UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Berdasarkan interaksi yang terjadi, terdapat beberapa jenis molecular docking
, yaitu: 1.
Docking protein ligan kecil 2.
Docking protein peptida 3.
Docking protein protein 4.
Docking protein nukleotida Mukesh, 2011.
2.9 Protein Data Bank
Protein Data Bank PDB; http:www.rcsb.orgpdb adalah sebuah
dokumen atau kumpulan data eksperimental struktur tiga dimensi dari makromolekul biologis, yang sekarang berjumlah lebih dari 32.500 Berman,
et al., 2000, termasuk protein dan asam nukleat. Molekul – molekul tersebut
adalah molekul yang ditemukan di semua organisme termasuk bakteri, ragi, tanaman, lalat, hewan lain, dan manusia. Informasi ini dapat digunakan untuk
membantu menyimpulkan peran struktur dalam kesehatan manusia dan penyakit, dan dalam pengembangan obat. Struktur yang terdapat dalam arsip
ini mulai dari protein kecil dan potongan-potongan DNA sampai molekul kompleks seperti ribosom RCSB, 2014.
2.10 PubChem
PubChem http:PubChem.ncbi.nlm.nih.gov adalah gudang informasi molekuler untuk umum, sebuah karya ilmiah dari Institut
Kesehatan Nasional Amerika US National Institutes of Health NIH. Basis data PubChem memiliki lebih dari 27 juta catatan struktur kimia khusus dari
senyawa yang berasal dari hampir 70 juta senyawa endapan, dan berisi lebih dari 449.000 catatan bioassay dengan lebih dari ribuan biokimia in vitro dan
skrining berbasis sel, dengan menargetkan lebih dari 7000 protein dan gen yang terhubung dengan lebih dari 1,8 juta senyawa Xie, 2010. Pada situs
PubChem ini dapat diunduh struktur kimia dari suatu senyawa secara gratis yang dibutuhkan dalam studi penambatan molekul.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
2.11 Open Babel
Open Babel adalah perangkat lunak untuk mengubah beberapa format berkas kimia. Selain itu, perangkat ini menyediakan berbagai fungsi
berguna yaitu pencarian konformer dan penggambaran 2D, penapisan, konversi batch, dan pencarian substruktur dan kemiripan. Open Babel
mendukung 111 format berkas kimia, yang dapat membaca 82 format dan menulis 85 format. Perangkat ini tersedia secara gratis dari
http:openbabel.org O’Boyle, et al., β011.
2.12 Discovery Studio 3.5 Visualizer
