Random Amplification of Polymorphic DNA Munir et al. 2011; Sianipar 2008, dan SSR atau Simple Sequence Repeat Singh et al. 2007; Zulhermana 2009.
Prado et al. 2010, mengemukakan terjadinya perubahan pada lokus mikrosatelit sebagai konsekuensi variasi somaklonal pada Vitis vinifera.
2.4 Mikrosatelit atau Simple Sequence Repeat SSR
Mikrosatelit atau Simple Sequence Repeat SSR merupakan sekuen DNA yang bermotif pendek dengan 2 sampai 5 unit basa nukleotida dan diulang secara
berurutan dan melimpah tersebar di seluruh genom eukariotik Powell et al. 1996. Misalnya, sekuen DNA dengan motif ATT
10
berarti terdapat sekuen tiga nukleotida ATT yang berulang sebanyak 10 kali sehingga diperoleh sekuen DNA
ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATT. Beberapa alasan pemakaian mikrosatelit sebagai penanda genetik untuk analisis molekular, yaitu: ditemukan
melimpah dalam genom Saghai-Maroof et al. 1994; Cheah et al. 1995, bersifat kodominan sehingga tingkat heterozigositasnya tinggi yang berarti memiliki daya
pembeda antar individu sangat tinggi, diketahui lokasinya pada DNA sehingga dapat mendeteksi keragaman alel, dihasilkan dengan cepat melalui PCR, relatif
sederhana untuk dianalisis, dan mudah diakses oleh laboratorium lain melalui publikasi sekuen primer Saghai-Maroof et al. 1994. Bahkan Powell et al. 1996
membuktikan bahwa dari empat penanda molekular yang diuji RFLP, RAPD, AFLP, dan mikrosatelit, marka mikrosatelit memiliki kemampuan untuk
membedakan genotipe yang paling tinggi untuk mengevaluasi plasma nutfah kedelai dibandingkan dengan marka molekular yang lain.
Penanda Mikrosatelit telah digunakan pada tanaman kelapa sawit. Billotte et al. 2001 melaporkan hasil pengembangan marka SSR kelapa sawit mulai dari
penapisan pustaka SSR yang diperkaya dengan unit pengulangan GAn, GTn, dan CCGn, sampai kepada karakterisasi akhir 21 lokus SSR.
Zulhermana 2009, melaporkan bahwa penanda mikrosatelit lebih efektif dalam menganalisis keragaman genetik dari sembilan aksesi kelapa sawit Pisifera
asal Nigeria dibandingkan penanda RAPD. Sanputawong dan Te-chato 2011,
mengemukakan bahwa penanda mikrosatelit mampu mengidentifikasi tanaman
klonal dan memonitor keseragaman tanaman klonal.
2.5 Analisis Korelasi
