4 Nugroho et al. 2006, ikan kakap merah Lutjanus malabaricus yang berasal
dari beberapa daerah penangkapan di Pantai Utara Jawa dan Laut Jawa bagian timur Suwarso 2002 dan tuna sirip kuning dari daerah Bali, Maluku Utara dan
Sulawesi Utara Permana et al. 2007 serta ikan lele Famili Claridaee dari wilayah Asia Tenggara Sudarto 2003. Penelitian genetika populasi ikan tuna
mata besar yang berasal dari perairan Samudera Hindia telah dilakukan oleh Appleyard et al. 2002 dan Chiang et al. 2008, namun belum pernah dilakukan
oleh peneliti Indonesia terutama dari perairan Samudera Hindia sebelah selatan Jawa dan Nusa Tenggara yang merupakan perairan daerah-daerah penangkapan
ikan armada tuna longline PT. PSB belum pernah dilakukan. Hal-hal di atas, kiranya yang mendasari perlunya diadakan penelitian
mengenai genetika populasi ikan tuna mata besar hasil tangkapan tuna longline yang didaratkan di Benoa.
1.2 Perumusan Masalah
Klarifikasi tentang struktur populasi di alam merupakan informasi yang penting untuk pengelolaan pendugaan populasi. Pengumpulan informasi atau data
dasar genetik dari suatu spesies merupakan syarat awal yang diperlukan untuk menentukan keragaman variasi genetik atau kekerabatan yang dimiliki. Dengan
diketahuinya keragaman genetik masing-masing spesies, akan sangat membantu baik untuk membuat suatu kebijakan dalam pengelolaan maupun konservasi dari
sumber-sumber genetik di alam, termasuk ikan tuna. Keragaman genetik merupakan suatu informasi penting untuk evaluasi,
dalam jangka pendek, mengenai fitness individu maupun untuk jangka panjang, kelangsungan hidup dari suatu populasi. Terdapat pendapat yang beranggapan
bahwa penyebaran ikan tuna mata besar sangat luas dengan kemampuan migrasi yang tinggi sehingga komoditas ini dianggap sebagai milik umum.
Klarifikasi tentang kondisi populasi ikan tuna mata besar yang ada di perairan Samudera Hindia belum diketahui. Kondisi populasi ikan tuna mata besar
dapat diprediksi melalui pendekatan dengan menggunakan analisis DNA. Dengan dilakukannya hal ini maka akan memberikan informasi yang valid dan membantu
pemerintah dalam pengelolaannya.
5
1.3 Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi keragaman genetik dan struktur populasi ikan tuna mata besar dari perairan Samudera Hindia sebelah
selatan Jawa dan Nusa Tenggara.
1.4 Manfaat Penelitian
Manfaat penelitian ini adalah memberikan informasi mengenai keragaman genetik dan struktur populasi serta terbentuknya data dasar genetik ikan tuna mata
besar dari perairan Samudera Hindia sebelah selatan Jawa dan Nusa Tenggara sehingga dapat dipergunakan sebagai bahan kajian untuk pengelolaannya.
1.5 Hipotesis
Hipotesis yang diajukan adalah terdapat perbedaan secara genotip ikan tuna mata besar hasil tangkapan tuna longline dari perairan Samudera Hindia sebelah
selatan Jawa dan Nusa Tenggara.
1.6 Kerangka Pemikiran
