Hasil dan Pembahasan .1 Keragaman Mutan Putatif Lada Ciinten Berdasarkan Penanda
Tabel 4.3 Bentuk daun mutan putatif lada varietas Ciinten
No Individu
Bentuk Daun Bulat
telur Bulat
telur elips
Bulat telur lanset
Elips lanset Menjantung
Kontrol √
1 R.I.25.3
√ 2
R.I.25.4 √
3 R.I.25.5
√ 4
R.I.25.13 √
5 R.II.25.3
√ 6
R.II.25.5 √
7 R.II.25.11
√ 8
R.III.25.8 √
9 R.III.25.12
√ 10 B.I.25.14
√ 11 B.I.25.16
√ 12 B.I.50.1
√ 13 B.I.50.2
√ 14 B.I.50.7
√ 15 B.I.50.10
√ 16 B.I.50.13
√ 17 B.I.50.16
√ 18 B.I.50.17
√ 19 B.I.50.18
√ 20 B.II.25.1
√ 21 B.II.25.2
√ 22 B.II.25.6
√ 23 B.II.25.26
√ 24 B.III.25.6
√ 25 B.III.25.9
√ 26 B.III.25.17
√ 27 B.III.25.28
√ Keterangan: R fase benih dengan radikula, B fase benih, I- III ulangan,
25Gy dan 50 Gy dosis iradiasi, 1-28 nomor tanaman
Tabel 4.4 Bentuk dasar daun dan pinggir daun mutan putatif lada varietas Ciinten
No Individu
Bentuk Dasar Daun Pinggir Daun
Bulat Menjantung Runcing Bercelah Rata Bergelombang Kontrol
√ √
1 R.I.25.3
√ √
2 R.I.25.4
√ √
3 R.I.25.5
√ √
4 R.I.25.13
√ √
5 R.II.25.3
√ √
6 R.II.25.5
√ √
7 R.II.25.11
√ √
8 R.III.25.8
√ √
9 R.III.25.12
√ √
10 B.I.25.14 √
√ 11 B.I.25.16
√ √
12 B.I.50.1 √
√ 13 B.I.50.2
√ √
14 B.I.50.7 √
√ 15 B.I.50.10
√ √
16 B.I.50.13 √
√ 17 B.I.50.16
√ √
18 B.I.50.17 √
√ 19 B.I.50.18
√ √
20 B.II.25.1 √
√ 21 B.II.25.2
√ √
22 B.II.25.6 √
√ 23 B.II.25.26
√ √
24 B.III.25.6 √
√ 25 B.III.25.9
√ √
26 B.III.25.17 √
√ 27 B.III.25.28
√ √
Keterangan: R fase benih dengan radikula, B fase benih, I- III ulangan, 25Gy dan 50 Gy dosis iradiasi, 1-28 nomor tanaman
Hasil analisis hubungan kekerabatan antar individu genotipe hasil iradiasi menunjukkan terdapat tingkat kesamaan 18.15 antara nomor 15 kelompok I
dengan lainnya kelompok II. Tanaman nomor 15 membentuk kelompok tersendiri karena memiliki karakter tinggi tanaman tertinggi dibandingkan kontrol
dan tanaman hasil iradiasi lainnya. Pada tingkat kesamaan 70, tanaman mutan terbagi menjadi dua sub kelompok dengan karakter panjang daun sebagai
pemisah, yaitu sub kelompok I dengan tiga individu 3, 9 dan 17 dan sub
kelompok II dengan 24 individu, yaitu nomor 1, 12, 7, 18, 19, 28, 27, 4, 22, 26, 2, 24, 16, 8, 13, 10, 6, 20, 14, 21, 11, 23, 25, 5.
