27
4.2 Keragaman Genetik Ikan Tuna Mata Besar
4.2.1 Amplifikasi dan Pemotongan dengan Enzim Restriksi
Hasil amplifikasi D-Loop mtDNA pada ikan tuna mata besar dengan menggunakan primer Pro-5 CAC GAC GTT GTA AAA CGA CCT ACC YCY
AAC TCC CAA AGC, dan primer 12SAR GGA TAA CAA TTT CAC ACA GGG CAT AGT GGG GTA TCT AAT CC menghasilkan fragmen DNA
berukuran sekitar 1.500 bp base pairs pada semua sampel ikan tuna mata besar Gambar 7.
Gambar 7 Fragmen tunggal mtDNA hasil amplifikasi PCR ikan tuna mata besar. Dengan menggunakan primer ini terlihat hanya ada satu pita DNA pada gel
agaros dengan perkiraan ukuran 1.500 bp. Hal ini mengindikasikan bahwa primer yang digunakan merupakan primer spesifik untuk ikan tuna mata besar.
Keragaman jumlah situs dan ukuran fragmen restriksi RFLP yang diperoleh dari hasil restriksi mtDNA dengan empat enzim adalah 18 tipe restriksi
yaitu Taq I dan Hin6 I dengan empat tipe restriksi A, B, C dan D Gambar 8 dan 9, Afa I dan Mbo I dengan lima tipe restriksi A, B, C, D dan E Gambar 10 dan
11. Berdasarkan tipe restriksi mtDNA tersebut, enzim Afa I dan Mbo I dengan lima tipe restriksi merupakan enzim yang paling sensitif mendeteksi perbedaan
panjang fragmen terpotong dibandingkan enzim Taq I dan Hin6 I. Penggunaan empat enzim restriksi dalam penelitian ini guna mengukur
keragaman genetik suatu populasi telah menunjukkan suatu variabilitas yang tinggi, walaupun idealnya lebih banyak enzim lebih baik. Rekapitulasi identifikasi
500 bp 1.000 bp
1.500 bp
100 bp
28 tipe restriksi mtDNA teramplifikasi hasil digesti dengan empat enzim Taq I, Afa
I , Mbo I dan Hin6 I disajikan pada Tabel 10.
Gambar 8 Tipe restriksi dengan enzim Taq I: A B C D.
Gambar 9 Tipe restriksi dengan enzim Hin6 I: A B C D.
Gambar 10 Tipe restriksi dengan enzim Afa I: A B C D E.
29
Gambar 11 Tipe restriksi dengan enzim Mbo I: A B C D E. Tabel 10 Distribusi tipe restriksi pada lima kelompok sampel ikan tuna mata besar
Enzim Tipe
restriksi
Kelompok sampel 1
sirip ekor Kelompok
sampel 2 sirip ekor
Kelompok sampel 3
sirip ekor Kelompok
sampel 4 sirip ekor
Kelompok sampel 5
sirip ekor
Taq I A
B C
D 9
40 1
- 4
35 -
- 19
18 -
- 12
18 1
2 31
- -
-
Afa I A
B C
D
E 4
45 1
- -
4 35
- -
- 3
34 -
- -
1 31
- 1
- 1
29 -
- 1
Mbo I A
B C
D
E 44
2 4
- -
33 -
6 -
- 29
2 5
1
- 27
- 5
- 1
28 -
3 -
-
Hin6 I A
B C
D 13
37 -
- 19
18 -
- 5
31 1
- 8
24 1
- 4
24 3
- Enzim Taq I menghasilkan tipe restriksi A monomorfik pada kelompok
sampel 5, tiga tipe restriksi A, B, C pada kelompok sampel 1 dan empat tipe restriksi A, B, C, D pada kelompok sampel 4. Tipe A dan B ditemukan pada
kelompok sampel 2 dan 3, dimana pada kelompok sampel 2 tipe B lebih dominan, sedangkan pada kelompok sampel 3 tipe A dan B hampir sama.
Enzim Afa I menghasilkan dua tipe restriksi yang sama pada kelompok sampel 2 dan 3, dan tiga tipe restriksi pada kelompok sampel 1, 4 dan 5, namun
30 berbeda situs restriksi. Tipe B dominan ditemukan pada semua kelompok sampel.
Tipe C hanya ditemukan di kelompok sampel 1, tipe D di kelompok sampel 4 dan tipe E di kelompok sampel 5.
Enzim Mbo I menghasilkan 2 hingga 4 tipe restriksi, dimana tipe A dominan di semua kelompok sampel. Dua tipe restriksi yang sama yaitu tipe A dan C
ditemukan pada kelompok sampel 2 dan 5, tiga tipe restriksi pada kelompok sampel 1 dan 4, namun berbeda situs restriksi, dan empat tipe restriksi hanya pada
kelompok sampel 3. Enzim Hin6 I menghasilkan dua tipe restriksi yang sama pada kelompok
sampel 1 dan 2, dan tiga tipe restriksi yang sama pada kelompok sampel 3, 4 dan 5. Tipe B dominan hampir ditemukan pada semua kelompok sampel, kecuali pada
kelompok sampel 2. Hasil pemotongan yang menunjukkan ukuran panjang fragmen berbeda
akan memberikan tipe pemotongan haplotipe yang berbeda pula. Tipe pemotongan yang berbeda pada setiap individu dalam suatu populasi maupun
antara populasi dapat disebabkan oleh terjadinya pergantian, penambahan atau hilangnya basa tertentu pada urutan pasangan basa D-Loop mtDNA-nya sehingga
enzim tertentu tidak memotong pada situs yang sama. Hal ini mengakibatkan terjadinya pergeseran situs pemotongan. Dengan demikian dapat dikatakan bahwa
terdapat perbedaan urutan pasangan basa pada individu yang mempunyai tipe pemotongan basa yang berbeda. Hal ini mengindikasikan adanya keragaman
genetik di dalam populasi dan antara populasi.
4.2.2 Keragaman Haplotipe Haplotype Diversity
Kategori