Hasil Amplifikasi DNA menggunakan Real-Time PCR

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta eksponensial atau puncak dan fase plateau atau stabil Vaerman, 2004. Kelompok ini secara meyakinkan terbukti mengandung DNA Sapi didalamnya. Kelompok kedua terdiri dari dua sampel yang memiliki kurva landai atau terlalu cepat memasuki fase puncak atau fase stabil. Kondisi ini biasanya terjadi akibat terlalu pekatnya konsentrasi DNA. Kemungkinan lain adalah telah sampai kepada kemampuan puncaknya reagen PCR dalam mengamplifikasi DNA yang diakibatkan kehabisan dNTP atau komponen reagen lainnya. Untuk Kelompok ini masih dapat dibuktikan bahwasanya sampel mengandung DNA sapi didalamnya. Kelompok ketiga terdapat 4 sampel yang terdiri dari 3 sampel yang memang diprediksi tidak akan mengalami amplifikasi dan 1 sampel yang diduga terdapat banyak pengotor didalamnya. Dari kurva amplifikasi yang terbentuk dapat diinterpretasikan bahwasanya sampel tersebut tidak mengandung DNA target. Hasil amplifikasi sampel menggunakan primer sapi ini digunakan sebagai pelengkap, ditujukan untuk mengetahui keberadaan daging sapi yang merupakan bahan baku sampel.

4.3.2.1 Hasil Analisis Menggunakan Metode Analisis Second Derivative

Maximum Instrumen LightCycler 480 Real-Time PCR yang digunakan dalam penelitian ini menyediakan dua jenis metode analisis penentuan Crossing Point CP bagi penggunanya, yakni Metode Second Derivative Maximum dan Fit Point. CP adalah titik dimana fluorescent dari sampel naik melewati fluorescent background atau base line. Siklus dimana kurva setiap sampel naik melewati background tergantung jumlah target DNA yang terdapat pada awal sebelum proses amplifikasi Roche b , 2012. Dalam analisis kualitatif keberadaan CP menunjukkan keberadaan DNA target dalam sampel yang diujikan. Metode Analisis Second Derivative Maximum dalam mengidentifikasi nilai CP menggunakan titik dimana kurva amplifikasi dari sampel mengalami kenaikan yang tajam. Titik ini disesuaikan dengan angka maksimum turunan kedua berdasarkan atas fakta bahwasanya peningkatan fluorescent terjadi secara eksponen. Dalam penentuannya software instrumen ini melakukkan perhitungan hal tetrsebut secara otomatis. Roche b , 2012 UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Tabel 6. Nilai CP Menggunakan Metode analisis Second Derivative Maximum pada sampel dengan primer sapi No. Nama Sampel Crossing Point CP 1. Daging Sapi DS 18,27 2. Simulasi Bakso Sapi SS 21,92 3. Bakso A A 17,87 4. Bakso F F 18,87 5. Bakso G G - 6. Bakso I I 18,01 7. Bakso KI KI 18,80 8. Bakso KO KO 19,22 9. Bakso Mr.B Mr.B 16,95 10. Bakso SR SR 15,57 11. No Template Control NTC - 12. Simulasi Bakso Babi SB - 13. Daging Babi DB - Hasil Analisis menunjukkan Bakso SR SR memiliki nilai CP terendah 15,57 yang berarti memiliki konsentrasi DNA awal tertinggi diikuti oleh Mr.B 16,95; A 17,87; I 18,01; DS 18,27; KI 18,80; F 18,87; KO 19,22 dan SS 21,92. Bakso G G tidak teridentifikasi nilai CP nya menggunakan metode ini. Kecuali Bakso G, hasil identifikasi menunjukkan kesesuaian bahwa semua sampel yang positif mengandung sapi mengalami amplifikasi ketika di ujikan.

