UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
yang diperlukan Huey, Morris, Forli, 2012. Torsi aktif tersebut hanya ada pada molekul yang memiliki ikatan sigma saja. Semakin banyak ikatan sigma
pada molekul, maka semakin banyak torsi aktifnya sehingga perlu dibatasi. Pada penelitian ini number of active torsion yang dipilih adalah 6,
berdasarkan pada standar yang biasa digunakan dalam pengaturan torsi aktif. Ligan hasil pengoptimasian ini disimpan dalam format .pdbqt.
4.3 Penambatan Molekul dengan Autodock Vina
Setelah langkah penyiapan protein dan ligan yang akan di-docking selesai, maka bisa dilanjutkan ke langkah selanjutnya, yaitu penambatan
molekul dengan Autodock Vina. Yang pertama kali dilakukan pada tahap ini adalah menyalin file protein dan ligan berformat .pdbqt ke dalam folder vina.
Kemudian file konfigurasi vina diketik pada notepad Lampiran 2.
Pada ‘receptor’ menunjukkan protein reseptor yang digunakan pada proses docking
. Begitupun dengan ‘ligand.’ Perlu diperhatikan bahwa nama reseptor dan ligan pada notepad tersebut harus sama dengan nama file pada
folder vina. ‘out’ merupakan hasil dari proses docking tersebut dibuat dengan
nama ‘out.pdbqt.’ sedangkan center_x, center_y, center_z, size_x, size_y, dan size_z adalah grid box parameter yang sudah diatur sebelumnya. File
konfigurasi ini disimpan dengan nama ‘conf.txt.’
Setelah pengaturan file konfigurasi notepad selesai, maka proses docking
dengan vina bisa dijalankan. Vina dijalankan melalui perintah Command prompt
. Dalam Command prompt, masuk ke dalam berkas vina, kemudian dijalankan perintah sebagai berikut.
Proses docking dengan vina berlangsung selama 5 – 20 menit pada
sekali running. Waktu yang digunakan selama proses docking ini dipengaruhi oleh spesifikasi komputer yang digunakan dan juga ligan yang ditambatkan.
Vina - -config conf.txt - -log log.txt
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Semakin tinggi spesifikasinya, maka semakin cepat prosesnya berlangsung. Tetapi hal ini tidak terlalu mempengaruhi keakuratan hasil yang diperoleh.
Proses penambatan molekul dengan Autodock Vina dapat meningkatkan akurasi dari prediksi mode ikatan bila dibandingkan dengan
Autodock 4. Ditambah lagi, vina dapat mengambil keuntungan dari multiple CPU
atau CPU core dalam sistem komputer untuk memperpendek waktu running
secara signifikan Trott Olson, 2010. Untuk input dan output-nya, vina menggunakan format file struktur
molekul yang sama dengan Autodock yaitu pdbqt. File pdbqt tersebut dapat diperoleh dan dilihat menggunakan MGLTools Autodocktools. File lain
seperti parameter Autodock dan Autogrid GPF,DPF dan file grid map tidak dibutuhkan dalam vina, karena vina menghitung grid map-nya sendiri dengan
cepat dan otomatis Trott Olson, 2010. Setelah proses docking selesai, maka akan muncul 2 file baru dalam
folder vina, yaitu ‘log.txt’ dan ‘out.pdbqt’. ‘log.txt’ berisikan nilai afinitas
ikatan dan root mean square deviation RMSD dari hasil docking. Sedangkan ‘out.pdbqt’ merupakan konformasi dari ligan-ligan yang di-
docking- kan. Hasil ini dibuka dengan Autodocktools dan Pymol untuk
melihat posisi dan orientasi dari ligan pada protein dan juga asam amino –
asam amino yang terikat pada ligan.
4.4 Analisa dan Visualisasi Hasil
