UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
BAB 3 METODE PENELITIAN
3.1 Tempat dan Waktu Penelitian
Penelitian dilaksanakan di Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah dan di Lembaga Ilmu
Pengetahuan Indonesia LIPI Serpong selama bulan Maret hingga Mei 2014.
3.2 Alat
3.2.1 Perangkat Keras
Notebook Asus A42JC series dengan spesifikasi Inte
l® Core™ i5 CPU M460 2.53Ghz, RAM Random Access Memory 4 gigabyte, dan
Graphic Card NVIDIA Optimus Ge Force 310M 1 gigabyte. Notebook terhubung dengan ACDC Adapter dan terkoneksi internet.
3.2.2 Perangkat Lunak
Sistem Operasi Windows 7 Ultimate 64 bit, Paket Autodock Tools yang terdiri dari Python 2.5.2 dan MGLTools 1.5.6 Scripps Research
Institute , Open Babel 2.3.2, Discovery Studio 3.5 Visualizer Accelrys
Enterprise Platform , Autodock Vina, Pymol DeLano Scientific LLC.,
Protein Data Bank http:www.rcsb.orgpdb
, dan PubChem http:PubChem.ncbi.nlm.nih.gov
.
3.3 Bahan
3.3.1 Struktur Tiga Dimensi PPAR-
Struktur tiga dimensi PPAR- diunduh dari Bank Data Protein
dengan situs http:www.rcsb.orgpdb. Makromolekul protein yang dipilih adalah
PPAR- pada manusia yang didapat dari metode kristalografi X-ray dengan
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
resolusi 2,30 Å yang tertambat dengan rosiglitazon.
Identitas makromolekul tersebut adalah 2PRG berformat .pdb.
3.3.2 Struktur Tiga Dimensi Ligan
Struktur tiga dimensi ligan yang digunakan adalah rosiglitazon dan senyawa
– senyawa flavonoid dari Morinda citrifolia, yaitu kaempferol, narkisin flavonol, nikotiflorin, quersetin, dan rutin yang diunduh dari situs
http:PubChem.ncbi.nlm.nih.gov dengan format .sdf.
3.4 Cara Kerja
3.4.1 Penyiapan Struktur Molekul PPAR-
Pengunduhan makromolekul PPAR- dari Bank Data Protein
dengan situs http:www.rcsb.orgpdb. Identitas molekul tersebut yaitu 2PRG. Data makromolekul diunduh dalam format .pdb.
Makromolekul protein dipisahkan dari pelarut dan ligan atau residu non standar. Pemisahan makromolekul dari molekul yang tidak diperlukan
dilakukan dengan menggunakan program Discovery Studio 3.5 Visualizer. Hasil pemisahan tersebut akan digunakan untuk penambatan. Hasil
pemisahan disimpan dalam format .pdb. Molekul PPAR-
yang telah dipisahkan dari residu dioptimasi dengan Autodock Tools. Optimasi tersebut meliputi : penambahan atom
hidrogen dan pengaturan grid box parameter. Hasil ini disimpan dalam format .pdbqt.
3.4.2 Penyiapan Struktur Ligan
Ligan yang digunakan adalah rosiglitazon sebagai pembanding dan senyawa
– senyawa flavonoid dari Morinda citrifolia, yaitu kaempferol, narkisin flavonol, nikotiflorin, quersetin, dan rutin yang diunduh dari situs
http:PubChem.ncbi.nlm.nih.gov dengan format .sdf. Format ligan-ligan
tersebut dirubah menjadi .pdb dengan menggunakan Open Babel.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Struktur ligan yang telah dibuat dioptimasi dengan Autodock Tools. Optimasi tersebut berupa pengaturan number of active torsion. Hasil ini
disimpan dalam format .pdbqt.
3.4.3 Penambatan Molekul dengan Autodock Vina
Ligan dan protein yang telah tersimpan dalam format .pdbqt dicopy ke dalam folder Vina. Kemudian konfigurasi file vina diketik pada notepad,
disimpan dengan nama ‘conf.txt’. Vina dijalankan melalui Command
prompt.
3.4.4 Analisis dan Visualisasi Penambatan Molekul
Hasil kalkulasi docking dilihat pada output dalam format notepad. Penentuan konformasi ligan hasil docking dilakukan dengan memilih
konformasi ligan yang memiliki energi ikatan yang paling rendah pose terbaik.
Posisi dan orientasi ligan tesebut pada makromolekul, serta asam –
asam amino yang terikat pada ligan divisualisasikan dengan perangkat lunak Autodocktools dan Pymol untuk melihat kecocokan bentuk dan volume
antara ligan dan situs tambatnya.
Gambar 2.13. Konfigurasi file vina
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN
Kategori