4.3.2.2 Hasil Analisis Menggunakan Metode Analisis Fit Point

Metode analisis Fit Point membutuhkan penyesuaian noiseband untuk menghilangkan noise sebagai informasi yang tidak dibutuhkan. Posisi optimal dari noiseband diatur sebisa mungkin dengan nilai terendah yang bisa di dapatkan. Metode ini memberi kemungkinan penggunanya secara manual menentukan sendiri batas treshold untuk menghilangkan segala bentuk background noise yang tidak memiliki bentuk kurva amplifikasi log-linear. Nilai CP didapatkan dari perpotongan garis treshold yang ditentukan dengan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta kurva amplifikasi yang terbentuk. Roche b , 2012. Nilai CP berbanding terbalik dengan konsentrasi DNA sehingga semakin rendah nilai CP maka akan semakin tinggi konsentrasi DNA dalam sampel tersebut. Tabel 7. Nilai CP Menggunakan Metode analisis Fit Point dengan variasi nilai treshold pada sampel dengan primer sapi Perubahan nilai treshold akan merubah semua nilai CP yang diujikan. Kenaikan dan penurunan CP akan berbanding lurus dengan nilai CP. Hal tersebut disebabkan asal mula nilai CP yang berdasarkan perpotongan kurva amplifikasi dengan garis horizontal bernama treshold yang telah dijelaskan sebelumnya. Sebagai contoh pada sampel yang memiliki nilai CP tertendah yakni SR pada treshold 0,5716 memiliki nilai CP 14,76. Apabila treshold dinaikan menjadi 0,75; 0,9 dan 1,33 maka nilai CP nya pun akan meningkat menjadi 15,51; 15,86 dan 16,53. Nilai CP yang rendah menunjukkan konsentrasi DNA target yang tinggi. No. Nama Sampel Crossing Point CP pada treshold 0,5617 0,7500 0,9000 1,3300 1. Daging Sapi DS 17,59 18,27 18,61 19,19 2. Simulasi Bakso Sapi SS 20,78 21,61 21,95 22,65 3. Bakso A A 17,23 17,73 17,92 18,68 4. Bakso F F 19,79 21,25 21,73 24,58 5. Bakso G G 25,76 - 34,60 - 6. Bakso I I 17,60 17,94 18,28 18,75 7. Bakso KI KI 20,82 21,87 22,86 25,35 8. Bakso KO KO 18,75 19,11 19,51 20,20 9. Bakso MR.B Mr.B 16,52 16,80 17,17 17,97 10. Bakso SR SR 14,76 15,51 15,86 16,53 11. No Template Control NTC 34,17 - - - 12. Simulasi Bakso Babi SB - - - - 13. Daging Babi DB 29 - - - UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Hasil analisis berdasarkan variasi nilai treshold menunjukkan bahwa modifikasi treshold memiliki pengaruh dalam interpretasi hasil analisis, terutama jika selisih perbedaan CP masing-masing sampel tidak terlampau jauh. Pengambilan angka treshold yang terlalu rendah menyebabkan teridentifikasinya sampel yang sebelumnya tidak terdeteksi. Daging Babi DB dan NTC yang sebelumnya tidak memiliki CP pada treshold 0,75 ketika di modifikasi pada 0,5617 menjadi terdeteksi yakni 29 dan 34,17. Nilai CP yang terlalu tinggi 30 pada kondisi normal mengindikasikan modifikasi yang tidak logis. Disini peneliti menetapkan menggunakan hasil CP dari modifikasi treshold 0,75 yang memiliki kesesuian dengan hasil dari metode Second Derivative Maximum. Penggunaan metode analisis berbasis Fit Point paling lazim digunakan dalam Real-Time PCR. Metode ini memerlukan keahlian peneliti dalam memodifikasi noiseband atau angka treshold agar didapatkan hasil analisis yang tepercaya. Pada analisis kuantitatif yang menggunakan kurva standar, modifikasi angka treshold sebaiknya dihindari untuk meminimalisir kesalahan Roche b , 2012 4.3.2.3 Perbandingan antara Analisis Second Derivative Maximum dan Fit Point pada Primer Sapi Tabel 8. Perbandingan Nilai CP Menggunakan Metode analisis Second Derivative Maximum dan Fit Point pada treshold 0,75 dengan primer sapi MetodeSampel DS SS A F G I KI KO Mr.B SR DB SB NTC 2nd Drv Max 18,27 21,92 17,87 18,87 - 18,01 18,80 19,22 16,95 15,57 - - - Fit Point 0,75 18,27 21,61 ▼ 17,73 ▼ 21,25 ▲ - 17,94 ▼ 21,87 ▲ 19,11 ▼ 16,80 ▼ 15,51 ▼ - - - Analisis dilakukan dengan membandingkan hasil CP dari metode Second Derivative Maximum dan Hasil CP dari metode Fit Point yang dimodifikasi hingga memiliki 1 sampel yang mempunyai kesamaan CP dengan metode Second Derivative Maximum treshold 0,75. Modifikasi menghasilkan CP dari DS yang sama-sama bernilai 18,27. Meski telah ditemukan nilai treshold untuk mendapatkan CP yang sama dengan sampel DS dari metode Second Derivative Maximum, bukan berarti semua nilai CP pada metode Fit Point akan sama dengan nilai CP pada metode UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Second Derivative Maximum. Perbedaan nilai pun tidak memiliki pola yang jelas. Hal ini terjadi karena metode Second Derivative Maximum tidak menggunakan garis treshold sebagai acuan dalam penentuan CP.