Simpulan dan Saran
Gambar 4.1 Dendogram 27 mutan putatif lada Ciinten hasil iradiasi sinar gamma dan tetua berdasarkan penanda morfologi dengan karakter tinggi
tanaman, panjang daun, lebar daun, jumlah daun, jumlah ruas, jumlah cabang
Tabel 4.5 Kelompok hasil dendogram berdasarkan penanda morfologi
Kelompok Sub
kelompok Sub sub
kelompok Karakter
yang memisahkan
I 15 Tinggi
tanaman
II 1, 12, 7, 18, 19, 28,
27,4, 22, 26, 2, 24, 16, 8, 13, 10, 6, 20,
14, 21, 11, 23, 25, 5, 3, 9, 17
Sub I 3, 9, 17 Panjang
daun
SubII 1, 12, 7, 18,
19, 28, 27,4, 22,
26, 2, 24, 16, 8, 13,
10, 6, 20, 14, 21, 11,
23, 25, 5
Sub sub I
2, 24, 16, 8, 13, 10,
6, 20, 14, 21, 11, 23,
25, 5 Jumlah ruas
Sub sub
II 1, 12, 7,
18, 19, 28, 27,4, 22,
26
Mutan Putatif Lada Ciinten S
im il
a r
it y
15 17
9 3
5 25
23 11
21 14
20 6
10 13
8 16
24 2
26 22
4 27
28 19
18 7
12 1
18.15
45.44
72.72
100.00
I II
SubII SubI
Sub sub II Sub sub I
Salah satu tanaman yang termasuk kelompok sub sub II adalah tanaman kontrol varietas asal Ciinten 28. Diantara mutan putatif lada sub II pada tingkat
kesamaan 75 terbagi menjadi dua sub sub kelompok dengan karakter jumlah ruas sebagai pemisah, yaitu sub sub I dengan 14 individu, dan sub sub kelompok
II dengan 10 individu. Varietas Ciinten tanpa iradiasi nomor 28 berbeda dengan tanaman hasil iradiasi pada tingkat kesamaan 87.Varietas asal Ciinten nomor
28 berbeda hanya beberapa persen dengan mutan 18,19 dan 27, tetapi lebih besar perbedaannya dengan 1, 2, dan 17. Tingkat kesamaan semakin menurun atau
perbedaan semakin besar dengan mutan 4, 22 dan 26. Tingkat kesamaan semakin bertambah menurun dengan kelompok sub sub I sangat berbeda jauh dengan
MP15 pada tingkat 82.85 . 4.3.2 Keragaman Mutan Putatif Lada Ciinten Berdasarkan Penanda SSR
Hasil observasi sifat morfologi kualitatif dan kuantitatif didapatkan 27 mutan putatif lada Ciinten yang tidak berbeda secara fenotipik dengan kontrol.
Mutan tersebut berada diantara dosis LD
20
dan LD
50
yaitu dosis 25 Gy dan 50 Gy pada fase benih, sedangkan dosis 25 Gy pada fase benih tanpa radikula. Harten
1998 menyatakan bahwa pemberian dosis iradiasi disekitar dosis letal LD
20
- LD
50
dapat meningkatkan keragaman genetik. Tanaman hasil iradiasi dengan kontrol dianalisis secara molekuler menggunakan penanda SSR. Sebelum analisis
molekuler dilakukan skrining primer untuk mendapatkan primer yang polimorfik. Hasil analisis PCR menunjukkan bahwa dari sembilan primer SSR, lima primer
menghasilkan pita yang polimorfis, sedangkan tiga primer memiliki pita monomorfis. Lima primer tersebut adalah Psol10, Psol15, Psol16, Psol17, Psol18.
Hasil PCR yang sudah di visualisasi dengan menggunakan PAGE menunjukkan pita polimorfis pada primer Psol 10 dan Psol 16 Gambar 4.1.
Primer Psol10 menghasilkan perbedaan pita pada kontrol 28 dengan nomor 2, 7, 26. Pada kontrol terdeteksi 2 pita, sedangkan pada mutan hanya satu pita. Ini
kemungkinan terjadi delesi atau berkurangnya beberapa basa pada mutan putatif sehingga hanya menghasilkan satu pita. Primer Psol16 menghasilkan perbedaan
pita, pada kontrol 28 menghasilkan satu pita, sedangkan individu pada individu nomor 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 menghasilkan dua pita.
Perubahan jumlah pita, diduga terkait dengan perlakuan iradiasi sinar gamma.
Jumlah pita yang dihasilkan tergantung pada berapa banyak potongan DNA yang dihasilkan dari PCR. Pita DNA yang polimorfisme menunjukkan terjadinya
mutasi. Muhammad Othman 2005 menyatakan bahwa polimerfisme pita DNA berdasarkan muncul dan tidaknya pita dapat disebabkan terjadinya delesi
atau insersi. Keragaan pola pita menunjukkan keragaman regeneran lada kontrol dan mutannya pada tingkat DNA. Mohr Schoffer menyatakan bahwa radiasi
pengion iradiasi gamma akan menghasilkan ion dan radikal dalam bentuk hidroksil OH
-
. Jika radikal hidroksil menempel pada rantai nukleotida dalam DNA, maka utas tunggal atau ganda DNA akan patah, sehingga akan mengalami
perubahan gen.
