BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil Isolasi DNA
Hasil isolasi DNA sampel penelitian menggunakan GenElute menghasilkan pita-pita yang tegas dan murni. DNA genom yang murni atau tidak terdapat
kontaminan adalah DNA dapat bermigrasi melalui pori-pori gel agarosa dalam larutan bufer, tidak tertinggal pada sumur dan memperlihatkan pita yang tegas
Gambar 5, Lampiran 2.
Gambar 5 Visualisasi hasil isolasi DNA pada gel agarosa 0.8. M = marker DNA 1 Kb; 106, 164, 658, 670, 752, 781, dan 934 = nomor sampel.
4.2 Identifikasi Primer
Penanda mikrosatelit digunakan dalam analisis kestabilan genetik ortet kelapa sawit dan klon-klon turunannya karena memiliki sifat polimorfis dan
kodominan Saghai-Maroof et al. 1994. Suatu primer mikrosatelit dikatakan bersifat polimorfis apabila hasil amplifikasi primer tersebut memiliki pita-pita
yang mampu membedakan populasi sampel. Setiap primer mikrosatelit yang digunakan dalam mengamplifiksi DNA sampel mewakili satu lokus tertentu. Pita
DNA yang muncul diasumsikan sebagai satu alel dari suatu lokus tersebut. Pola pita DNA mikrosatelit dari sepuluh individu sampel hasil amplifikasi primer
3000 6000
10000
1000 10000
6000 3000
1000
106 164 658
mEgCIR3886 menghasilkan 2 alel yang berbeda ukurannya, yaitu alel berukuran 244 bp dan 217 bp Gambar 6, Lampiran 3.
Gambar 6 Pola pita DNA mikrosatelit 10 individu sampel hasil elektroforesis QIAxcel dengan amplifikasi primer mEgCIR 3886. 90.6
– 90.9 adalah tanaman klon dari ortet 90; 228.5 tanaman klon ortet 228; 120
tanaman ortet; 120.1-120.4 tanaman klon dari ortet 120; Marker 100 bp.
Skoring dilakukan dengan membandingkan pita-pita yang muncul pada masing-masing individu dan primer. Berdasarkan primer mEgCIR 3886 hasil
skoring individu 90.6, 90.7, 90.8, dan 90.9 adalah 1,1, sedangkan individu 228.5, 120, 120.1, 120.2, 120.3, dan 120.4 adalah 1,0 Gambar 6, Lampiran 4.
Penanda mikrosatelit
bersifat kodominan
sehingga memiliki
tingkat heterozigositas yang tinggi, berarti mampu membedakan individu satu dengan
yang lain Park et al. 2009. Tanaman klon 90.5 memiliki 2 alel, yaitu alel berukuran 363 bp dan 373 bp pada lokus mEgCIR3886. Sedangkan tanaman klon
10.6 hanya memiliki 2 alel yang berukuran sama, yaitu 369 bp pada lokus mEgCIR3886 sehingga terlihat sebagai satu alel Gambar 7, Lampiran 3.
Lokus mEgCIR2414 pada tanaman klon 90.3 tidak menunjukkan adanya pita yang berhasil diamplifikasi oleh primer mEgCIR2414. Hal tersebut dapat
disebabkan oleh kondisi amplifikasi yang kurang optimal atau terjadi perubahan sekuen pada daerah penempelan primer yang menyebabkan primer mEgCIR2414
tidak mengenali daerah tersebut. Berdasarkan hasil analisis pola pita DNA mikrosatelit diperoleh total alel 44
dari seluruh sampel penelitian berdasarkan amplifikasi 14 pasang primer mikrosatelit. Setiap primer mikrosatelit menghasilkan 1 sampai 5 alel Tabel 4.
Dari total 14 pasang primer mikrosatelit yang digunakan dalam penelitian, ditemukan hanya sepasang primer 7 yang monomorfis, yaitu primer mEgCIR
244 bp 217 bp
100 bp
1 2
3555. Sedangkan 13 pasang primer yang lain 93 merupakan primer polimorfis. Menurut Zulhermana et al. 2009, primer yang bersifat polimorfis diperlukan
untuk menganalisis keragaman genetik populasi dan memperlihatkan keragaman pola pita DNA yang diperoleh dari hasil amplifikasi primer tersebut.
Gambar 7 Pola pita DNA mikrosatelit 10 individu sampel hasil elektroforesis QIAxcel dengan amplifikasi primer mEgCIR2414. 90.5, 90.4, 90.3,
90.2, 90.1, dan 90.9 adalah tanaman klon dari ortet 90; 10.6, 10.5, 10.4, dan 10.3 adalah tanaman klon dari ortet 10; Marker 400 bp.
Menurut Kaidah et al. 1999, perbedaan tingkat polimorfisme penanda molekular antar tanaman uji disebabkan oleh: 1 perbedaan jumlah dan jenis
primer, semakin banyak primer polimorfik yang digunakan dalam analisis maka tingkat polimorfisme yang dihasilkan juga semakin tinggi. Sedangkan jenis primer
monomorfik tidak merubah tingkat polimorfisme penanda molecular, 2 jenis dan jumlah populasi tanaman yang diuji. Sehingga pemilihan primer yang dapat
menampilkan polimorfisme pita-pita DNA diantara populasi tanaman yang diuji, diperlukan untuk memudahkan interpretasi data.
Polimorfisme yang terjadi dalam populasi dapat disebabkan oleh: 1 perubahan ukuran sekuen DNA yang diamplifikasi sebagai akibat dari insersi atau
delesi, 2 tidak munculnya sekuen DNA, sebagai akibat dari substitusi nukleotida yang mengubah homologi primer dan DNA genom sehingga tidak terjadi
amplifikasi Singh et al. 2007; Setiyo et al. 2001.
4.3 Analisis Kemiripan Genetik antar Ortet
Kategori