4.3.3 Hasil Amplifikasi DNA menggunakan Real-Time PCR dengan metode

Hydrolysis Probe menggunakan Primer Babi Hasil kurva amplifikasi sampel dengan menggunakan primer babi merupakan acuan inti dari penelitian ini. Dari kurva amplifikasi tersebut akan dapat terjawab pertanyaan apakah terjadi cemaran daging babi dari sampel bakso sapi yang di ujikan. Sebagaimana pada pembahasan sebelumnya, kenaikan kurva amplifikasi menandakan sampel positif mengandung DNA target yang dalam hal ini berarti mengandung babi. Gambar 4.4 Kurva Amplifikasi Real-Time PCR menggunakan Primer Babi Keterangan: DB = Daging Babi; SB= Simulasi Bakso Babi Dari hasil kurva amplifikasi terlihat jelas hanya ada 2 sampel yang mengalami amplifikasi membentuk kurva log-linear. Sampel tersebut adalah Daging Babi dan Simulasi Bakso Babi yang memang diprediksi akan mengalami amplifikasi. Kondisi ini menandakan bahwasanya tidak terdapat cemaran daging babi pada sampel bakso sapi yang diujikan. Kurva yang terbentuk sebenarnya tidak sigmoid atau tidak terlalu membentuk log-linear, namun tetap jelas menampakkan adanya amplifikasi DB SB UIN Syarif Hidayatullah Jakarta yang sangat signifikan. Kurang sempurnanya bentuk kurva bisa disebabkan kurang baiknya proses mixing dan penanganan yang kurang baik.

4.3.3.1 Hasil Analisis Menggunakan Metode Analisis Second Derivative

Maximum Tabel 9. Nilai CP Menggunakan Metode analisis Second Derivative Maximum pada sampel dengan primer babi No. Nama Sampel Crossing Point CP 1. Daging Babi DB 16,74 2. Simulasi Bakso Babi SB 30,37 3. Bakso A A - 4. Bakso F F - 5. Bakso G G - 6. Bakso I I - 7. Bakso KI KI - 8. Bakso KO KO - 9. Bakso Mr.B Mr.B - 10. Bakso SR SR - 11. Daging Sapi DS - 12. Simulasi Bakso Sapi SS - 13. No Template Control NTC - Nilai CP yang diperoleh menggunakan metode Second Derivative Maximum menjelaskan bahwasannya hanya DB dan SB saja yang mengandung DNA target. Daging Babi segar DB memiliki nilai CP 16,74 terpaut jauh dari Simulasi Bakso Babi SB yang memperoleh CP 30,37. Selisih cukup jauh antara dua sampel tersebut menandakan perbedaan konsentrasi DNA yang cukup signifikan, meskipun keduanya telah terbukti mengandung babi. Dalam penelitian ini daging segar memiliki nilai CP yang tidak terlampau tinggi yang berkisar antara 15-20. Sampel SB yang pada pembuatan diproses menggunakan daging segar mengalami perbedaan CP yang cukup signifikan. Hal ini dimungkinkan terjadi karena konsentrasi daging segar yang digunakan dalam pembuatannya terlampau kecil atau terdapat banyak pengotor yang UIN Syarif Hidayatullah Jakarta mengganggu pada proses ekstraksi sehingga hanya sedikit DNA target yang terisolasi.

