UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Makromolekul tersebut
kemudian dioptimasi
dengan Autodocktools. Pengoptimasian ini dilakukan agar makromolekul tersebut
dapat menyeseuaikan dengan lingkungan komputasi sehingga dapat di-docking. Pengoptimasian yang dilakukan yaitu penambahan atom
hidrogen dan pengaturan grid box parameter. Penambahan atom hidrogen protonasi bertujuan untuk
menyesuaikan suasana docking agar mendekati suasana pada pH sitoplasma sel pH~7 Drie, 2005, karena PPAR- termasuk reseptor inti nuclear
receptor Habor, 2010. Sedangkan pengaturan grid box untuk menentukan
ruang tambat ligan yang akan di-docking. Ruang tambat ligan ditentukan dengan merujuk kepada ligan yang sudah tertambat dengan makromolekul
protein pada saat diunduh, yaitu dalam hal ini rosiglitazon. Pengaturan pada grid box
meliputi center_x, center_y, center_z, untuk mengatur letak parameter box
pada makromolekul protein, kemudian size_x, size_y, size_z, dan spacing angstrom untuk menentukan besar kecilnya grid box untuk
ruang penambatan ligan tersebut. Hasil pengaturan yang diperoleh yaitu center_x = 52.734, center_y = -3.774, center_z = 34.258, size_x = 28, size_y
= 28, size_z = 28, dan spacing angstrom = 1 Lampiran 2.
Setelah semua proses pengoptimasian makromolekul selesai, maka file
ini disimpan dalam format .pdbqt. Format ini berarti bahwa file pdb tersebut sudah diberikan muatan gasteiger untuk menyesuaikan dengan
lingkungan docking sehingga dapat dilakukan perhitungan dengan benar Huey, Morris, Forli, 2012.
4.2 Penyiapan Ligan
Ligan yang akan digunakan diunduh dari Pubchem dengan situs http:PubChem.ncbi.nlm.nih.gov
dengan format .sdf dan dipilih struktur 3D. Ligan
– ligan yang digunakan pada penelitian ini adalah senyawa – senyawa flavonoid dari buah mengkudu yaitu quersetin, rutin, kaempferol,
nikotiflorin, narkisin flavonol, serta rosiglitazon sebagai kontrol positifnya
Tabel 4.1. Kemudian format ligan - ligan tersebut dirubah menjadi .pdb
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
dengan menggunakan Open Babel agar dapat dibaca dengan Autodock untuk selanjutnya dilakukan pengoptimasian.
Tabel 4.1 Daftar ligan yang ditambatkan Pubchem
Dalam pengoptimasian ligan, dilakukan penambahan muatan gasteiger
dan pengaturan number of active torsion dengan menggunakan Autodocktools. Muatan gasteiger ini secara otomatis akan ditambahkan pada
ligan ketika dibuka dengan Autodocktools. Sama halnya dengan protonasi pada makromolekul protein, penambahan muatan gasteiger adalah
penambahan atom hidrogen pada ligan. Kemudian torsi aktifnya diatur. Hal ini untuk menentukan ikatan - ikatan aktif yang dapat diputar selama proses
docking berlangsung, sehingga dapat mengurangi kinerja dan juga waktu
Ligan Compound ID
IUPAC Name Rosiglitazone CID 77999
5-[[4-[2-[methylpyridin-2-ylamino] ethoxy]phenyl]methyl]-1,3-thiazolidine-
2,4-dione
Quercetin CID 5280343
2-3,4-dihydroxyphenyl-3,5,7-trihydroxy chromen-4-one
Rutin CID 5280805
2-3,4-dihydroxyphenyl-5,7-dihydroxy-3- [2S,3R,4S,5S,6R-3,4,5-trihydroxy-6-
[[2R,3R,4R,5R,6S-3,4,5-trihydroxy-6- methyloxan-2-yl]oxymethyl]oxan-2-
yl]oxychromen-4-one
Kaempferol CID 5280863
3,5,7-trihydroxy-2-4-hydroxyphenyl chromen-4-one
Nicotiflorin CID 5318767
5,7-dihydroxy-2-4-hydroxyphenyl-3- [2S,3R,4S,5S,6R-3,4,5-trihydroxy-6-
[[2R,3R,4R,5R,6S-3,4,5-trihydroxy-6- methyloxan-2-yl]oxymethyl]oxan-2-
yl]oxychromen-4-one
Narcissin flavonol
CID 5481663 5,7-dihydroxy-2-4-hydroxy-3-
methoxyphenyl-3-[2S,3R,4S,5S,6R- 3,4,5-trihydroxy-6-[[2R,3R,4R,5R,6S-
3,4,5-trihydroxy-6-methyloxan-2- yl]oxymethyl]oxan-2-yl]oxychromen-4-
one
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
yang diperlukan Huey, Morris, Forli, 2012. Torsi aktif tersebut hanya ada pada molekul yang memiliki ikatan sigma saja. Semakin banyak ikatan sigma
pada molekul, maka semakin banyak torsi aktifnya sehingga perlu dibatasi. Pada penelitian ini number of active torsion yang dipilih adalah 6,
berdasarkan pada standar yang biasa digunakan dalam pengaturan torsi aktif. Ligan hasil pengoptimasian ini disimpan dalam format .pdbqt.
4.3 Penambatan Molekul dengan Autodock Vina
