UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
eksponensial atau puncak dan fase plateau atau stabil Vaerman, 2004. Kelompok ini secara meyakinkan terbukti mengandung DNA Sapi didalamnya.
Kelompok kedua terdiri dari dua sampel yang memiliki kurva landai atau terlalu cepat memasuki fase puncak atau fase stabil. Kondisi ini biasanya
terjadi akibat terlalu pekatnya konsentrasi DNA. Kemungkinan lain adalah telah sampai kepada kemampuan puncaknya reagen PCR dalam
mengamplifikasi DNA yang diakibatkan kehabisan dNTP atau komponen reagen lainnya. Untuk Kelompok ini masih dapat dibuktikan bahwasanya
sampel mengandung DNA sapi didalamnya. Kelompok ketiga terdapat 4 sampel yang terdiri dari 3 sampel yang
memang diprediksi tidak akan mengalami amplifikasi dan 1 sampel yang diduga terdapat banyak pengotor didalamnya. Dari kurva amplifikasi yang
terbentuk dapat diinterpretasikan bahwasanya sampel tersebut tidak mengandung DNA target. Hasil amplifikasi sampel menggunakan primer sapi
ini digunakan sebagai pelengkap, ditujukan untuk mengetahui keberadaan daging sapi yang merupakan bahan baku sampel.
4.3.2.1 Hasil Analisis Menggunakan Metode Analisis Second Derivative
Maximum
Instrumen LightCycler 480 Real-Time PCR yang digunakan dalam penelitian ini menyediakan dua jenis metode analisis penentuan Crossing Point
CP bagi penggunanya, yakni Metode Second Derivative Maximum dan Fit Point. CP adalah titik dimana fluorescent dari sampel naik melewati
fluorescent background atau base line. Siklus dimana kurva setiap sampel naik melewati background tergantung jumlah target DNA yang terdapat pada awal
sebelum proses amplifikasi Roche
b
, 2012. Dalam analisis kualitatif keberadaan CP menunjukkan keberadaan DNA target dalam sampel yang
diujikan. Metode Analisis Second Derivative Maximum dalam mengidentifikasi
nilai CP menggunakan titik dimana kurva amplifikasi dari sampel mengalami kenaikan yang tajam. Titik ini disesuaikan dengan angka maksimum turunan
kedua berdasarkan atas fakta bahwasanya peningkatan fluorescent terjadi secara eksponen. Dalam penentuannya software instrumen ini melakukkan
perhitungan hal tetrsebut secara otomatis. Roche
b
, 2012
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Tabel 6. Nilai CP Menggunakan Metode analisis Second Derivative Maximum
pada sampel dengan primer sapi
No. Nama Sampel
Crossing Point CP
1. Daging Sapi DS
18,27 2.
Simulasi Bakso Sapi SS 21,92
3. Bakso A A
17,87 4.
Bakso F F 18,87
5. Bakso G G
- 6.
Bakso I I 18,01
7. Bakso KI KI
18,80 8.
Bakso KO KO 19,22
9. Bakso Mr.B Mr.B
16,95 10.
Bakso SR SR 15,57
11. No Template Control NTC
- 12.
Simulasi Bakso Babi SB -
13. Daging Babi DB
-
Hasil Analisis menunjukkan Bakso SR SR memiliki nilai CP terendah 15,57 yang berarti memiliki konsentrasi DNA awal tertinggi diikuti oleh
Mr.B 16,95; A 17,87; I 18,01; DS 18,27; KI 18,80; F 18,87; KO 19,22 dan SS 21,92. Bakso G G tidak teridentifikasi nilai CP nya
menggunakan metode ini. Kecuali Bakso G, hasil identifikasi menunjukkan kesesuaian bahwa semua sampel yang positif mengandung sapi mengalami
amplifikasi ketika di ujikan.
4.3.2.2 Hasil Analisis Menggunakan Metode Analisis Fit Point
Metode analisis Fit Point membutuhkan penyesuaian noiseband untuk menghilangkan noise sebagai informasi yang tidak dibutuhkan. Posisi optimal
dari noiseband diatur sebisa mungkin dengan nilai terendah yang bisa di dapatkan. Metode ini memberi kemungkinan penggunanya secara manual
menentukan sendiri batas treshold untuk menghilangkan segala bentuk background noise yang tidak memiliki bentuk kurva amplifikasi log-linear.