4.3.3.2 Hasil Analisis Menggunakan Metode Analisis Fit Point

Tabel 10. Nilai CP Menggunakan Metode analisis Fit Point dengan variasi nilai treshold pada sampel dengan primer babi Metode Fit Point pada sampel yang di amplifikasi menggunakan primer babi menunjukkan hubungan yang sama sebagaimana yang terjadi saat menganalisis sampel sapi yang di amplifikasi dengan primer sapi. Modifikasi berupa penurunan nilai treshold dari 1,33 menjadi 0,94 dan 0,9 menyebabkan beberapa sampel yang semula tidak terdeteksi menjadi teridentifikasi nilai CP nya. Sampel A yang sebelumnya tidak terdeteksi menjadi memiliki CP 29,83 dan 26,63 setelah treshold diturunkan menjadi 0,94 dan 0,9. Begitupun dengan Sampel KI; Mr.B; SR; dan DS yang setelah treshold diturunkan menjadi 0,94 dan 0,9 menjadi memiliki CP berturut-turut 36,93; 34,40; 34,78 dan 34,02 serta 32,47; 36,96; 28,64 dan 26,85. Sedangkan Sampel G yang sebelumnya tidak memiliki CP menjadi memiliki CP 35,94 setelah diturunkan tresholdnya No. Nama Sampel Crossing Point CP pada treshold 0,9000 0,9400 1,3300 1,7330 1. Daging Babi DB 16,57 16,74 17,78 18,87 2. Simulasi Bakso Babi SB 25,76 26,18 28,61 30,37 3. Bakso A A 26,63 29,83 - - 4. Bakso F F - - - - 5. Bakso G G 35,94 - - - 6. Bakso I I - 29,83 - - 7. Bakso KI KI 34,40 36,93 - - 8. Bakso KO KO - - - - 9. Bakso Mr.B Mr.B 34,02 34,78 - - 10. Bakso SR SR 36,96 32,47 - - 11. Daging Sapi DS 26,85 28,64 - - 12. Simulasi Bakso Sapi SS - - - - 13. No Template Control NTC - - - - UIN Syarif Hidayatullah Jakarta menjadi 0,9 serta Sampel I ber CP 29,83 setelah treshold diturunkan menjadi 0,94. Hasil modifikasi treshold pada angka 1,33 dan 1,733 lebih dapat dipertanggungjawabkan melihat kurva amplifikasi jelas terlihat hanya ada 2 sampel saja yang membentuk kurva sigmoid yakni Sampel DB dan SB. Hal ini senada dengan yang didapatkan dengan metode Second Derivative Maximum.

