33 komposit haplotipe ikan tuna sirip kuning hasil penelitian Permana et al. 2007
dari perairan Bali, Sulawesi Utara dan Maluku Utara memiliki 15 komposit haplotipe.
Nilai keragaman genetik haplotipe rata-rata adalah 0,6937. Nilai ini lebih rendah dibandingkan nilai keragaman rata-rata ikan tuna sirip kuning yaitu 0,857
Permana et al. 2007, namun lebih tinggi jika dibandingkan dengan jenis ikan laut perenang cepat lainnya seperti ikan hiu 0,64 Heist 1999, diacu dalam
Permana et al. 2007. Graves dan McDowell 1994 diacu dalam Tabata et al. 1997 menjelaskan bahwa keragaman haplotipe keseluruhan mtDNA ikan striped
marlin adalah 0,82 dan Avise et al. 1989 diacu dalam Tabata et al. 1997
menyatakan bahwa keragaman haplotipe keseluruhan mtDNA untuk beberapa ikan berada dalam kisaran 0,473-0,998. Relatif tingginya keragaman haplotipe
pada ikan tuna mata besar ini memberikan indikasi bahwa keadaan populasinya belum banyak terganggu khususnya kelompok sampel 4 dan 3. Selain itu, keadaan
ini juga menunjukkan bahwa ikan tuna mata besar mempunyai tingkat migrasi yang lebih tinggi dibandingkan ikan air laut lainnya sehingga peluang untuk
adanya persilangan dengan populasi yang lainnya semakin besar pula Wild 1994, diacu dalam
Permana et al. 2007. Keragaman haplotipe terkecil, yaitu 0,5578 terdapat pada ikan tuna mata
besar kelompok sampel 5 dan yang tertinggi, yaitu 0,8136 pada kelompok sampel 4. Fenomena ini mengindikasikan bahwa ikan tuna mata besar dari kelompok
sampel 5 mempunyai keragaman genetik yang rendah dan memiliki ukuran yang lebih kecil dibandingkan empat kelompok sampel lainnya. Leary et al. 1985
diacu dalam Ayu 2005, menyatakan bahwa rendahnya keragaman genetik akan
mengakibatkan munculnya sifat-sifat negatif, antara lain menurunnya pertumbuhan, keragaman ukuran, kestabilan perkembangan organ, tingkat
kelangsungan hidup, serta adaptasi terhadap perubahan lingkungannya.
4.2.3 Jarak Genetik
Berdasarkan uji perbandingan nilai Fst antar kelompok sampel dengan menggunakan program TFPGA tercatat bahwa perbedaan terjadi antara kelompok
sampel 1 dengan kelompok sampel 3 dan 4, kelompok sampel 2 dengan kelompok
34 sampel 3 dan 4, kelompok sampel 3 dengan kelompok sampel 4 dan 5 serta
kelompok sampel 4 dengan kelompok sampel 5. Tidak ada perbedaan yang nyata antara kelompok sampel 1 dengan 2 dan 5 serta kelompok sampel 2 dengan
kelompok sampel 5. Hasil uji keragaman antara lima kelompok sampel ikan tuna mata besar dengan metode jarak berpasangan Fst disajikan pada Tabel 12.
Tabel 12 Keragaman lima kelompok sampel ikan tuna mata besar berdasarkan metode jarak berpasangan Fst
Kelompok sampel
1 2 3 4 5 1 -
0,1266
ns
± 0,0174 0,0000
s
± 0,0000 0,0065
s
± 0,0024 0,1479
ns
± 0,0143 2
- 0,0000
s
± 0,0000 0,0139
s
± 0,0045 0,3043
ns
± 0,0151 3
- 0,0223
s
± 0,0065 0,0000
s
± 0,0000 4
- 0,0000
s
± 0,0000 5
-
Keterangan : ns
= tidak beda nyata P0,05 s
= beda nyata P0,05 Jarak genetik dan dendrogram hubungan kekerabatan antar kelompok
sampel filogeni pada lima kelompok sampel ikan tuna mata besar menurut metode UPGMA menggunakan program TFPGA disajikan pada Tabel 13,
Gambar 12 dan Lampiran 2. Makin kecil nilai jarak genetik yang diperoleh, maka makin dekat pula keragaman kedua kelompok sampel tersebut, demikian juga
sebaliknya.
Tabel 13 Jarak genetik antara ikan tuna mata besar
Kelompok sampel
1 2 3 4 5 1
- 0,0596 0,3545 0,1840 0,0589
2 -
0,5145 0,2178
0,0383
3 -
0,1615 0,6621
4 -
0,3261 5
-
Jarak genetik rata-rata antara kelompok sampel ikan tuna mata besar adalah sekitar 0,2572. Ikan tuna mata besar dari kelompok sampel 1 memiliki jarak
35 genetik yang jauh dengan kelompok sampel 3, tetapi memiliki jarak genetik yang
dekat dengan kelompok sampel 2 dan 5. Kelompok sampel 2 memiliki jarak genetik yang jauh dengan kelompok sampel 3, tetapi memiliki jarak genetik yang
dekat dengan kelompok sampel 5. Kelompok sampel 3 memiliki jarak genetik yang jauh dengan kelompok sampel 5, tetapi memiliki jarak genetik yang dekat
dengan kelompok sampel 4. Dari semua kelompok sampel, ikan tuna mata besar dari kelompok sampel 3 dan 5 memiliki jarak genetik terjauh dengan nilai 0,6621,
sedangkan jarak genetik terdekat adalah antara kelompok sampel 2 dan 5 yaitu sebesar 0,0383.
Nilai jarak genetik yang rendah antara kelompok sampel 1 dan 2, 1 dan 5, dan 2 dan 5 menunjukkan kedekatan kelompok sampel-kelompok sampel tersebut.
Diduga ketiga kelompok sampel tersebut secara geografis tidak terbatas antara satu dengan yang lainnya. Keadaan ini menyebabkan proses migrasi dan
pertukaran gen antar kelompok sampel terjadi. Koleksi ikan tuna mata besar dari kelompok sampel 2 dan 5 mempunyai
jarak genetik lebih dekat dibandingkan jarak genetik antara koleksi ikan tuna mata besar dari daerah lainnya. Nilai jarak genetik pada ikan tuna mata besar ini relatif
lebih setara dibandingkan jarak genetik antara ikan dari populasi yang terdiri dari sub-spesies yang sama, seperti pada king fish Nugroho et al. 2001.
Gambar 12 Dendrogram hubungan kekerabatan filogeni lima kelompok sampel ikan tuna mata besar.
2 5
1 3
4 0,400
0,300 0,200
0,100 0,000
36
4.3 Struktur Populasi