Nilai CP didapatkan dari perpotongan garis treshold yang ditentukan dengan
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
kurva amplifikasi yang terbentuk. Roche
b
, 2012. Nilai CP berbanding terbalik dengan konsentrasi DNA sehingga semakin rendah nilai CP maka akan
semakin tinggi konsentrasi DNA dalam sampel tersebut.
Tabel 7. Nilai CP Menggunakan Metode analisis Fit Point dengan variasi nilai
treshold pada sampel dengan primer sapi
Perubahan nilai treshold akan merubah semua nilai CP yang diujikan. Kenaikan dan penurunan CP akan berbanding lurus dengan nilai CP. Hal
tersebut disebabkan asal mula nilai CP yang berdasarkan perpotongan kurva amplifikasi dengan garis horizontal bernama treshold yang telah dijelaskan
sebelumnya. Sebagai contoh pada sampel yang memiliki nilai CP tertendah yakni SR pada treshold 0,5716 memiliki nilai CP 14,76. Apabila treshold
dinaikan menjadi 0,75; 0,9 dan 1,33 maka nilai CP nya pun akan meningkat menjadi 15,51; 15,86 dan 16,53. Nilai CP yang rendah menunjukkan
konsentrasi DNA target yang tinggi.
No. Nama Sampel
Crossing Point CP pada treshold 0,5617
0,7500 0,9000
1,3300
1. Daging Sapi DS
17,59 18,27
18,61 19,19
2. Simulasi Bakso Sapi SS
20,78 21,61
21,95 22,65
3. Bakso A A
17,23 17,73
17,92 18,68
4. Bakso F F
19,79 21,25
21,73 24,58
5. Bakso G G
25,76 -
34,60 -
6. Bakso I I
17,60 17,94
18,28 18,75
7. Bakso KI KI
20,82 21,87
22,86 25,35
8. Bakso KO KO
18,75 19,11
19,51 20,20
9. Bakso MR.B Mr.B
16,52 16,80
17,17 17,97
10. Bakso SR SR 14,76
15,51 15,86
16,53 11. No
Template Control
NTC 34,17
- -
- 12. Simulasi Bakso Babi SB
- -
- -
13. Daging Babi DB 29
- -
-
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Hasil analisis berdasarkan variasi nilai treshold menunjukkan bahwa modifikasi treshold memiliki pengaruh dalam interpretasi hasil analisis,
terutama jika selisih perbedaan CP masing-masing sampel tidak terlampau jauh. Pengambilan angka treshold yang terlalu rendah menyebabkan
teridentifikasinya sampel yang sebelumnya tidak terdeteksi. Daging Babi DB dan NTC yang sebelumnya tidak memiliki CP pada treshold 0,75 ketika di
modifikasi pada 0,5617 menjadi terdeteksi yakni 29 dan 34,17. Nilai CP yang terlalu tinggi 30 pada kondisi normal mengindikasikan modifikasi yang
tidak logis. Disini peneliti menetapkan menggunakan hasil CP dari modifikasi treshold 0,75 yang memiliki kesesuian dengan hasil dari metode Second
Derivative Maximum. Penggunaan metode analisis berbasis Fit Point paling lazim digunakan
dalam Real-Time PCR. Metode ini memerlukan keahlian peneliti dalam memodifikasi noiseband atau angka treshold agar didapatkan hasil analisis
yang tepercaya. Pada analisis kuantitatif yang menggunakan kurva standar, modifikasi angka treshold sebaiknya dihindari untuk meminimalisir kesalahan
Roche
b
, 2012 4.3.2.3
Perbandingan antara Analisis Second Derivative Maximum dan Fit Point pada Primer Sapi
Tabel 8.