4.3.3.3 Perbandingan antara Analisis Second Derivative Maximum dan Fit

Point pada primer babi Tabel 11a Perbandingan Nilai CP Menggunakan Metode analisis Second Derivative Maximum dan Fit Point pada treshold 0,914 dengan primer babi MetodeSampel DB SB A F G I KI KO Mr.B SR DS SS NTC 2nd Drv. Max. 16,74 30,37 - - - - - - - - - - - Fit Point 0,94 16,74 26,18 29,83 - - 29,83 36,93 - 34,78 32,47 28,64 - - Tabel 11b Perbandingan Nilai CP Menggunakan Metode analisis Second Derivative Maximum dan Fit Point pada treshold 1,733 dengan primer babi MetodeSampel DB SB A F G I KI KO Mr.B SR DS SS NTC 2nd Drv, Max. 16,74 30,37 - - - - - - - - - - - Fit Point 1,733 18,87 30,37 - - - - - - - - - - - Pada tabel 11a dan 11 b telah didapatkan nilai CP hasil modifikasi treshold menyesuaikan salah satu nilai pada sampel yang terdapat pada hasil analisis metode Second Derivative Maximum. Setelah dilakukan penyesuaian, kembali terbukti bahwasanya metode Second Derivative Maximum dalam menetapkan nilai CP tidak berdasarkan garis treshold sehingga penetapannya berbeda antara satu sampel dengan sampel lainnya. Teridentifikasinya nilai CP sampel A, I, KI, Mr.B, SR dan DS pada tabel 11a menunjukkan bahwasanya metode Second Derivative Maximum tidak menetapkan nilai treshold nya berdasarkan satu acuan saja. Penetapan nilai CP sebesar 30,37 pada Sampel SB dengan menggunakan metode Second Derivative Maximum dan tidak mengidentifikasi ke sampel lainnya, ternyata memiliki nilai yang sama dengan nilai CP SB pada treshold 1,733. Padahal di modifikasi sebelumnya yakni pada treshold 0,914, metode Fit Point dapat UIN Syarif Hidayatullah Jakarta mendeteksi sampel A, I, KI, Mr.B, SR dan DS. Perbedaan treshold yang signifikan ini jadi keunikan tersendiri dari metode SecondDerivativeMaximum.

4.3.4 Perbandingan antara metode analisis baik Second Derivative

Maximum maupun Fit Point pada sampel dengan primer sapi dan primer babi Tabel 12. Perbandingan Nilai CP Menggunakan Metode analisis Second Derivative Maximum pada primer Sapi dan Babi PS DB SB A F G I KI KO Mr.B SR DS SS NTC Sapi - - 17,87 18,87 - 18,01 18,80 19,22 16,95 15,57 18,27 21,92 - Babi 16,74 30,37 - - - - - - - - - - - Tabel 13a. Perbandingan Nilai CP Menggunakan Metode analisis Fit Point dengan treshold 0,9 pada primer Sapi dan Babi Tabel 13b. Perbandingan Nilai CP Menggunakan Metode analisis Fit Point dengan treshold 1,33 pada primer Sapi dan Babi PS DB SB A F G I KI KO Mr.B SR DS SS NTC Sapi - - 18,68 24,58 - 18,75 25,35 20,20 17,97 15,57 16,53 22,65 - Babi 17,78 28,61 - - - - - - - - - - - Dari tabel di atas penggunaan nilai treshold tunggal untuk analisa berbeda yakni 1,33, memiliki kesesuian dengan hasil menggunakan metode Second Derivative Maximum dalam penggunaannya untuk analisa kualitatif. Penggunaan metode Fit Point amat sangat bergantung pada bentuk kurva yang diperoleh dan skill peneliti dalam menetapkan nilai treshold nya. Kesempatan untuk memodifikasi nilai treshold jika tidak digunakan secara bertanggung jawab akan memberikan ruang bagi peneliti untuk memanipulasi data terutama pada analisis kualitatif. Ketidakcermatan dalam menetapkan treshold dapat mengakibatkan kesalahan penetapan nilai konsentrasi pada penggunaannya dalam analisis kuantitatif. Penetapan CP menggunakan metode Second Derivative Maximum baik dalam sampel dengan primer sapi maupun primer babi sangat memudahkan peneliti dalam mendapatkan nilai CP yang tepercaya. Meski dalam analisis kualitatif nilai CP tidak terlalu signifikan pengaruhnya. PS DB SB A F G I KI KO Mr.B SR DS SS NTC Sapi - - 17,92 21,73 34,60 18,28 22,86 19,51 17,17 15,86 18,61 21,95 - Babi 16,57 25,76 26,63 - 35,94 - 34,40 - 34,02 36,96 26,85 - - UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

