Gambar 14. Perbandingan akurasi prediksi struktur sekunder protein total pada skenario 3 model HSMM dan HMM standar
4.2.4 Pengujian skenario 4 dengan panjang durasi state 50 persen dari total
panjang dengan alpha = 27, betha = 8 dan coil = 18
Pengujian pada skenario 4 dilakukan dengan menggunakan panjang durasi state 50 persen dari panjang total dengan durasi alpha-helix adalah 27 residu,
betha-sheet 8 residu dan coil 18 residu. Hasil akurasi prediksi struktur sekunder protein model HSMM pada skenario adalah 63,8 sedangkan akurasi dengan
model HMM standar sebesar 53,8. Perbandingan hasil akurasi model HSMM dan HMM standar untuk skenario 4 dapat dilihat pada Gambar 15.
Gambar 15. Perbandingan akurasi prediksi struktur protein total pada skenario 4 model HSMM dan HMM standar
4.2.5 Pengujian skenario 5 dengan panjang durasi state maksimum 21
Berbeda dengan keempat skenario sebelumnya, pada skenario 5 ini, pengujian dilakukan dengan menggunakan panjang durasi state tertentu dengan
mengasumsikan bahwa segmenstate yang memiliki frekuensi kurang dari 10 tidak diperhitungkan. Dalam skenario ini, pengujian dilakukan dengan
menggunakan durasi state maksimum 21. Artinya untuk semua segmen baik alpha-helix, betha-sheet maupun coil akan diambil distribusi panjang durasi
maksimumnya sama dengan 21. Hasil akurasi prediksi struktur sekunder protein dengan model HSMM sebesar 63,4 sedangkan akurasi prediksi dengan HMM
standar sebesar 53,8. Bila dibandingkan dengan empat skenario sebelumnya hasil prediksi dengan HSMM di skenario 5 ini relatif lebih kecil. Hal ini
dikarenakan dengan ditetapkannya distribusi panjang durasi state ada kemungkinan hilangnya informasi dari setiap segmen tersebut. Grafik Gambar 16
memperlihatkan hasil perbandingan akurasi skenario 5.
Gambar 16. Perbandingan akurasi prediksi struktur sekunder protein total pada skenario 5 model HSMM dan HMM standar
4.2.6 Pengujian skenario 6 dengan panjang durasi state maksimum 15
Pengujian pada skenario 6 menggunakan distribusi panjang durasi state 15 dengan menggunakan asumsi seperti yang terdapat pada pengujian dengan
skenario 5. Perbandingan hasil akurasi prediksi struktur sekunder protein skenario 6 dapat dilihat pada Grafik Gambar 17. Hasil prediksi yang pada Gambar
17 memperlihatkan bahwa akurasi prediksi model HSMM dengan distribusi
