Rizobakteri Sebagai PGPR HASIL PENELITIAN

growth promoting rizobacteria PGPR. Daftar isolat rizobakteri yang bersifat sebagai PGPR disajikan pada Table 4.3. Tabel 4.3. Daftar nama isolat rizobakteri yang dapat memacu pertumbuhan akar tanaman Padi Merah No. Nama isolat Kemapuan memacu pertumbuhan akar 1 O3.8 + 2 O3.9 + 3 OR.3 + 4 Al7Kla + 5 Al2TT + 6 KtE7 + 7 KdDDA2 + 8 Bm5Sa + 9 Sr2Ta +

4.5 PGPR yang dapat Menginduksi Ketahanan

Semua 95 isolat rizobakteri diuji kemampuannya untuk memacu pertumbuhan dan menginduksi ketahanan terhadap penyakit blas. Hasil pengujian menunjukkan bahwa hanya 4 empat isolat yaitu Al7Kla, OR3, O3.8 dan KdDDA2 yang mampu memacu pertumbuhan sekaligus menginduksi ketahanan tanaman padi varietas Padi Merah terhadap penyakit blas. Sebanyak 91 isolat tidak mampu menginduksi ketahanan terhadap penyakit blas. Keempat isolat ini selanjutnya akan diidentifikasi untuk menentukan spesies.

4.6. Hasil Amplifikasi DNA

Amplifikasi DNA menggunakan 2 x Go Taq Green PCR Master Pomega, pasangan primer 16S 63F 5’- CAG GCC TAA CAC ATG CAA GTC-3 dan 1387R 5-GGG CGG WGT GTA CAA GGC-3 dalam mesin PCR SENSOQUEST Labcycler pada kondisi 94  C selama 5 menit, dilanjutkan sebanyak 30 siklus berturut turut pada 94 C selama 30 detik, 55C selama 45 detik, dan 72 C selama 2 menit, terakhir ditambah 72C selama 10 menit. Hasil PCR divisualisasi pada agarosa gel 1 dan dielektroforesis di dalam buffer tris- acetic EDTA TAE, yang diwarnai dengan pewarna berfluoresens non toksik PeqGREEN. Amplifikasi DNA menghasilkan fragmen DNA berukuran ± 1300 pb seperti disajikan pada Gambar 4.7. Gambar 4.7. Amplifikasi PCR gen 16S rRNA rizobakteri dengan primer 63F dan 1387R. M1= 1 kb DNA ladder Thermo, Lane 1-4 berturut turut adalah isolat Al7Kla, O3.8, KdDDA2, OR3. M2 = 100 bb DNA ladder Thermo. Fragmen DNA selanjutnya difurifikasi dan disekuensing untuk menentukan spesies rizobakteri berdasarkan kemiripan dengan spesies bakteri lainnya yang telah teridentifikasi. Sekuen nukleotida rizobakteri isolat Al7Kla produk PCR hasil amplifikasi gen 16S RNA adalah sebagai berikut : 5’ACGGGTGAGTAATGTATGGGGATCTGCCCGATAGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGC TAATACCGCATAATCTCTCAGGAGCAAAGCAGGGGAACTTCGGTCCTTGCGCTATCGGATGAAC CCATATGGGATTAGCTAGTAGGTGAGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTG AGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTG GGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCCTA GGGTTGTAAAGTACTTTCAGTCGGGAGGAAGGCGTTGATGCTAATATCATCAACGATTGACGTT ACCGACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAG CGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTGATTAAGTTAGATGTGAAATCC CCGGGCTTAACCTGGGAATGGCATCTAAGACTGGTCAGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGA ATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCC 1500 pb 1000 pb 250 pb 1000 pb 1500 pb 500 pb 250 pb M1 M2 1 2 3 4