BAB 5 KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan

Hasil penelitian ini didapatkan kesimpulan antara lain: a. Real-Time PCR dengan Metode Hydrolysis Probe dapat mengamplifikasi DNA dari bakso menggunakan primer spesifik sapi dan babi, dengan suhu denaturasi 95 o C selama 15 detik dan suhu annealing 61 o C untuk primer sapi dan 60 o C untuk primer babi selama 1 menit serta suhu ekstensi 72 o C selama 1 detik, dilakukan sebanyak 40 siklus. b. Menggunakan metode analisis Second Derivative Maximum, kenaikan kurva amplifikasi saat menggunakan primer sapi terjadi pada kontrol positif dan semua sampel kecuali Bakso G. Kenaikan kurva amplifikasi saat menggunakan primer babi terjadi pada kedua kontrol positif sedangkan semua sampel dan kontrol negatif tidak teramplifikasi. c. Berdasarkan kurva amplifikasi DNA menggunakan Real-Time PCR dengan metode Hydrolysis Probe, sampel bakso sapi uji yang beredar di wilayah Ciputat yang diperoleh pada tanggal 10 November 2014 tidak tercemar daging babi.

5.2 Saran

a. Diharapkan dapat dilakukan analisis kuantitatif untuk mendapatkan informasi jumlah DNA atau konsentrasi cemaran daging babi pada produk bakso sapi. b. Perlu di lakukan pencarian dan percobaan dengan primer baru dengan urutan basa yang lebih spesifik dan benar-benar tidak memiliki kesamaan dengan spesies apapun selain spesies yang diharapkan. c. Diharapkan dapat dilakukan pengembangan lebih lanjut terutama terkait metode isolasi, metode amplifikasi dan metode analisis yang lebih efektif dan efisien yang kedepannya dapat dijadikan sebagai rujukan utama pengujian kehalalan produk bakso. UIN Syarif Hidayatullah Jakarta DAFTAR PUSTAKA Alaraidh, Ibrahim Abdullah. 2008. Improved DNA Extraction Method for Porcine Contaminants, Detection in Imported Meat to The Saudi Market. Saudi Journal of Biological Sciences 15 2: 225-229 Antaranews. 2015. Polisi ungkap bakso daging celeng di Sukabumi. Hukum. Via http:antaranews.com diakses pada 13 Mei 2015 BioDrop. 2015. Quick Start Guide. http:www.biodrop.co.uk . Diakses pada tanggal 13 April 2015 pukul 10.04 BioRad. 2006. Real-Time PCR Application Guide. http:bio-rad.com . Diakses pada tanggal 28 Mei 2015 pukul 15.22 Brooks, Randy. 2003. Basic Principle of Biology. BarCharts,Inc. http:quickstudy.com diakses tanggal 28 Mei 2015 Pukul 15.20 Burns, Malcolm J., Gavin J Nixon., Carole A Foy., Neil Harris. 2005. Standardisation of data from real-time quantitative PCR methods – evaluation of outliers and comparison of calibration curves. BMC Biotecnology doi.10.11861472-6750-5-31 Cain, Michael L. 2002. Discover Biology Second Edition. W. W. Norton Co. And Sumana Inc. Calvo, J.H P.Zaragoza dan R.Osta. 2001. Technical Note: A quick and more sensitive method to identify pork in processed and unprocessed food by PCR amplification of a new specific DNA fragmen. Journal of Animal Science. American Society of Animal Science. 79:2108-2112, 2001 Dewan Standardisasi Nasional. 1995. SNI 01-3818, Bakso Daging. Dewan Standarisasi Nasional, Jakarta. Departemen Agama RI. 2014. Al Hikmah Al- Qur’an dan Terjemahannya. Bandung: CV.Diponegoro. Detik. 2012. Kasus Bakso Babi, Pedagang Bakso Khawatir Dagangan Tak Laku. Detik Finance via http:detik.com . Diakses pada 13 Mei 2015 Gaffar, Shabrani, M.Si. 2007. Buku Ajar Bioteknologi Molekul. Bandung: FMIPA-Universitas Padjajaran. Izzah, Afifah Nurul. 2014. Perbandingan antara Metode SYBR Green dan Metode Hydrolysis Probe dalam Analisis DNA Gelatin Sapi dan DNA Gelatin Babi dengan Menggunakan Real Time PCR. SKRIPSI. Program Studi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Farmasi. Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan. Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta. Jain, Shally. 2004, Use Of Cytochrome B Gene Variability In Detecting Meat Species By Multiplex PCR Assay, Department Of Veterinary Public Health, College Of Veterinary Science Animal Husbandry, Anand Agricultural University, Anand. Jambi Independent. 