2.1.1 Bakteri Endofit
Bakteri endofit menjadi perhatian utama sebagai agen biokontrol. Misalnya bakteri dari beberapa spesies tanaman, yang mendiami jaringan lokal interseluler maupun
intraseluler. Karena tanaman memberikan perlindungan dan nutrisi, bakteri endofit dapat berkembang di bawah kondisi bersaing dan melindungi bagian dalam tanaman
terhadap patogen Hallmann et al., 2001. Bakteri endofit adalah bakteri yang berada dalam jaringan tanaman Aini Abadi, 2004.
Bakteri endofit hidup intra seluler di dalam jaringan tanaman yang sehat. Sebenarnya bakteri endofit maupun rizobakteri lainnya merupakan bagian dari
mikroflora alamiah dari tanaman yang sehat, mereka dapat dikatakan sebagai kontributor penting bagi kesehatan tanaman Kloepper et al., 1999 dalam Aini
Abadi, 2004. Bakteri endofit dapat berpengaruh pada kesehatan tanaman dalam hal antagonisme langsung, menginduksi ketahanan sistematik dan meningkatkan toleransi
tanaman terhadap tekanan lingkungan Hallman et al., 2001. Kemungkinan terjadi rekombinasi genetik dengan inangnya, sehingga beberapa endofit telah terbukti
menghasilkan senyawa alami yang karakteristik bagi inangnya Tan and Zou, 2001 dalam Sugijanto et al., 2004.
2.1.2 Manfaat Mikroba Endofit
Endofit dapat menjadi sumber berbagai metabolit sekunder baru yang berpotensi untuk dikembangkan dalam bidang medis, pertanian dan industri
Prasetyoputri Atmosukarto, 2006. Menurut Radji 2005 kemampuan mikroba endofit memproduksi senyawa metabolit sekunder sesuai dengan tanaman inangnya
merupakan peluang yang sangat besar dan dapat diandalkan untuk memproduksi metabolit sekunder dari mikroba endofit yang diisoilasi dari tanaman inangnya
tersebut. Beberapa manfaat mikroba endofit antara lain dapat digunakan sebagai penghasil antibiotika, misalnya Crytocandin adalah antifungi yang dihasilkan oleh
mikroba endofit Cryptosporiopsis quercina dan Trichopyton Strobel et al., 1999 dalam Radji, 2005. Mikroba endofit juga dapat digunakan sebagai antivirus, misalnya
Universitas Sumatera Utara
jamur endofit Cytonaema sp. yang menghasilkan metabolit Cytonic acid A dan B,
Cytonic acid A dan B ini merupakan inhibitor protease dan dapat menghambat
pertumbuhan cytomegalovirus manusia Guo B et al., 2000 dalam Radji, 2005.
Menurut Dwidjoseputro 1989, Bacillus sp. dapat menghasilkan zat antibiotik berupa basitrasin, subtilin, polimixin, tritosin, bulbivormin dan dapat juga
menghasilkan senyawa volatil. Bakteri dari genus Bacillus sp diketahui telah banyak digunakan sebagai biokontrol pada beberapa spesies tanaman dan terbukti mampu
menjadi penghambat perkembangan beberapa penyakit tanaman Cook Baker, 1989 dalam Aini Abadi, 2004.
2.2 Busuk Pangkal Batang