Perbandingan Nilai CP Menggunakan Metode analisis Second Derivative Maximum dan Fit Point pada treshold 0,75 dengan primer sapi
MetodeSampel DS
SS A
F G
I KI
KO Mr.B
SR DB
SB NTC
2nd Drv Max 18,27
21,92 17,87
18,87 -
18,01 18,80
19,22 16,95
15,57 -
- -
Fit Point 0,75 18,27
21,61 ▼
17,73 ▼
21,25 ▲
- 17,94
▼ 21,87
▲ 19,11
▼ 16,80
▼ 15,51
▼ -
- -
Analisis dilakukan dengan membandingkan hasil CP dari metode Second Derivative Maximum dan Hasil CP dari metode Fit Point yang dimodifikasi
hingga memiliki 1 sampel yang mempunyai kesamaan CP dengan metode Second Derivative Maximum treshold 0,75. Modifikasi menghasilkan CP dari
DS yang sama-sama bernilai 18,27. Meski telah ditemukan nilai treshold untuk mendapatkan CP yang sama
dengan sampel DS dari metode Second Derivative Maximum, bukan berarti semua nilai CP pada metode Fit Point akan sama dengan nilai CP pada metode
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Second Derivative Maximum. Perbedaan nilai pun tidak memiliki pola yang jelas. Hal ini terjadi karena metode Second Derivative Maximum tidak
menggunakan garis treshold sebagai acuan dalam penentuan CP.
4.3.3 Hasil Amplifikasi DNA menggunakan Real-Time PCR dengan metode
Hydrolysis Probe menggunakan Primer Babi Hasil kurva amplifikasi sampel dengan menggunakan primer babi
merupakan acuan inti dari penelitian ini. Dari kurva amplifikasi tersebut akan dapat terjawab pertanyaan apakah terjadi cemaran daging babi dari sampel
bakso sapi yang di ujikan. Sebagaimana pada pembahasan sebelumnya, kenaikan kurva amplifikasi menandakan sampel positif mengandung DNA
target yang dalam hal ini berarti mengandung babi.
Gambar 4.4 Kurva Amplifikasi Real-Time PCR menggunakan Primer Babi
Keterangan: DB = Daging Babi; SB= Simulasi Bakso Babi
Dari hasil kurva amplifikasi terlihat jelas hanya ada 2 sampel yang mengalami amplifikasi membentuk kurva log-linear. Sampel tersebut adalah
Daging Babi dan Simulasi Bakso Babi yang memang diprediksi akan mengalami amplifikasi. Kondisi ini menandakan bahwasanya tidak terdapat
cemaran daging babi pada sampel bakso sapi yang diujikan. Kurva yang terbentuk sebenarnya tidak sigmoid atau tidak terlalu
membentuk log-linear, namun tetap jelas menampakkan adanya amplifikasi
DB SB
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
yang sangat signifikan. Kurang sempurnanya bentuk kurva bisa disebabkan kurang baiknya proses mixing dan penanganan yang kurang baik.
4.3.3.1 Hasil Analisis Menggunakan Metode Analisis Second Derivative
Maximum Tabel 9.
Nilai CP Menggunakan Metode analisis Second Derivative Maximum
pada sampel dengan primer babi No.
Nama Sampel Crossing Point CP
1. Daging Babi DB
16,74 2.
Simulasi Bakso Babi SB 30,37
3. Bakso A A
- 4.
Bakso F F -
5. Bakso G G
- 6.
Bakso I I -
7. Bakso KI KI
- 8.
Bakso KO KO -
9. Bakso Mr.B Mr.B
- 10.
Bakso SR SR -
11. Daging Sapi DS
- 12.
Simulasi Bakso Sapi SS -
13. No Template Control NTC
-
Nilai CP yang diperoleh menggunakan metode Second Derivative Maximum menjelaskan bahwasannya hanya DB dan SB saja yang mengandung
DNA target. Daging Babi segar DB memiliki nilai CP 16,74 terpaut jauh dari Simulasi Bakso Babi SB yang memperoleh CP 30,37. Selisih cukup jauh
antara dua sampel tersebut menandakan perbedaan konsentrasi DNA yang cukup signifikan, meskipun keduanya telah terbukti mengandung babi.
Dalam penelitian ini daging segar memiliki nilai CP yang tidak terlampau tinggi yang berkisar antara 15-20. Sampel SB yang pada pembuatan diproses
menggunakan daging segar mengalami perbedaan CP yang cukup signifikan. Hal ini dimungkinkan terjadi karena konsentrasi daging segar yang digunakan
dalam pembuatannya terlampau kecil atau terdapat banyak pengotor yang
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
mengganggu pada proses ekstraksi sehingga hanya sedikit DNA target yang terisolasi.
