3555. Sedangkan 13 pasang primer yang lain 93 merupakan primer polimorfis. Menurut Zulhermana et al. 2009, primer yang bersifat polimorfis diperlukan
untuk menganalisis keragaman genetik populasi dan memperlihatkan keragaman pola pita DNA yang diperoleh dari hasil amplifikasi primer tersebut.
Gambar 7 Pola pita DNA mikrosatelit 10 individu sampel hasil elektroforesis QIAxcel dengan amplifikasi primer mEgCIR2414. 90.5, 90.4, 90.3,
90.2, 90.1, dan 90.9 adalah tanaman klon dari ortet 90; 10.6, 10.5, 10.4, dan 10.3 adalah tanaman klon dari ortet 10; Marker 400 bp.
Menurut Kaidah et al. 1999, perbedaan tingkat polimorfisme penanda molekular antar tanaman uji disebabkan oleh: 1 perbedaan jumlah dan jenis
primer, semakin banyak primer polimorfik yang digunakan dalam analisis maka tingkat polimorfisme yang dihasilkan juga semakin tinggi. Sedangkan jenis primer
monomorfik tidak merubah tingkat polimorfisme penanda molecular, 2 jenis dan jumlah populasi tanaman yang diuji. Sehingga pemilihan primer yang dapat
menampilkan polimorfisme pita-pita DNA diantara populasi tanaman yang diuji, diperlukan untuk memudahkan interpretasi data.
Polimorfisme yang terjadi dalam populasi dapat disebabkan oleh: 1 perubahan ukuran sekuen DNA yang diamplifikasi sebagai akibat dari insersi atau
delesi, 2 tidak munculnya sekuen DNA, sebagai akibat dari substitusi nukleotida yang mengubah homologi primer dan DNA genom sehingga tidak terjadi
amplifikasi Singh et al. 2007; Setiyo et al. 2001.
4.3 Analisis Kemiripan Genetik antar Ortet
Hasil amplifikasi kesembilan ortet kelapa sawit DxP yang diuji menggunakan 14 pasang primer mikrosatelit menghasilkan total 42 alel dan 36
alel di antaranya merupakan alel polimorfis Tabel 5. Analisis genetik antar 9 ortet kelapa sawit Tenera DxP yang digunakan sebagai eksplan dalam kultur
400 bp 373
369 363
jaringan dilakukan menggunakan program Phylogenetic Analysis of Using Parsimony PAUP versi 4b.10 dengan Distance Method DM. Hasil analisis
kemiripan genetik menunjukkan bahwa kesembilan ortet kelapa sawit Tenera DxP yang digunakan sebagai sumber eksplan melalui teknik kultur jaringan
merupakan individu dengan jarak genetik yang berbeda Gambar 8, Lampiran 5. Analisis kemiripan genetik antar ortet dilakukan untuk membuktikan bahwa
kesembilan ortet kelapa sawit Tenera DxP yang digunakan sebagai sumber eksplan merupakan progeny yang berbeda. Sehingga analisis kemiripan genetik
tanaman klon yang merupakan hasil perbanyakan dari eksplan tanaman ortet melalui kultur jaringan akan dilakukan untuk masing-masing ortet dan klon-
klonnya. Tabel 4 Kode primer mikrosatelit, jumlah alel total, dan alel polimorfis dalam
identifikasi mikrosatelit pada semua sampel penelitian No.
Kode Primer Mikrosatelit Jumlah Alel
Total Polimorfis 1
mEgCIR0059 2
2 2
mEgCIR 2414 5
5 3
mEgCIR 2144 5
5 4
mEgCIR 3639 4
4 5
mEgCIR 2518 3
2 6
mEgCIR 3399 2
2 7
mEgCIR 3555 1
8 mEgCIR 3569
2 2
9 mEgCIR 3519
2 2
10 mEgCIR 0878
3 3
11 mEgCIR 3808
4 4
12 mEgCIR 0521
4 4
13 mEgCIR 3886
5 5
14 mEgCIR 3683
2 2
Total 44
42 Empat dari sembilan ortet kelapa sawit Tenera DXP yang digunakan
dalam penelitian, yaitu ortet 10, 16, 36, dan 51 merupakan hasil persilangan progeny induk betina Dura 703.802 dan progeny jantan Pisifera 742.316 Tabel
6. Keempat ortet ini meskipun berasal dari persilangan progeni induk betina dan induk jantan dengan kode yang sama, namun keempat ortet tersebut memiliki
keragaman genetik yang ditunjukkan dengan jarak pada pohon filogenetik Gambar 8, Lampiran 5. Hal tersebut dikarenakan induk betina Dura dan induk
jantan Pisifera merupakan anggota populasi dalam kode blok progeny yang sama, sehingga masing-masing induk betina dan induk jantan merupakan individu yang
berbeda. Tabel 5 Kode primer mikrosatelit, jumlah alel total, dan alel polimorfis dari
sembilan ortet kelapa sawit No.
Kode Primer Mikrosatelit Jumlah Alel
Total Polimorfis 1
mEgCIR0059 2
2 2
mEgCIR 2414 5
5 3
mEgCIR 2144 3
3 4
mEgCIR 3639 4
4 5
mEgCIR 2518 3
2 6
mEgCIR 3399 2
2 7
mEgCIR 3555 1
8 mEgCIR 3569
2 2
9 mEgCIR 3519
2 2
10 mEgCIR 0878
2 1
11 mEgCIR 3808
3 1
12 mEgCIR 0521
4 4
13 mEgCIR 3886
4 4
14 mEgCIR 3683
2 2
Total 42
36 Garis horizontal pada pohon filogenetik menggunakan program PAUP ver.
4b.10 menjelaskan jauh dekatnya kekerabatan genetik dari kesembilan ortet kelapa sawit Tenera DxP yang dianalisis, sedangkan garis vertikal menunjukkan
hubungan antar sampel uji Harrison et al. 2006.
4.4 Analisis Kemiripan Genetik antara Ortet dan Klon-klon turunannya