2010. Bakso Arema di Campur Babi. Via http:issuu.comjambi-independent . diakses pada tanggal 29 Mei 2015 JPNN. 2015. Ngakunya Dagang Sapi Impor, Ternyata Jualan Bakso Daging Babi. Kriminal. Via http:jpnn.com . Diakses pada tanggal 13 Mei 2015 Pusat Bahasa Depdiknas. 2008. Kamus Besar Bahasa Indonesia. Jakarta. ISBN 978-979-689-779-1 Koolman, Jan dan Klaus-Heinrich Roehm. 2005. Color Atlas of Biochemistry. Edisi kelima. Germany: Georg Thieme Verlag. Lopez-Andreo, Mario, Laura Lugo., A Garrido-Pertierra., M. Isabel Prieto and A Puyet. 2005. Identification and quantitation of species in complex DNA mixtures by real-time polymerase chain reaction. Analytical Biochemistry. 3391, 73-82Bio-Rad. 2006. Real-time PCR Application Guide. http:www.bio-rad.com . Diakses pada 20 Juli 2011 Margawati, Endang Tri., Muhamad Ridwan. 2010. Pengujian Pencemaran Daging Babi Pada Beberapa Produk Bakso Dengan Teknologi PCR: Pencarian Sistem Pengujian Efektif. Bogor : Pusat Penelitian Bioteknologi, LIPI. Muladno, 2010. Teknologi Rekayasa Genetik. Edisi Kedua. Bogor : IPB Press. NanoDrop, 2007. ND- 1000 Spectrophotometer V3.5 User’s Manual. http:nanodrop.com Diakses pada 13 April 2015 pukul 11.00 National Human Genome Research Institute. 2010. Nucleic Acid. http:genome.gov . Diakses pada 28 Mei 2015 pukul 13.00 Okezone. 2010. Paguyuban Pedagang Bakso Palembang Resah. Via http:okezone.com . Diakses pada 1 Juni 2014 Passarge, Ebenhard. 2007. Color Atlas of Genetics.Edisi ketiga. New York: Theime. Purnomo, Bambang. 2004. Dasar – Dasar Mikrobiologi. Bengkulu: Universitas Bengkulu Press. UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Rahmawati, Putri. 2012. Analisis Cemaran daging Babi pada Produk Dendeng Sapi yang Beredar di Wilayah Ciputat dengan Metode Amplifikasi DNA Menggunakan Real-Time PCR. SKRIPSI. Program Studi Farmasi. Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan. Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta. Roche a . 2008. The LightCycler® 480 Instrument Operator’s Manual. http:www.roche-applied-science.com . diakses pada 13 April 2015 pukul 09.55 Roche b . 2012. High Pure PCR Template Preparation Kit.. http:www.roche- applied-science.com . diakses pada 13 April 2015 pukul 10.00 Roche c . 2008. LightCycler® 480 Probes Master. Version February 2008. http:www.roche-applied-science.com . diakses pada 13 April 2015 pukul 10.05 Roche d . 2012. The LightCycler® 480 System Unleash the Potential of Real-Time PCR. http:www.roche-applied-science.com . diakses pada 13 April 2015 pukul 10.03 Saddam S, Muh. 2013. Pengaruh Pemberian Asap Cair dengan Lama Penyimpanan Berbeda Terhadap Jumlah Bakteri dan Organoleptik Daging Sapi. SKRIPSI. Fakultas Peternakan Universitas Hasanuddin Makasar. Saiyed. Z.M., C.N. Ramchand. 2007. Extraction of Genomic DNA Using Magnetic Nanoparticle Fe 3 O 4 as Solid-Phase Support. American Journal of Infectious Disease 3 4: 225-229, 2007 Sambrook, J., E.F. Fritsch and T. Maniatis. 1989. Molecular Cloning, A Labolatory Manual. 2 nd edition. New York : Cold Spring Harbour Laboratory Press. Book 1.6.1 – 6.17 Sindo. 2014. Bakso oplosan di Tambora diteliti selama seminggu. MetroNews Via http:sindonews.com . Diakses pada 13 Mei 2015 Solihin, Dedy Duryadi. 1994. Ulas balik Peran DNA Mitokondria mtDNA dalam Studi Keragaman Genetik dan Biologi Populasi pada Hewan. Bogor : FMIPA IPB. ISSN 0854-8587 Sulistyaningsih, Erma. 2007. Polymerase Chain Reaction PCR: Era Baru Diagnosis dan Manajemen Penyakit Infeksi. Jember : Laboratorium Fisiologi Fakultas Kedokteran Universitas Jember. Tanabe, Soichi., Makiko Hase., Takeo Yano., Masahiko Sato., Tasuya Fujimura., and Hiroshi Akiyama. 2007. A Real-Time Quantitative PCR Detection Method for Pork, Chicken, Beef, Mutton, and Horseflesh in Foods. Japan : Setagaya-ku, Tokyo. 71 12. 3131-3135.2007

