sebagai populasi pemuliaan untuk membangun kebun benih atau kebun pangkas dan merupakan salah satu upaya konservasi sumberdaya genetik
.
Laboratorium Silvikultur 2006.
2.4 Kebun Benih
Kebun benih merupakan suatu areal dimana suatu fenotipe atau genotipe yang unggul dibangun dan dikelola secara intensif dan berkelanjutan untuk
menghasilkan benih Zobel dan Talbert 1984. Menurut Soerianegara 1976, kebun benih seed orchard dibuat dengan tujuan untuk menghasilkan biji-biji
unggul. Ada dua tipe kebun benih yang dikenal selama ini yaitu kebun benih semai seedling seed orchard dan kebun benih klonal clonal seed orchard.
Kebun benih semai adalah kebun benih yang material tanamnya diperbanyak secara generatif, sedangkan kebun benih klonal, material tanamnya diperbanyak
secara vegetatif Murtiyoso dan Tridasa 1996. Minimal terdapat 15-25 klon atau famili dalam suatu areal kebun benih untuk memastikan kecukupan genetik dasar
genetic base dan batas jumlah selanjutnya dapat dibuat sendiri Schmidt 1993.
Gambar 2 Bagan Kebun Benih dengan Uji Keturunan Terpisah Seedling Seed Orchard with Separate Progeny Test. Sumber: Schmidt 1993.
2.5 Uji Keturunan
Uji keturunan progeny test merupakan suatu cara untuk mengevaluasi individu melalui perbandingan keturunan dalam suatu eksperimen Leksono
Seleksi Pohon plus dari Tegakan Alami atau Tanaman- tanaman dari provenan Terbaik
Koleksi Benih Persemaian
Uji Keturunan Koleksi Benih
Penjarangan terhadap famili dan individu dalam famili yang bermutu rendah dengan menyisakan satu pohon per
plot sebagai tegakan tinggal Evaluasi Uji Keturunan
Hasil Uji Keturunan Kebun Benih Semai Hasil Penjarangan
Benih untuk Program Penanaman
2009. Uji keturunan merupakan suatu metode seleksi pohon tetua berdasarkan fenotipe turunannya Zobel dan Talbert 1984. Metode ini disebut dengan
penurunan sifat, dilakukan dengan mengamati keragaman fenotipe pada keturunanya dari induk-induk yang diseleksi. Manfaat dari nilai uji keturunan
dalam suatu pola seleksi adalah memungkinkan seleksi dilaksanakan atas dasar genotipe dibandingkan dengan fenotipe-nya, dan memisahkan genotipe dari
pengaruh-pengaruh interaksi genotipa dan lingkungan. Tujuan dari kegiatan uji keturunan adalah menguji nilai genetik pohon tetua
melalui keturunanya. Melalui uji keturunan ini dapat diperoleh informasi- informasi genetik dari tanaman tersebut yang diperlukan untuk kegiatan
selanjutnya. Menurut pengalaman, evaluasi cukup akurat bila dilakukan pada tanaman sampai berumur setengah rotasi daur tanaman Laksono 2009.
2.6 Penanda Genetik RAPD
Analisis keragaman suatu tanaman dapat dilakukan dengan pengukuran terhadap performans fenotipe ataupun melalui marka penanda tertentu Siregar
dan Kusmana 2002. Menurut Finkeldey 2005, penanda genetik dapat digunakan untuk identifikasi klon-klon, identifikasi hibrid, pengukuran keragaman genetik
antar dan dalam populasi, pengamatan sistem reproduksi sistem perkawinan dan aliran gen, bukti selektifitas praktek pengelolaan hutan dan perubahan
lingkungan dan identifikasi lokus sifat kuantitatifQTL Quantitative Trait Loci. RAPD merupakan salah satu metode penanda genetik yang dapat digunakan
diberbagai keperluan penelitian pada tingkat molekuler. Dalam analisis RAPD mempunyai banyak kelebihan dibandingkan dengan teknik lainnya antara lain
relatif mudah dilakukan, cepat, hanya memerlukan sejumlah kecil DNA, informasi tentang susunan nukleotida dalam DNA tidak perlu diketahui terlebih
dahulu dan tidak memerlukan pereaksi radioaktif serta primer acak yang dipakai dapat dibeli dan dapat digunakan untuk analisis genetik semua jenis organisme
Wels dan McClelland 1990; William et al. 1990. Penanda RAPD menggunakan prinsip kerja mesin PCR Polymerase Chain
Reaction. Metode ini pertama kali dikembangkan pada tahun 1990 oleh J. Williams William et al. 1990, dengan menggunakan primer tunggalsekuen
nukleotida pendek 10-20 mer yang susunan basanya dibuat secara acak. Perbedaan pokok RAPD dengan PCR adalah RAPD menggunakan satu primer
pendek berukuran panjang 10 basa, sedangkan PCR menggunakan primer ganda berukuran panjang 20 basa. Urutan basa yang cocok dengan primer ini akan
muncul di sepanjang genom. Teknik RAPD akan mendeteksi polimerfisme DNA yang akan diakibatkan
oleh tidak munculnya amplifikasi pada suatu lokus. Hal ini dapat disebabkan oleh perbedaan urutan pada titik pertemuan primer. Ini berakibat primer tidak dapat
menempel pada bagian tersebut sehingga tidak terjadi amplifikasi. Oleh karenanya hanya dua kemungkinan alel pada penanda RAPD, yaitu timbulnya pita pendek
sebagai hasil amplifikasi atau tidak adanya pita karena tidak adanya amplifikasi. Penanda yang demikian disebut sebagai dominant marker. Pita yang berbeda
ukurannya dari satu primer RAPD diasumsikan berasal dari lokus RAPD yang berbeda. Metode RAPD ini mampu mendeteksi sekuen nukleotida dengan hanya
menggunakan suatu primer atau nukleotida yang disusun acak Widyastuti 2007.
2.7 PCR Polymerase Chain Reaction
