Analisis Lembar Cangkang Kapsul Keras Simulasi

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta hilangnya DNA pada proses isolasi. Kedua, meminimalisir waktu jika dibandingkan dengan cara manual yang harus menyiapkan berbagai reagen terlebih dahulu. Ketiga, mengeliminasi penggunaan senyawa organik yang berbahaya seperti fenol dan kloroform Roche a , 2008. Prinsip isolasi menggunakan High Pure PCR Template Preparation Kit adalah melisiskan sel dengan bantuan chaotropic salt, kemudian mengikatkan asam nukleat sel dengan silika yang ada pada filter tube dan mengelusinya kembali dengan low salt elution Roche a , 2008. Proses isolasi dimulai dengan melisiskan membran sel. Proses penghancuran membran sel ini dilakukan oleh Tissue Lysis Buffer TLB. TLB ini mengandung Ethylenediaminetetraacetic acid EDTA yang dapat mengikat ion magnesium yang bertugas menjaga struktur dinding sel dan juga menghambat enzim lain yang akan memotong DNA Sudjadi, 2008. Setelah sel lisis, protein pada sel dihancurkan dengan bantuan enzim proteinase K. Enzim ini dapat memecahkan protein histon, sehingga DNA pun terurai Muladno, 2010. Selanjutnya reagen lainnya ditambahkan secara berturut-turut, yaitu Binding Buffer BB yang dapat membuat DNA bermuatan negatif sehingga dapat teradsorpsi oleh silika dioksida bermuatan positif yang terdapat pada filter tube; isopropanol yang berguna untuk proses pemurnian DNA; Inhibitor Removal Buffer IRB yang berguna untuk menghilangkan berbagai pengotor yang dapat menghambat proses PCR; Washing Buffer WB yang berguna untuk mencuci chaotropic salt dan pengotor lainnya; dan Elution Buffer EB yang berguna untuk mengelusi DNA yang terikat pada silika Roche d , 2007. Masing-masing reagen ditambahkan bersamaan dengan penggantian collection tube dan disusul dengan proses setrifugasi. Proses isolasi cangkang kapsul sampel dilakukan sama dengan proses isolasi gelatin dan simulasi cangkang kapsul. Namun karena setelah inkubasi 21 jam terbentuk endapan putih, maka dilakukan proses sentrifugasi dengan kecepatan 10.000 rpm selama 30 menit. Sentrifugasi dilakukan untuk memastikan larutan sampel sudah terpisah secara sempurna dengan endapan putih tersebut. Diperkirakan endapan putih yang berasal dari cangkang kapsul UIN Syarif Hidayatullah Jakarta sampel tersebut adalah TiO 2 . Hal ini disebabkan karena endapan tersebut berwarna putih dan tidak larut air. Selain itu jika dilihat cangkang kapsul sampel yang bersifat opaque tidak transparan, dapat disimpulkan bahwa ada penambahan opacifier. Salah satu opacifier yang sering digunakan adalah TiO 2 Bhatt, 2007. Endapan tersebut harus dihilangkan terlebih dahulu karena dapat menghambat proses PCR Wan et.al., 2009. Isolat DNA dari daging babi, daging sapi, gelatin sapi, gelatin babi, simulasi cangkang kapsul sapi, simulasi cangkang kapsul babi, dan cangkang kapsul sampel yang telah didapatkan kemudian dianalisis menggunakan spektrofotometer UV.

4.4. Analisis Hasil Isolat DNA

Proses analisis hasil isolat DNA dilakukan menggunakan spektrofotometer UV Biodrop. Kelebihan dari alat ini adalah dapat menganalisis isolat DNA dengan volume yang sangat kecil, yaitu 2 µl Biodrop a , 2012. Hal ini sangat berguna, dimana hasil isolat DNA yang didapatkan tidak banyak. Prinsip kerja spektrofotometer UV adalah penyerapan cahaya atau energi radiasi oleh suatu larutan. Jumlah cahaya atau energi radiasi yang diserap memungkinkan pengukuran jumlah zat penyerap dalam larutan secara kuantitatif Triyati, 1985. Pengukuran dilakukan pada panjang gelombang 260 dan 280, dimana DNA akan terabsorpsi kuat pada panjang gelombang 260 nm dan protein pada panjang gelombang 280 nm. Kuantitas kadar dan kualitas kemurnian DNA yang diekstraksi dari sampel dipengaruhi oleh berbagai faktor, seperti teknik sampling, ukuran sampel, substansi penghalang, tingkat kerusakan, dan panjang fragmen DNA. Faktor-faktor tersebut tergantung pada sampel itu sendiri, proses pembuatan makanan, dan parameter fisik dan kimia dari metode ekstraksi Branquinho et. al., 2012. Analisis hasil isolat DNA ini meliputi pemeriksaan kemurnian dan kadar DNA. Data yang didapatkan dari pemeriksaan isolat DNA menggunakan spektrofotometer UV dapat dilihat pada tabel 4.1.