UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
kecepatan 8700 rpm selama 1 menit. Larutan dalam microsentrifuge tube yang keluar melewati filter tube kini telah mengandung DNA.
3.4.3 Analisis Hasil Isolasi DNA dengan Spektrofotometer UV untuk DNA
BioDrop, 2015
Instrumen BioDrop DUO yang digunakan dalam analisis ini menggunakan sistem layar sentuh. Setelah dihidupkan dan proses kalibrasi
selesai maka akan tampil 6 menu, pilih “Life Science”, kemudian antara “Nucleic Acid” dan “Protein” pilih “Nucleic Acid”, kemudian “DNA”.
Mode pengukuran konsentrasi dan kemurnian DNA pun berhasil ditampilkan.
Sebelum dilakukan pengukuran, lakukan beberapa penyesuaian antara lain: Pada menu “pathlength” pilih µLite 0.5mm. Untuk mendapatkan
hasil pengukuran dalam nanogram, pada menu “unit” ubah “µgml”
menjadi “ngµl”. Setelah pengaturan selesai, tekan “next” yang
dilambangkan dengan simbol anak panah ke kanan, pengukuran telah dapat dilakukan.
Sebelum mengukur sampel terlebih dahulu dilakukan analisis blangko, blangko dalam hal ini adalah elution buffer. Bersihkan sampel port dengan
tisu, 2 µl elution buffer dimasukkan ke dalam sampel port kemudian pilih “Blangko” dengan simbol kuvet tanpa isi. Setelah itu di layar akan
menampilkan nilai konsentrasi 0,000 ngµl dan pada nama sampel akan tertera reference. Pengukuran sampel dilakukan sama seperti perlakuan
pada blangko, masukan sampel satu persatu dengan sebelumnya tidak lupa selalu membersihkan sampel port dengan tisu sebelum sampel baru
dimasukkan. Selanjutnya pilih “Measure”dengan simbol kuvet berisi pada layar. Akan ditampilkan nilai konsentrasi beserta kemurnian DNA.
3.4.4 Uji Spesifisitas Primer dan Probe dengan metode BLAST
menggunakan Database NCBI
Dari laman website NCBI, uji spesifisitas dilakukan dengan terlebih dahulu menuju ke laman BLAST. Pada laman BLAST, klik menu
“Nucleotide Blast”. Setelah itu masukkan urutan basa yang akan diujikan di kolom “Enter Query Sequence”. Pisahkan antar urutan basa dengan
tanda koma ,. Selanjutnya klik BLAST dan tunggu beberapa saat.