4.3.3.2 Hasil Analisis Menggunakan Metode Analisis Fit Point
Tabel 10. Nilai CP Menggunakan Metode analisis Fit Point dengan variasi nilai
treshold pada sampel dengan primer babi
Metode Fit Point pada sampel yang di amplifikasi menggunakan primer babi menunjukkan hubungan yang sama sebagaimana yang terjadi saat
menganalisis sampel sapi yang di amplifikasi dengan primer sapi. Modifikasi berupa penurunan nilai treshold dari 1,33 menjadi 0,94 dan 0,9 menyebabkan
beberapa sampel yang semula tidak terdeteksi menjadi teridentifikasi nilai CP nya. Sampel A yang sebelumnya tidak terdeteksi menjadi memiliki CP 29,83
dan 26,63 setelah treshold diturunkan menjadi 0,94 dan 0,9. Begitupun dengan Sampel KI; Mr.B; SR; dan DS yang setelah treshold diturunkan menjadi 0,94
dan 0,9 menjadi memiliki CP berturut-turut 36,93; 34,40; 34,78 dan 34,02 serta 32,47; 36,96; 28,64 dan 26,85. Sedangkan Sampel G yang sebelumnya tidak
memiliki CP menjadi memiliki CP 35,94 setelah diturunkan tresholdnya
No. Nama Sampel
Crossing Point CP pada treshold 0,9000
0,9400 1,3300
1,7330
1. Daging Babi DB
16,57 16,74
17,78 18,87
2. Simulasi Bakso Babi SB
25,76 26,18
28,61 30,37
3. Bakso A A
26,63 29,83
- -
4. Bakso F F
- -
- -
5. Bakso G G
35,94 -
- -
6. Bakso I I
- 29,83
- -
7. Bakso KI KI
34,40 36,93
- -
8. Bakso KO KO
- -
- -
9. Bakso Mr.B Mr.B
34,02 34,78
- -
10. Bakso SR SR 36,96
32,47 -
- 11. Daging Sapi DS
26,85 28,64
- -
12. Simulasi Bakso Sapi SS -
- -
- 13. No Template Control NTC
- -
- -
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
menjadi 0,9 serta Sampel I ber CP 29,83 setelah treshold diturunkan menjadi 0,94.
Hasil modifikasi treshold pada angka 1,33 dan 1,733 lebih dapat dipertanggungjawabkan melihat kurva amplifikasi jelas terlihat hanya ada 2
sampel saja yang membentuk kurva sigmoid yakni Sampel DB dan SB. Hal ini senada dengan yang didapatkan dengan metode Second Derivative Maximum.
4.3.3.3 Perbandingan antara Analisis Second Derivative Maximum dan Fit
Point pada primer babi Tabel 11a
Perbandingan Nilai CP Menggunakan Metode analisis Second Derivative Maximum dan Fit Point pada treshold 0,914 dengan primer babi
MetodeSampel DB
SB A
F G
I KI
KO Mr.B
SR DS
SS NTC
2nd Drv. Max. 16,74
30,37 -
- -
- -
- -
- -
- -
Fit Point 0,94 16,74
26,18 29,83
- -
29,83 36,93
- 34,78
32,47 28,64
- -
Tabel 11b
Perbandingan Nilai CP Menggunakan Metode analisis Second Derivative Maximum dan Fit Point pada treshold 1,733 dengan primer babi
MetodeSampel DB
SB A
F G
I KI
KO Mr.B
SR DS
SS NTC
2nd Drv, Max. 16,74
30,37 -
- -
- -
- -
- -
- -
Fit Point 1,733 18,87
30,37 -
- -
- -
- -
- -
- -
Pada tabel 11a dan 11 b telah didapatkan nilai CP hasil modifikasi treshold menyesuaikan salah satu nilai pada sampel yang terdapat pada hasil analisis
metode Second Derivative Maximum. Setelah dilakukan penyesuaian, kembali terbukti bahwasanya metode Second Derivative Maximum dalam menetapkan
nilai CP tidak berdasarkan garis treshold sehingga penetapannya berbeda antara satu sampel dengan sampel lainnya.
