S1B1S2B1 S3B1 S4B1 S6B1 S7B1 S8B1 S9B1 S1B2 S2B2 S3B2 S5B2 S6B2 S8B2 S1B3 S2B3 S3B3 S5B3 S6B3 S7B3 S8B3 S9B3 S1B4 S2B4 S3B4S5B4 S8B4
Gambar 11 Hasil ekstraksi 27 individu tanaman Sengon Solomon.
Pola pita yang tidak muncul dapat disebabkan oleh tidak adakurang memadainya DNA yang terisolasi untuk proses elektroforesis, adanya
kemungkinan DNA masih berada di dalam tube karena tidak tercampur merata, jumlah ekstrak yang kurang banyak atau terbuang pada saat pencucian.
Kemungkinan lain adalah terkontaminasinya DNA atau DNA tidakkurang cukup murni. Untuk dapat melakukan analisis genetik molekuler diperlukan DNA
dengan tingkat kemurnian dan berat molekul yang tinggi, akan tetapi ekstraksi DNA dari jaringan tanaman dengan tingkat kemurnian yang tinggi sering kali sulit
diperoleh.
5.2.2 PCR Polymerase Chain Reaction
5.2.2.1 Seleksi Primer
Pada seleksi primer digunakan untuk analisis RAPD, 23 primer 10-mer dipakai untuk mengamplifikasi DNA hasil ekstraksi populasi tanaman. Hasil
percobaan menunjukkan bahwa terdapat 15 primer yang mampu menghasilkan produk amplifikasi yaitu OPA-05, OPA-07, OPA-14, OPB-03, OPB-08, OPB-13,
OPB-20, OPO-10, OPO-16, OPU-05, OPU-08, OPU-14, OPY-13, OPY-16 dan OPY-18. Delapan primer yang tidak menghasilkan produk amplifikasi yaitu,
OPA-12, OPB-09, OPO-05, OPO-13, OPU-04, OPO-09, OPY-12 dan OPY-20. Hasil seleksi primer pada tanaman Sengon Solomon disajikan pada Gambar 12.
M U8 B13 O5
U5 B9
O10 O16 B8 B20 B3 U4 Y20
A14 Y16 A16
Y18 U14 O13
A5 Y12
A7 Y13 A12
Gambar 12 Foto hasil seleksi primer pada DNA Sengon Solomon.
Keterangan : M merupakan markerpenanda
Berdasarkan foto hasil seleksi primer pada Gambar 12 dapat diketahui kualitas pita pada DNA tanaman Sengon Solomon untuk masing-masing primer.
Untuk menganalisis sampel DNA Sengon Solomon, dari 15 primer yang menghasilkan pita polimorfik, dipilih 5 primer yang menunjukkan kualitas
terbaik, yaitu OPU-05, OPO-10, OPY-16, OPA-05 dan OPA-14. Kualitas pita tersebut disajikan pada Tabel 13. Seleksi primer dimaksudkan untuk mencari
primer acak yang dapat menghasilkan amplifikasi, karena tidak semua primer nukleotida dapat menghasilkan produk amplifikasi primer positif dan dari primer
positif tidak semuanya menghasilkan fragmen DNA polimorfik Yunanto 2006.
Tabel 13 Kualitas pita pada DNA tanaman Sengon Solomon
No Primer
Jumlah Lokus
Kualitas Pita
No Primer
Jumlah Lokus
Kualitas Pita
1 OPU-08
3 13
OPA-14 3
2 OPB-13
1 14
OPY-16 3
3 OPO-05
- 15
OPA-16
4 OPU-05
4 16
OPY-18 3
5
OPB-09 -
17
OPU-14 1
6 OPO-10
2 18
OPO-13 -
7 OPO-16
3 19
OPA-05 2
8 OPB-08
1 20
OPY-12 -
9 OPB-20
1 21
OPA-07 2
10
OPB-03 1
22
OPY-13 2
11 OPU-04
- 23
OPA-12 -
12 OPY-20
- Keterangan :
: ada pita, kurang jelas : ada pita, jelas
- : tidak ada pita
5.2.2.2 RAPD Random Amplified Polimorphic DNA
