µl dan 2 µl genomik DNA. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan mesin PTC-100 progammable Thermal Cycler MJ Research, Massachussetts,
USA. Proses PCR dilakukan dengan menggunakan primer hasil dari seleksi. Hasil proses PCR kemudian dianalisis dengan melakukan elektroforesis
menggunakan 2.0 gel agarose dalam larutan buffer 1 x TE dan distaining didalam Ethidium Bromide. Pengaturan suhu pada mesin PTC-100 untuk reaksi
PCR didasarkan atas penelitian Ratih et al. 1998 yang dimodifikasi Yunanto 2006 terdapat pada Tabel 6.
Tabel 6 Tahapan-tahapan dalam proses PCR
Tahapan Suhu
Waktu Jumlah Siklus
Pre-denaturation 95
C 10 menit
1 Denaturation
95 C
1 menit Annealing
37 C
3 menit 35
Extension 72
C 2 menit
Final Extension 72
C 10 menit
1
3.4 Analisis Data
3.4.1 Analisis Data Pertumbuhan Tanaman
Data pertumbuhan tanaman yang berupa tinggi, tinggi bebas cabang dan diameter dianalisis dengan menggunakan statistika deskripsi, seperti ukuran
pemusatan dan ukuran penyebaran. Ukuran pemusatan data yang digunakan adalah nilai tengah rataan dan ukuran penyebaran data yang digunakan adalah
standard deviasi. Analisis data untuk statistika deskripsi menggunakan program Microsoft Office Excel 2007 dan software MINITAB 13.
3.4.2 Analisis Data RAPD
Hasil PCR yang telah dielektroforesis difoto dan dianalisis dengan melakukan skoring pola pita yang muncul. Pola pita yang muncul positif diberi
nilai 1 dan pola pita yang tidak muncul negatif diberi nilai 0. Hasil perhitungan kemudian dianalisis untuk mengetahui frekuensi dan keragaman dalam jenis dan
antar populasi Paraserianthes falcataria Sengon Solomon dengan menggunakan software POPGENE 32. Pendugaan hubungan kekerabatan dilakukan berdasarkan
jumlah pita polimorfik yang dimiliki bersama Nei dan Lei 1979, diacu dalam
Yunanto 2006, sedangkan pengelompokan kerabat berdasarkan metode UPGMA Unweighted Pair Group with Arithmatic Average dengan software
NTSYS Versi 2.0 Rohlf 1998, diacu dalam Yunanto 2006. Contoh proses skoring dapat dilihat pada Gambar 8.
Gambar 8 Cara penilaian pita dengan sistem skoring 1 = ada pita, 0 = tidak ada pita.
Parameter variasi genetik yang dicari dalam penelitian ini adalah sebagai berikut Finkeldey 2005, diacu dalam Yunanto 2006:
1. Persentase Lokus Polimorfik PLP =
LM
LP LP
x 100 Keterangan :
ΣLP : jumlah lokus polimorfik ΣLM : jumlah lokus monomorfik
2. Jumlah alel yang diamati n
e
=
Lokus lel
A
3. Jumlah alel yang efektif n
a
=
i
pi
2
1
Keterangan : pi = frekuensi genetik tipe ke i 4. Heterozigitas harapan H
e
= 1-
i
pi
2
Keterangan : pi = frekuensi genetik tipe ke i
L-5 L-4
L-3 L-2
L-1 Lokus
1 2
3 4
5 Posisi Pita DNA pada Individu
L-5
1 1
1 1
1
L-4
1 1
L-3
1 1
1 1
L-2
1 1
1 1
1
L-1
1 1
1 1
Lokus 1
2 3
4 5
Hasil Skoring Pita DNA pada Individu
BAB IV. KONDISI UMUM
4.1 Letak dan Luas
Hutan percobaan Cirangsad merupakan hasil kerjasama antara Perhutani dengan Rumpin Seed Source Nursery Center RSSNC. Tujuan pembangunan
Hutan Percobaan Cirangsad adalah untuk membangun sumber benih, mengkonservasi material genetik dan menguji kecocokan lahan pada jenis yang
dikoleksi. Sumber benih pada Hutan Percobaan Cirangsad berguna sebagai penyedia benih yang akan digunakan untuk rehabilitasi hutan dan penanaman
komesial. Benih yang digunakan dalam pembangunan Hutan Percobaan Cirangsad disediakan oleh Fakultas Kehutanan Institut Pertanian Bogor dan Universitas
Gadjah Mada melalui proyek “Seleksi material genetik dan pengoleksian jenis pohon potensial” yang dibiayai oleh Korean Internasional Cooperation Agency
KOICA. Hutan Percobaan Cirangsad terletak di RPH Cirangsad, BKPH Jasinga,
KPH Bogor yang merupakan tanah milik Perhutani dibawah management Unit III Perum Perhutani Jawa Barat. Secara geografis lokasi ini berada pada posisi
92
o
80’134 BT - 92
o
82’079 BT dan 67
o
19’78 LS - 67
o
33’15 LS dengan ketinggian tempat 600-700 m di atas permukaan air laut. Hutan percobaan Cirangsad
dibangun tahun 2006 dengan luas total 83 ha. Pada Hutan Percobaan Cirangsad terdapat area untuk progeny test, species trial, demonstration plot dan untested
seed orchard.
4.2 Kondisi Iklim dan Geografis
Area Hutan Percobaan Cirangsad memiliki topografi landai dan bergelombang berbukit. Tekstur tanah di Hutan Percobaan Cirangsad adalah liat
dengan KTK 25.02 meq100g tanah. Tanahnya berwarna coklat kekuningan dan memiliki pH 4.84. Kandungan nitrogen tanah 0.14, sedangkan kandungan C-
organik 1.30. Kemudian bahan organik yang terkandung di dalam tanah sebesar 2.23. Iklim di Cirangsad tergolong tipe A Schmidt dan Ferguson dengan curah
hujan rata-rata 2,000 – 2,500 mmtahun.
