18 adalah DNA mitokondria, DNA figerprinting, amplifikasi DNA dengan PCR dan
sekuensing protein dan DNA mikrosatelit. Metode untuk mengukur keragaman genotip yang sekarang ini banyak digunakan oleh para ahli genetika salah satunya
adalah DNA mitokondria. Pengukuran tingkat DNA ini mempunyai hasil yang lebih akurat Ryman dan Utter 1987.
2.7 Pengukuran Jarak Genetik
Unit stok, sekelompok individu atau sub kelompok dari suatu spesies yang memiliki kesamaan dalam struktur atau pola genetik, dapat dipelajari berdasarkan
frekuensi genetik dari setiap gen yang terlibat dalam ekspresi fenotipik. Pada tingkat molekular DNA ikan laut menunjukkan keragaman genetik walaupun
dalam derajat yang lebih rendah dibanding ikan air tawar baik pada level supraspesifik maupun taksa kelompok individu populasi dan subpopulasi
dimana pada tingkat protein studi allozyme tidak terlihat Suwarso 2002. Berdasarkan sifat polimorfisme DNA mitokondria, keragaman genetik
populasi dapat diketahui oleh dua ukuran divergensi yaitu divergensi di dalam populasi intrapopulasi dan divergensi antar populasi interpopulasi.
Selanjutnya dikatakan oleh Hartl 1980 bahwa divergensi interpopulasi diperoleh berdasarkan parameter jarak genetik genetic distance dan analisis statistik
sampling varian terhadap perbedaan situs restriksi. Jarak genetik merupakan ukuran perbedaan genetik antar populasi karena mutasi, seleksi, persilangan acak
dan penghanyutan gen yang akan mengubah genetic make up populasi; dan migrasi akan menyebabkan terjadinya evolusi.
Keragaman intrapopulasi dinyatakan dengan parameter diversitas haplotipe atau diversitas nukleon h, banyaknya nukleomorf unit polimorfisme pada
nukleon yang terdapat dalam bentuk pola situs restriksi, jumlah rata-rata perbedaan situs restriksi, jumlah segresi situs retriksi atau jumlah situs retriksi
polimorfisme dalam sejumlah sampel nukleon. Nukleon merupakan suatu segmen DNA, identik dengan gen dalam DNA inti, yang dicirikan oleh peta situs restriksi
atau jumlah dan ukuran frgamen DNA Nei dan Tajima 1981. Penggunaan teknik molekuler tingkat DNA menambah dimensi baru dalam
penyusunan filogeni dan reklasifikasi filogeni organisme karena lebih teliti dan
19 akurat, selain itu telah melahirkan interes baru dalam pengujian tentang hipotesis
mekanisme evolusi. Algoritma dasar dalam rekonstruksi pohon filogenetik didasarkan pada asumsi bahwa bila satu gen pada sepasang spesies atau populasi
berevolusi secara clocklike fashion dengan derajat divergensi gen menyimpang selama t generasi, maka diperkirakan gen terpisah dari nenek moyang umumnya
selama ½ generasi Hartl dan Clark 1997, diacu dalam Suwarso 2002. Asumsi ini dipakai dalam menerapkan metode rekonstruksi pohon filogenetik yang
didasarkan pada ukuran jarak genetik. Salah satu metode yang sederhana adalah metode jarak rata-rata
Unweighted Pair-Group Method with Arihmatic Mean, UPGMA method atau disebut metode least square. Dengan asumsi bahwa seluruh sekuen berevolusi
dengan laju sama, metode ini meminimalkan deviasi dari jumlah kuadrat statistik sum of square. Topologi pohon disusun berdasarkan matrik jarak secara
berpasangan pairwise distances matrix, sedang pengklusteran dimulai dari takson yang memiliki jarak genetik terkecil hingga terbesar.
3 METODOLOGI
3.1 Waktu dan Tempat Penelitian
