudera Hindia dan Samudera Pasifik menunjukkan bahwa ikan tuna mata besar dari tiga perairan tersebut memiliki 13 komposit haplotipe, dimana pada Samudera Hindia memiliki 5 komposit haplotipe. Begitu pula halnya dengan 33 komposit haplotipe ikan tuna sirip kuning hasil penelitian Permana et al. 2007 dari perairan Bali, Sulawesi Utara dan Maluku Utara memiliki 15 komposit haplotipe. Nilai keragaman genetik haplotipe rata-rata adalah 0,6937. Nilai ini lebih rendah dibandingkan nilai keragaman rata-rata ikan tuna sirip kuning yaitu 0,857 Permana et al. 2007, namun lebih tinggi jika dibandingkan dengan jenis ikan laut perenang cepat lainnya seperti ikan hiu 0,64 Heist 1999, diacu dalam Permana et al. 2007. Graves dan McDowell 1994 diacu dalam Tabata et al. 1997 menjelaskan bahwa keragaman haplotipe keseluruhan mtDNA ikan striped marlin adalah 0,82 dan Avise et al. 1989 diacu dalam Tabata et al. 1997 menyatakan bahwa keragaman haplotipe keseluruhan mtDNA untuk beberapa ikan berada dalam kisaran 0,473-0,998. Relatif tingginya keragaman haplotipe pada ikan tuna mata besar ini memberikan indikasi bahwa keadaan populasinya belum banyak terganggu khususnya kelompok sampel 4 dan 3. Selain itu, keadaan ini juga menunjukkan bahwa ikan tuna mata besar mempunyai tingkat migrasi yang lebih tinggi dibandingkan ikan air laut lainnya sehingga peluang untuk adanya persilangan dengan populasi yang lainnya semakin besar pula Wild 1994, diacu dalam Permana et al. 2007. Keragaman haplotipe terkecil, yaitu 0,5578 terdapat pada ikan tuna mata besar kelompok sampel 5 dan yang tertinggi, yaitu 0,8136 pada kelompok sampel 4. Fenomena ini mengindikasikan bahwa ikan tuna mata besar dari kelompok sampel 5 mempunyai keragaman genetik yang rendah dan memiliki ukuran yang lebih kecil dibandingkan empat kelompok sampel lainnya. Leary et al. 1985 diacu dalam Ayu 2005, menyatakan bahwa rendahnya keragaman genetik akan mengakibatkan munculnya sifat-sifat negatif, antara lain menurunnya pertumbuhan, keragaman ukuran, kestabilan perkembangan organ, tingkat kelangsungan hidup, serta adaptasi terhadap perubahan lingkungannya.

4.2.3 Jarak Genetik