UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Penyiapan Makromolekul Protein
Langkah awal sebelum melakukan proses penambatan molekul adalah penyiapan struktur makromolekul protein dan ligan yang akan
digunakan. Pada tahap ini, struktur makromolekul yang digunakan diunduh dari Protein Data Bank dengan situs
http:www.rcsb.org . Identitas protein
yang dipilih adalah 2PRG yang merupakan struktur Peroxisome Proliferator- Activeted Receptor-Gamma
PPAR- pada manusia Homo sapiens yang
diperoleh dari difraksi sinar-X dengan resolusi 2,3 Å. Makromolekul ini terikat dengan ligan yaitu rosiglitazon. Struktur ini diunduh dengan format
.pdb Lampiran 1.
Setelah diunduh, maka didapatkan struktur makromolekul PPAR- yang terikat dengan ligan dan molekul air. Ligan dan molekul air ini harus
dihilangkan dari makromolekul protein karena dapat mengganggu proses penambatan. Pada dasarnya dengan adanya molekul air akan memediasi
interaksi ligan dengan reseptor, sehingga hasil docking yang didapat semakin baik. Tetapi proses penambatan akan berlangsung lebih kompleks karena
variabel persamaan-persamaan matematika docking yang perlu diselesaikan menjadi lebih banyak yang menyebabkan waktu penambatan semakin lama
Cole, Nissink, Taylor, 2005. Dengan begitu, perlu adanya kompromi antara akurasi dan kecepatan, dimana jika ingin prosesnya berjalan lebih
cepat, maka akurasinya diturunkan hingga 70 sudah cukup mewakili hasil docking
yang didapat. Begitu juga dengan adanya ligan yang terikat pada sisi aktif makromolekul akan menghalangi interaksi ligan yang akan ditambatkan.
Struktur ini kemudian dipisahkan dari residu non standar tersebut dengan cara menghilangkannya dengan menggunakan perangkat lunak Discovery Studio,
sehingga dihasilkan struktur molekul yang siap melalui tahap selanjutnya. Struktur hasil pemisahan ini disimpan dengan format .pdb.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Makromolekul tersebut
kemudian dioptimasi
dengan Autodocktools. Pengoptimasian ini dilakukan agar makromolekul tersebut
dapat menyeseuaikan dengan lingkungan komputasi sehingga dapat di-docking. Pengoptimasian yang dilakukan yaitu penambahan atom
hidrogen dan pengaturan grid box parameter. Penambahan atom hidrogen protonasi bertujuan untuk
menyesuaikan suasana docking agar mendekati suasana pada pH sitoplasma sel pH~7 Drie, 2005, karena PPAR- termasuk reseptor inti nuclear
receptor Habor, 2010. Sedangkan pengaturan grid box untuk menentukan
ruang tambat ligan yang akan di-docking. Ruang tambat ligan ditentukan dengan merujuk kepada ligan yang sudah tertambat dengan makromolekul
protein pada saat diunduh, yaitu dalam hal ini rosiglitazon. Pengaturan pada grid box
meliputi center_x, center_y, center_z, untuk mengatur letak parameter box
pada makromolekul protein, kemudian size_x, size_y, size_z, dan spacing angstrom untuk menentukan besar kecilnya grid box untuk
ruang penambatan ligan tersebut. Hasil pengaturan yang diperoleh yaitu center_x = 52.734, center_y = -3.774, center_z = 34.258, size_x = 28, size_y
= 28, size_z = 28, dan spacing angstrom = 1 Lampiran 2.
Setelah semua proses pengoptimasian makromolekul selesai, maka file
ini disimpan dalam format .pdbqt. Format ini berarti bahwa file pdb tersebut sudah diberikan muatan gasteiger untuk menyesuaikan dengan
lingkungan docking sehingga dapat dilakukan perhitungan dengan benar Huey, Morris, Forli, 2012.
4.2 Penyiapan Ligan
Kategori