5.2.2.2 RAPD Random Amplified Polimorphic DNA
Analisis DNA Sengon Solomon dengan penanda RAPD dilakukan pada individu tanaman yang telah dipilih melalui skoring seleksi pohon terbaik. Dari 27
individu tanaman dipilih 15 individu tanaman, yakni 7 individu tanaman yang memiliki nilai skoring tinggi dan 8 individu tanaman yang memiliki nilai skoring
rendah. Profil pita DNA Sengon solomon yang dihasilkan pada primer OPU-05, OPO-10, OPY-16, OPA-05 dan OPA-14 ditujukan pada Gambar 13.
M 1 2 3 4 5 6 7 1 2 3 4 5 6 7 8 M 1 2 3 4 5 6 7 1 2 3 4 5 6 7 8 Individu Skor Tertinggi Individu Skor Terendah Individu Skor Tertinggi Individu Skor Terendah
a b
M 1 2 3 4 5 6 7 1 2 3 4 5 6 7 8 M 1 2 3 4 5 6 7 1 2 3 4 5 6 7 8 Individu Skor Tertinggi Individu Skor Terendah Individu Skor Tertinggi Individu Skor Terendah
c
d
M 1 2 3 4 5 6 7 1 2 3 4 5 6 7 8 Individu Skor Tertinggi Individu Skor Terendah
e f
Gambar 13 Profil DNA Sengon Solomon. Ket: a Pada primer OPU-05, b Pada primer OPO-10, c Pada primer OPY-16, d Pada primer OPA-05, e
Pada primer OPA-14, f Interpretasi DNA pada primer OPA-05.
L-5 L-4
L-3 L-2
L-1 Lokus 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 0 1 1 1 2 1 3 1 4 1 5
P o s i s i P i t a D N A p a d a I n d i v i d u
Individu yang memiliki nilai skor tinggi berada pada sumur gel agarose sebelah kiri dan individu yang memiliki nilai skor rendah berada pada sumur gel
agarose sebelah kanan. Pada metode RAPD, dari 5 primer yang digunakan dihasilkan 63 lokus.
Pada Gambar 13a terlihat bahwa ukuran pita DNA pada primer OPU-05 setelah dibandingkan dengan marka DNA pembanding M berkisar antara 100 bp
– 1500 bp. Individu yang memiliki ukuran pita 100 bp adalah S1B2 dan S1B4. Individu yang memiliki ukuran pita 1500 bp adalah S7B1, S3B3, S6B3, S9B3,
S8B4 dan S9B1. Jumlah lokus yang dihasilkan pada primer OPU-05 adalah 12 lokus.
Gambar 13b menunjukkan bahwa ukuran pita DNA pada primer OPO-10 setelah dibandingkan dengan marka DNA pembanding M berkisar antara 350 bp
– 2500 bp. Individu yang memiliki ukuran pita 350 bp adalah S1B2. Individu yang memiliki ukuran pita 2500 bp adalah S9B3. Jumlah lokus yang dihasilkan
pada primer OPO-10 adalah 17 lokus. Pada Gambar 13c, terlihat bahwa ukuran pita DNA pada primer OPY-16
setelah dibandingkan dengan marka DNA pembanding M berkisar antara 500 bp – 3000 bp. Individu yang memiliki ukuran pita 500 bp adalah individu dari S1B2.
Individu yang memiliki ukuran pita 3000 bp adalah individu dari S5B3. Jumlah lokus yang dihasilkan pada primer OPY-16 adalah 18 lokus.
Jumlah lokus pada primer OPY-16 merupakan lokus terbanyak dibandingkan dengan 4 primer
lainnya. Gambar 13d menunjukkan bahwa ukuran pita DNA pada primer OPA-05
setelah dibandingkan dengan marka DNA pembanding M berkisar antara 500 bp – 1200 bp. Profil pita DNA pada primer OPA-05 tampak homogen, terbukti
seluruh individu memiliki ukuran pita 500 bp. Individu yang memiliki ukuran pita 3000 bp adalah S7B1, S1B2, S3B3, S5B3, S9B3, S8B4, S4B1, S9B1, S7B3 dan
S8B3. Jumlah lokus yang dihasilkan pada primer OPA-05 adalah 5 lokus. Jumlah
lokus pada primer OPA-05 ini paling sedikit dibandingkan dengan 4 primer lainnya.
Kemudian pada Gambar 13e, terlihat bahwa ukuran pita DNA pada primer OPA-14 setelah dibandingkan dengan marka DNA pembanding M berkisar
antara 350 bp – 2500 bp. Individu yang memiliki ukuran pita 350 bp adalah S6B3.
Individu yang memiliki ukuran pita 2500 bp adalah S4B1. Jumlah lokus yang dihasilkan pada primer OPA-14 adalah 11 lokus.
5.2.3 Analisis Data 5.2.3.1 Keragaman Genetik Populasi Sengon Solomon
Kategori