Radiosensitivitas Peningkatan Keragaman Genetik Lada (Piper Nigrum L) Varietas Ciinten Melalui Iradiasi Sinar Gamma Dan Seleksi Terhadap Penyakit Busuk Pangkal Batang (Bpb)

penanda jenis ini adalah pengamatannya mudah dan langsung dapat dilihat dengan mata, tetapi memiliki kelemahan karena dipengaruhi oleh tahap perkembangan tanaman dan lingkungan. Jumlah marka morfologi sangat terbatas sehingga kadang sulit membedakan antar genotipe yang diamati, secara morfologi kelihatan sama tetapi sebenarnya berbeda akibat adanya interaksi intra dan inter gen. Marka biokimia, seperti isozim merupakan marka yang sangat efektif, pewarisannya bersifat kodominan, sehingga dapat membedakan individu yang homosigot dan heterosigot McDonald McDermont 1993 dan dapat dapat diaplikasikan dengan mudah dan murah Bermawie Pool 1991; Mondini et al. 2009. Marka isozim dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik populasi maupun mengidentifikasi perbedaan genetik antar aksesi Crawford 1990, tetapi marka isozim jumlahnya terbatas, ekspresinya dipengaruhi oleh lingkungan dan tahap perkembangan tanaman McDonald McDermont 1993; Mangolin et al. 1997; Garkava et al. 2000 serta tingkat polimorfisme yang relatif rendah. Marka molekuler sering kali dikenal sebagai sidik jari DNA karena mengacu pada pita polimorfisme berupa fargmen DNA. Keunggulan utama penanda molekuler adalah i keakuratan yang tinggi dan tidak dipengaruhi oleh lingkungan yang mempengaruhi ekspresi gen, ii dapat diuji pada semua tingkat perkembangan tanaman, iii pada pengujian ketahanan hama dan penyakit tidak tergantung pada organisme pengganggu tersebut, iv seleksi pada tingkat genotipe ini dapat mempercepat proses seleksi dan hemat pada pengujian selanjutnya di lapangan Kasim et al. 2002. Marka molekuler DNA yang ideal memiliki kriteria sebagai berikut: a memiliki tingkat polimorfisme yang sedang sampai tinggi, b terdistribusi merata diseluruh genom, c memberikan resolusi perbedaan genetik yang cukup, d pewarisan bersifat kodominan dapat membedakan kondisi homozigot dan heterozigot dalam organisme diploid, e berprilaku netral, f secara teknik sederhana, cepat dan murah, g butuh sedikit jaringan dan DNA sampel, h berkaitan erat dengan fenotipe, i tidak memerlukan informasi tentang genom organisme, dan j data mudah dipertukarkan antar laboratorium Mondini et al. 2009; Agarwal et al. 2008; Weising et al. 2005. Marka molekuler DNA tersebut dapat dikelompokkan menjadi dua yaitu, penanda DNA tanpa PCR non-PCR based techniques seperti RFLP, dan penanda DNA berdasarkan PCR yang meliputi RAPD, AFLP, SSR, CAPS, SCAR, SSCP dan DNA Barkoding Zulfahmi 2013. Pemulia menggunakan marka DNA untuk identifikasi keragaman plasma nutfah, identifikasi genotipe, galur, kultivar dan varietas untuk melihat kemurnian benih, memecahkan ketidakpastian tetua, penelusuran tetua dan juga untuk melindungi varietas tanaman yang dikembangkan melalui identifikasi individu. 2.6.1 Marka SSR Marka Simple Sequens Repeat SSR atau microsatelit merupakan sekuens DNA yang bermotif pendek dan berulang secara tandem. Pengulangan berulang dua, tiga, empat dan lima unit nukleotida yang tersebar di sepanjang genom eukariot Powel et al. 1996. Variasi jumlah pengulangan suatu batasan lokus di antara genotipe yang berbeda dengan mudah dapat dideteksi dengan teknik PCR