BAB III BAHAN DAN METODE
3.1 Waktu dan Tempat
Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Juli 2011-Januari 2012 di Laboratorium Bioteknologi PT. SMART Tbk, Bogor. Sampel daun ortet diambil
dari Kebun Produksi Kandista, Riau.
3.2 Bahan Tanaman
Bahan tanaman yang digunakan dalam penelitian sebanyak 90 sampel yang berupa sembilan daun ortet Tenera DxP yang masih muda dari genotipe
CCPT01 1396, 1399, 658, 106, 670, 164, 752, 781, 934, dan 81 daun tanaman klon yang berasal dari perkembangan embrioid panen pertama, kedua, dan ketiga
pada masing-masing ortet yang digunakan Tabel 2.
3.3 Bahan dan Alat
Bahan yang digunakan dalam penelitian diantaranya: Nitrogen cair, larutan ekstraksi DNA yang berasal dari kit isolasi DNA GenElute Sigma, yaitu lysis
solution A, lysis solution B, presipitation solution PPT, binding solution, column preparation solution, wash solution, elusion solution TE, larutan bufer
PCR, larutan MgCl
2
, dNTP mix, 14 pasang primer mikrosatelit 1 µM, ddH
2
O, kit QIAxcel DNA high-resolution, mineral oil, larutan marker DNA 100 bp, 400 bp,
dan 1500 bp. Alat yang digunakan dalam penelitian, diantaranya lumpang porselin
mortar, pipet mikro P-10, P-20, P-100, P-200, dan P-1000, tip pipet biru, tip pipet kuning, tip pipet putih, gunting, spatula stainless, tabung mikro 2 mL,
filtration column in tube kolom merah, nucleic acid binding column in tube kolom biru, tabung mikro PCR 0.2 mL, freezer, sentrifus mikro 200R Hettich-
Centrifuge, shaker PCR Thermolyne Amplitron II, waterbath Julabo SW 22, mesin PCR Thermal Cycler Veriti-96 well Applied Biosystem, QIAxcel system.
Tabel 2 Progeny Ortet, kode ortet dan kode klon yang digunakan dalam penelitian
No. Progeny Ortet
Kode Ortet Kode Klon
1 CCPT01 1396
10 E1 :
10.1 10.2
10.3 E2 :
10.4 10.5
10.6 E3 :
10.7 10.8
10.9 2
CCPT01 1399 16
E1 : 16.1
16.2 16.3
E2 : 16.4
16.5 16.6
E3 : 16.7
16.8 16.9
3 CCPT01 658
36 E1 :
36.1 36.2
36.3 E2 :
36.4 36.5
36.6 E3 :
36.7 36.8
36.9 4
CCPT01 106 48
E1 : 48.1
48.2 48.3
E2 : 48.4
48.5 48.6
E3 : 48.7
48.8 48.9
5 CCPT01 670
51 E1 :
51.1 51.2
51.3 E2 :
51.4 51.5
51.6 E3 :
51.7 51.8
51.9 6
CCPT01 164 90
E1 : 90.1
90.2 90.3
E2 : 90.4
90.5 90.6
E3 : 90.7
90.8 90.9
7 CCPT01 752
120 E1 :
120.1 120.2
120.3 E2 :
120.4 120.5
120.6 E3 :
120.7 120.8
120.9 8
CCPT01 781 124
E1 : 124.1
124.2 124.3
E2 : 124.4
124.5 124.6
E3 : 124.7
124.8 124.9
9 CCPT01 934
228 E1 :
228.1 228.2
228.3 E2 :
228.4 228.5
228.6 E3 :
228.7 228.8
228.9
Klon berasal dari perkembangan embrioid panen pertama E1; klon hasil perkembangan embrioid panen kedua E2; dan klon hasil perkembangan embrioid panen ketiga E3
Metode Penelitian
Penelitian ini dilakukan melalui beberapa tahap Gambar 3.
Gambar 3 Bagan alir penelitian
Isolasi DNA
DNA sampel uji yang diketahui kualitas dan kuantitasnya
Amplifikasi DNA
Elektroforesis dengan QIAxcel
Tabulasi alel dan data biner
Sekuen DNA mikrosatelit sesuai dengan primer yang digunakan
Alel-alel pada masing-masing lokus primer mikrosatelit
Data biner dari alel masing-masing lokus primer mikrosatelit
Analisis PAUP ver. 4b.10 1
Antar ortet 2
Antara ortet dan klon-klon turunannya
Pohon filogenetik dendogram kemiripan
genetik
Analisis korelasi tahap panen embrioid terhadap perubahan alel
Nilai korelasi antara tahap panen embrioid terhadap
perubahan alel
3.4 Isolasi DNA
Kategori