Teridentifikasinya nilai CP sampel A, I, KI, Mr.B, SR dan DS pada tabel 11a menunjukkan bahwasanya metode Second Derivative Maximum tidak
menetapkan nilai treshold nya berdasarkan satu acuan saja. Penetapan nilai CP sebesar 30,37 pada Sampel SB dengan menggunakan metode Second
Derivative Maximum dan tidak mengidentifikasi ke sampel lainnya, ternyata memiliki nilai yang sama dengan nilai CP SB pada treshold 1,733. Padahal di
modifikasi sebelumnya yakni pada treshold 0,914, metode Fit Point dapat
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
mendeteksi sampel A, I, KI, Mr.B, SR dan DS. Perbedaan treshold yang signifikan ini jadi keunikan tersendiri dari metode SecondDerivativeMaximum.
4.3.4 Perbandingan antara metode analisis baik Second Derivative
Maximum maupun Fit Point pada sampel dengan primer sapi dan primer babi
Tabel 12. Perbandingan Nilai CP Menggunakan Metode analisis Second
Derivative Maximum pada primer Sapi dan Babi
PS DB
SB A
F G
I KI
KO Mr.B
SR DS
SS NTC
Sapi -
- 17,87
18,87 -
18,01 18,80
19,22 16,95
15,57 18,27
21,92 -
Babi 16,74
30,37 -
- -
- -
- -
- -
- -
Tabel 13a. Perbandingan Nilai CP Menggunakan Metode analisis Fit Point
dengan treshold 0,9 pada primer Sapi dan Babi
Tabel 13b.
Perbandingan Nilai CP Menggunakan Metode analisis Fit Point dengan treshold 1,33 pada primer Sapi dan Babi
PS DB
SB A
F G
I KI
KO Mr.B
SR DS
SS NTC
Sapi -
- 18,68
24,58 -
18,75 25,35
20,20 17,97
15,57 16,53
22,65 -
Babi 17,78
28,61 -
- -
- -
- -
- -
- -
Dari tabel di atas penggunaan nilai treshold tunggal untuk analisa berbeda yakni 1,33, memiliki kesesuian dengan hasil menggunakan metode Second
Derivative Maximum dalam penggunaannya untuk analisa kualitatif. Penggunaan metode Fit Point amat sangat bergantung pada bentuk kurva
yang diperoleh dan skill peneliti dalam menetapkan nilai treshold nya. Kesempatan untuk memodifikasi nilai treshold jika tidak digunakan secara
bertanggung jawab akan memberikan ruang bagi peneliti untuk memanipulasi data terutama pada analisis kualitatif. Ketidakcermatan dalam menetapkan
treshold dapat mengakibatkan kesalahan penetapan nilai konsentrasi pada penggunaannya dalam analisis kuantitatif.
Penetapan CP menggunakan metode Second Derivative Maximum baik dalam sampel dengan primer sapi maupun primer babi sangat memudahkan
peneliti dalam mendapatkan nilai CP yang tepercaya. Meski dalam analisis kualitatif nilai CP tidak terlalu signifikan pengaruhnya.
PS DB
SB A
F G
I KI
KO Mr.B
SR DS
SS NTC
Sapi -
- 17,92
21,73 34,60
18,28 22,86
19,51 17,17
15,86 18,61
21,95 -
Babi 16,57
25,76 26,63
- 35,94
- 34,40
- 34,02
36,96 26,85
- -
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
BAB 5 KESIMPULAN DAN SARAN
5.1 Kesimpulan
Hasil penelitian ini didapatkan kesimpulan antara lain: a. Real-Time PCR dengan Metode Hydrolysis Probe dapat mengamplifikasi
DNA dari bakso menggunakan primer spesifik sapi dan babi, dengan suhu denaturasi 95
o
C selama 15 detik dan suhu annealing 61
o
C untuk primer sapi dan 60
o
C untuk primer babi selama 1 menit serta suhu ekstensi 72
o
C selama 1 detik, dilakukan sebanyak 40 siklus.
b. Menggunakan metode analisis Second Derivative Maximum, kenaikan kurva amplifikasi saat menggunakan primer sapi terjadi pada kontrol
positif dan semua sampel kecuali Bakso G. Kenaikan kurva amplifikasi saat menggunakan primer babi terjadi pada kedua kontrol positif
sedangkan semua sampel dan kontrol negatif tidak teramplifikasi. c. Berdasarkan kurva amplifikasi DNA menggunakan Real-Time PCR
dengan metode Hydrolysis Probe, sampel bakso sapi uji yang beredar di wilayah Ciputat yang diperoleh pada tanggal 10 November 2014 tidak
tercemar daging babi.
