5.2.4   Permodelan Sistem a.  Submodel Biofisik
Submodel biofisik merupakan  main model  dari keseluruhan model yang dirancang.  Submodel  ini memberikan ilustrasi tentang interaksi yang terjadi di
antara variabel-variabel di dalam komponen submodel ekosistem alami, tata guna lahan, pasir laut dan pencemaran. Di dalam submodel biofisik, komponen
ekosistem alami dikategorikan menjadi 3 level, yaitu penutupan mangrove, karang dan lamun. Pengelompokan ini didasarkan pada  existing condition  di lapangan
dan untuk melihat secara lebih jelas dinamika masing-masing ekosistem. Penutupan  mangrove  dipengaruhi oleh  rate  penanaman dan  rate  konversi
mangrove , sedangkan penutupan karanglamun dipengaruhi oleh  rate  perusakan
karanglamun. Laju penanamankonversi  mangrove  ditentukan oleh tingkat penanamankonversi dan penanamankonversi  mangrove  aktual, yang merupakan
fungsi  non-linear  dari potensi penanamankonversi  mangrove. Laju perusakan karanglamun ditentukan oleh tingkat perusakan dan perusakan karanglamun
aktual, yang merupakan fungsi  non-linear  dari potensi perusakan karanglamun. Potensi penanaman dan konversi  mangrove  serta perusakan karang dan lamun
dipengaruhi oleh jumlah penduduk dan persen penanamanperusakan per penduduk. Implementasi kebijakan perlindungan fisik habitat berperan
menentukan keberhasilan penanaman  mangrove, pencegahan perusakan lamun dan karang.
Daya dukung perikanan dipengaruhi oleh  rate peningkatan dan  rate reduksi daya dukung. Laju peningkatan daya dukung ditentukan oleh konstanta daya
dukung dan daya  dukung aktual, yang merupakan fungsi  non-linear  dari potensi daya dukung. Potensi daya dukung ditentukan oleh penutupan  mangrove,
penutupan karang, penutupan lamun dan faktor pengganda potensi daya dukung. Laju reduksi daya dukung ditentukan oleh total limbah, tingkat akumulasi limbah
dan faktor pengganda akumulasi. Komponen pencemaran hanya memiliki satu  level  saja, yaitu total limbah
yang dipengaruhi oleh  rate  akumulasi dan  rate  reduksi limbah. Laju akumulasi limbah ditentukan oleh tingkat akumulasi dan produksi limbah aktual, yang
merupakan fungsi  non-linear  dari potensi produksi limbah. Potensi produksi limbah ditentukan oleh jumlah penduduk, jumlah industri, kontribusi limbah per
penduduk dan kontribusi limbah per industri. Laju reduksi limbah ditentukan oleh tingkat reduksi limbah dan limbah terserap ekosistem, yang merupakan fungsi
non-linear dari potensi limbah terserap ekosistem. Potensi limbah terserap
ekosistem dipengaruhi oleh penutupan  mangrove, penutupan karang, penutupan lamun dan persen limbah  terserap per penutupan. Implementasi kebijakan
pengelolaan sumber dampak berperan menahan laju akumulasi limbah sehingga total limbah dapat dikurangi.
Komponen pasir laut hanya memiliki satu  level  saja, yaitu kandungan pasir laut yang dipengaruhi oleh  rate  deplesi. Laju deplesi ditentukan oleh tingkat
deplesi dan permintaan pasir laut aktual, yang merupakan fungsi  non-linear  dari potensi permintaan pasir laut. Potensi permintaan pasir laut ditentukan oleh
tingkat permintaan pasir laut dan pasir laut terserap pasar. Regulasi pertambangan merupakan bagian tak terpisahkan dari implementasi kebijakan pengelolaan
sumber dampak yang berperan dalam pencegahan deplesi pasir laut secara lebih dini.
Komponen tata guna lahan dikategorikan menjadi 4  level, yaitu lahan industri terbangun, lahan permukiman terbangun, lahan sawah dan lahan tambak.
Lahan industripermukiman terbangun dipengaruhi oleh  rate  pembangunan perindustrianpermukiman; sedangkan lahan sawahtambak dipengaruhi oleh  rate
konversi lahan sawahtambak.  Laju pembangunan perindustrianpermukiman ditentukan oleh tingkat pembangunan dan potensi kebutuhan lahan. Potensi
kebutuhan lahan ditentukan oleh tingkat kebutuhan lahan dan jumlah penduduk untuk lahan permukiman terbangun serta jumlah industri untuk  lahan industri
terbangun. Laju konversi lahan sawah dan tambak dipengaruhi oleh tingkat konversi dan kebutuhan lahan permukimanindustri aktual, yang merupakan
fungsi non-linear dari potensi kebutuhan lahan permukimanindustri.
b.  Submodel Ekonomi