Dokumen yang terkait

Perbandingan antara Metode SYBR Green dan Metode Hydrolysis Probe dalam Analisis DNA Gelatin Sapi dan DNA Gelatin Babi dengan Menggunakan Real Time Polymerase Chain Reaction (PCR)

1 64 90

Analisis Cemaran Daging Babi Pada Kornet Sapi di Wilayah Ciputat dengan Menggunakan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR)

3 16 72

Deteksi DNA Babi dan DNA Sapi dengan Menggunakan Metode Insulated Isothermal Polymerase Chain Reaction (ii-PCR)

1 9 66

Deteksi DNA Gelatin Sapi Dan Gelatin Babi Pada Simulasi Gummy Vitamin C Menggunakan Real -Time PCR Untuk Analisis Kehalalan

1 11 70

Perbandingan antara metode SYBR green dan metode hydrolysis probe dalam analisis DNA gelatin sapi dan DNA gelatin babi dengan menggunakan real time PCR

1 33 90

Analisis Kandungan Gelatin Babi dan Gelatin Sapi pada Cangkang Kapsul Keras yang Mengandung Vitamin A Menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction

0 13 80

DETEKSI DAGING BABI PADA PRODUK BAKSO YANG DIJAJAKAN DI PUSAT KOTA SALATIGA MENGGUNAKAN TEKNIK POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR).

0 1 2

IDENTIFIKASI DAGING BABI PADA BAKSO YANG BEREDAR DI PASAR WAGE PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) DAN ANALISIS RESTRIKSI MENGGUNAKAN ENZIM BamH1 DAN BseD1 SKRIPSI

0 0 14

IDENTIFIKASI KANDUNGAN DAGING BABI PADA DENDENG SAPI YANG BEREDAR DI SWALAYAN PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) - repository perpustakaan

0 0 15

HALAMAN PERSETUJUAN IDENTIFIKASI DAGING BABI DALAM DAGING KEBAB YANG BEREDAR DI PURWOKERTO MENGGUNAKAN METODE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) KHOTIMAH

0 0 17