5.2 Saran
a. Diharapkan dapat dilakukan analisis kuantitatif untuk mendapatkan informasi jumlah DNA atau konsentrasi cemaran daging babi pada produk
bakso sapi. b. Perlu di lakukan pencarian dan percobaan dengan primer baru dengan
urutan basa yang lebih spesifik dan benar-benar tidak memiliki kesamaan dengan spesies apapun selain spesies yang diharapkan.
c. Diharapkan dapat dilakukan pengembangan lebih lanjut terutama terkait metode isolasi, metode amplifikasi dan metode analisis yang lebih efektif
dan efisien yang kedepannya dapat dijadikan sebagai rujukan utama pengujian kehalalan produk bakso.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
DAFTAR PUSTAKA
Alaraidh, Ibrahim Abdullah. 2008. Improved DNA Extraction Method for Porcine Contaminants, Detection in Imported Meat to The Saudi Market. Saudi
Journal of Biological Sciences 15 2: 225-229 Antaranews. 2015. Polisi ungkap bakso daging celeng di Sukabumi. Hukum. Via
http:antaranews.com diakses pada 13 Mei 2015
BioDrop. 2015. Quick Start Guide. http:www.biodrop.co.uk
. Diakses pada tanggal 13 April 2015 pukul 10.04
BioRad. 2006. Real-Time PCR Application Guide. http:bio-rad.com
. Diakses pada tanggal 28 Mei 2015 pukul 15.22
Brooks, Randy.
2003. Basic
Principle of
Biology. BarCharts,Inc.
http:quickstudy.com diakses tanggal 28 Mei 2015 Pukul 15.20
Burns, Malcolm J., Gavin J Nixon., Carole A Foy., Neil Harris. 2005. Standardisation of data from real-time quantitative PCR methods
– evaluation of outliers and comparison of calibration curves. BMC
Biotecnology doi.10.11861472-6750-5-31 Cain, Michael L. 2002. Discover Biology Second Edition. W. W. Norton Co.
And Sumana Inc. Calvo, J.H P.Zaragoza dan R.Osta. 2001. Technical Note: A quick and more
sensitive method to identify pork in processed and unprocessed food by PCR amplification of a new specific DNA fragmen. Journal of Animal
Science. American Society of Animal Science. 79:2108-2112, 2001
Dewan Standardisasi Nasional. 1995. SNI 01-3818, Bakso Daging. Dewan Standarisasi Nasional, Jakarta.
Departemen Agama RI. 2014. Al Hikmah Al- Qur’an dan Terjemahannya.
Bandung: CV.Diponegoro. Detik. 2012. Kasus Bakso Babi, Pedagang Bakso Khawatir Dagangan Tak Laku.
Detik Finance via http:detik.com
. Diakses pada 13 Mei 2015 Gaffar, Shabrani, M.Si. 2007. Buku Ajar Bioteknologi Molekul. Bandung:
FMIPA-Universitas Padjajaran.
Izzah, Afifah Nurul. 2014. Perbandingan antara Metode SYBR Green dan Metode Hydrolysis Probe dalam Analisis DNA Gelatin Sapi dan DNA Gelatin
Babi dengan Menggunakan Real Time PCR. SKRIPSI. Program Studi
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Farmasi. Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan. Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta.
Jain, Shally. 2004, Use Of Cytochrome B Gene Variability In Detecting Meat Species By Multiplex PCR Assay, Department Of Veterinary Public
Health, College Of Veterinary Science Animal Husbandry, Anand Agricultural University, Anand.
Jambi Independent.
2010. Bakso
Arema di
Campur Babi.
Via http:issuu.comjambi-independent
. diakses pada tanggal 29 Mei 2015 JPNN. 2015. Ngakunya Dagang Sapi Impor, Ternyata Jualan Bakso Daging Babi.
Kriminal. Via http:jpnn.com
. Diakses pada tanggal 13 Mei 2015 Pusat Bahasa Depdiknas. 2008. Kamus Besar Bahasa Indonesia. Jakarta. ISBN
978-979-689-779-1 Koolman, Jan dan Klaus-Heinrich Roehm. 2005. Color Atlas of Biochemistry.
Edisi kelima. Germany: Georg Thieme Verlag. Lopez-Andreo, Mario, Laura Lugo., A Garrido-Pertierra., M. Isabel Prieto and A
Puyet. 2005. Identification and quantitation of species in complex DNA mixtures by real-time polymerase chain reaction. Analytical Biochemistry.