Ld 27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 28
27 26 25 24 23 22 21 20 19 18 17 16 15 14 13 12 11 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 28Ld
Gambar 4.2 Hasil elektroforesis dengan primer a Psol 10 dan b Psol 16 dengan menggunakan PAGE pada 27 individu hasil iradiasi sinar gamma
Ada tidaknya pita DNA hasil amplifikasi pada setiap primer sangat dipengaruhi: kemurnian dan konsentrasi DNA cetakan template. DNA cetakan
mengandung senyawa-senyawa polisakarida dan senyawa fenolik serta konsentrasi DNA yang terlalu kecil sering menghasilkan pita DNA amplifikasi
yang samar-samar atau tidak jelas, sebaran situs penempelan primer pada DNA cetakan, adanya kompetisi tempat penempelan primer pada DNA cetakan yang
menyebabkan satu fragmen diamplifikasi dalam jumlah banyak dan fragmen lainnya sedikit. Hubungan kekerabatan antar genotipe dapat diketahui koefisien
kemiripan dan analisis klaster analisis pengelompokkan menggunakan karakter morfologi atau pola pita DNA penanda SSR. Analisis klaster merupakan teknik
multivariate yang mempunyai tujuan utama yaitu mengelompokkan objek berdasarkan tingkat kesamaan karakteristik yang dimilikinya.
Gambar 4.3 Dendogram 27 mutan putatif lada Ciinten hasil iradiasi sinar gamma dan tetua berdasarkan karakter molekuler marka SSR dengan lima
primer
Pita SSR yang sudah discoring dianalisis menggunakan program NTYS sehingga didapatkan dendrogram pada Gambar 4.2. Hasil dendogram terdapat dua
kelompok besar yang membedakan antara tetua asal lada Ciinten nomor 28
200bp
200bp
Kontrol
kelompok I dengan 27 mutan hasil iradiasi sinar gamma pada tingkat kesamaan 63 kelompok II. Kelompok II dibagi menjadi dua sub kelompok yaitu sub I
dan sub II pada tingkat kesamaan 65. Sub II terdiri dari individu nomor 1 dan 8, sedangkan Sub I terdiri dari dua kelompok yaitu sub sub I dan sub sub 2 dengan
tingkat kesamaan 69. Sub sub I terdiri dari individu nomor 2, 12, 23, sedangkan dan sub sub II terdapat 22 mutan putatif, yang diantaranya terdapat mutan putatif
lada yang memiliki tingkat kesamaan 100 yaitu nomor 4 dengan 25; nomor 11, 16 dan 24; nomor 20, 21 dan 22 serta nomor 15 dan 19.
Pada penelitian Qosim 2006 menyebutkan bahwa induksi radiasi sinar gamma terhadap kalus nodular manggis menghasilkan keragaman genetik antara
60-91 berdasarkan RAPD, sedangkan pada penelitian Harahap 2005 biji manggis hasil iradiasi sinar gamma yang di tanam secara in vitro, didapat
keragaman genetik yang diperoleh sebesar 62-100. Sobir Poerwanto 2007 menyatakan berdasarkan analisis RAPD pada bibit manggis hasil iradiasi sinar
gamma menggunakan lima primer acak, terbukti menghasilkan keragaman genetik tanaman hasil iradiasi lebih besar 62 dibandingkan variabilitas aksesi
manggis di Jawa 27. Pada penelitian ini, keragaman genetik yang diperoleh dari hasil iradiasi sinar gamma sebesar 77-95, meningkat sebesar 5
dibandingkan kontrol.
Marka DNA adalah bagian kecil dari sekuen DNA yang dapat menunjukkan keragaman akibat delesi, duplikasi, insersi atau substitusi antar individu yang
berbeda, yang dapat diidentifikasi berdasarkan produk PCR berupa ukuran pita atau jarak migrasi pita.
Perubahan pita berdasarkan karakter molekuler dengan SSR terjadi pada mutan hasil iradiasi sinar gamma.
Hal ini mengindikasikan bahwa iradiasi yang dilakukan pada lada menghasilkan mutan yang secara
genetik cukup beragam, sehingga dapat dijadikan sebagai sumber plasma nutfah untuk kegiatan perakitan varietas lada untuk berbagai karakter yang dinginkan
antara lain sifat tahan terhadap cekaman biotik dan cekaman abiotik. Salah satu cekaman biotik seperti ketahanan terhadap penyakit busuk pangkal batang yang
disebabkan oleh cendawan P. capsici.