3391, 73-82Bio-Rad. 2006. Real-time PCR Application Guide.
http:www.bio-rad.com . Diakses pada 20 Juli 2011
Margawati, Endang Tri., Muhamad Ridwan. 2010. Pengujian Pencemaran Daging Babi Pada Beberapa Produk Bakso Dengan Teknologi PCR:
Pencarian Sistem Pengujian Efektif. Bogor : Pusat Penelitian Bioteknologi, LIPI.
Muladno, 2010. Teknologi Rekayasa Genetik. Edisi Kedua. Bogor : IPB Press. NanoDrop,
2007. ND-
1000 Spectrophotometer V3.5 User’s Manual. http:nanodrop.com
Diakses pada 13 April 2015 pukul 11.00 National
Human Genome
Research Institute.
2010. Nucleic
Acid. http:genome.gov
. Diakses pada 28 Mei 2015 pukul 13.00
Okezone. 2010. Paguyuban Pedagang Bakso Palembang Resah. Via http:okezone.com
. Diakses pada 1 Juni 2014 Passarge, Ebenhard. 2007. Color Atlas of Genetics.Edisi ketiga. New York:
Theime. Purnomo, Bambang. 2004. Dasar
– Dasar Mikrobiologi. Bengkulu: Universitas Bengkulu Press.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Rahmawati, Putri. 2012. Analisis Cemaran daging Babi pada Produk Dendeng Sapi yang Beredar di Wilayah Ciputat dengan Metode Amplifikasi DNA
Menggunakan Real-Time PCR. SKRIPSI. Program Studi Farmasi. Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan. Universitas Islam Negeri Syarif
Hidayatullah Jakarta.
Roche
a
. 2008. The LightCycler® 480 Instrument Operator’s Manual.
http:www.roche-applied-science.com . diakses pada 13 April 2015 pukul
09.55 Roche
b
. 2012. High Pure PCR Template Preparation Kit.. http:www.roche-
applied-science.com . diakses pada 13 April 2015 pukul 10.00
Roche
c
. 2008. LightCycler® 480 Probes Master. Version February 2008. http:www.roche-applied-science.com
. diakses pada 13 April 2015 pukul 10.05
Roche
d
. 2012. The LightCycler® 480 System Unleash the Potential of Real-Time PCR.
http:www.roche-applied-science.com . diakses pada 13 April 2015
pukul 10.03 Saddam S, Muh. 2013. Pengaruh Pemberian Asap Cair dengan Lama
Penyimpanan Berbeda Terhadap Jumlah Bakteri dan Organoleptik Daging Sapi. SKRIPSI. Fakultas Peternakan Universitas Hasanuddin
Makasar.
Saiyed. Z.M., C.N. Ramchand. 2007. Extraction of Genomic DNA Using Magnetic Nanoparticle Fe
3
O
4
as Solid-Phase Support. American Journal of Infectious Disease 3 4: 225-229, 2007
Sambrook, J., E.F. Fritsch and T. Maniatis. 1989. Molecular Cloning, A Labolatory Manual. 2
nd
edition. New York : Cold Spring Harbour Laboratory Press. Book 1.6.1
– 6.17 Sindo. 2014. Bakso oplosan di Tambora diteliti selama seminggu. MetroNews
Via http:sindonews.com
. Diakses pada 13 Mei 2015 Solihin, Dedy Duryadi. 1994. Ulas balik Peran DNA Mitokondria mtDNA
dalam Studi Keragaman Genetik dan Biologi Populasi pada Hewan. Bogor : FMIPA IPB. ISSN 0854-8587
Sulistyaningsih, Erma. 2007. Polymerase Chain Reaction PCR: Era Baru Diagnosis dan Manajemen Penyakit Infeksi. Jember : Laboratorium
Fisiologi Fakultas Kedokteran Universitas Jember. Tanabe, Soichi., Makiko Hase., Takeo Yano., Masahiko Sato., Tasuya Fujimura.,
and Hiroshi Akiyama. 2007. A Real-Time Quantitative PCR Detection Method for Pork, Chicken, Beef, Mutton, and Horseflesh in Foods. Japan :
Setagaya-ku, Tokyo. 71 12. 3131-3135.2007