Ruang Lingkup Penelitian Pengembangan hidden semi markov model dengan distribusi durasi state empiris untuk prediksi struktur sekunder protein

II TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Struktur Protein

Protein merupakan bagian yang sangat penting pada setiap makhluk hidup. Proses untuk mendapatkan protein dinamakan dengan translasi. Setiap makhluk hidup memiliki kode genetik yaitu DNA deoxyribonucleic acid yang tersusun dari basa nitrogen adenin A, guanin G, thymine T dan cytosine C. Melalui proses transkripsi, DNA tersebut ditranskripsikan menjadi RNA ribonucleic acid. RNA mengalami proses translasi untuk kemudian menghasilkan protein Jones dan Pevzner 2004. Secara ringkas proses terbentuknya protein dapat dilihat pada Gambar 1. Gambar 1. Proses pembentukan protein Protein merupakan elemen dasar dari suatu organisme yang dibentuk dari asam amino. Terdapat 20 asam amino dengan struktur kimia yang berbeda Polanski dan Kimmel 2007. Susunan asam amino pembentuk protein dapat dilihat pada Tabel 1. Asam amino tersebut terbentuk dari tiga huruf triplet dari kombinasi Asam Deoksirobosa DNA yang disebut dengan codon. Codon triplet pembentuk protein dapat dilihat pada Tabel 2. Satu protein protein terdiri atas sejumlah sekuens asam amino. Ilustrasi dari pembentukan satu protein berdasarkan sekuensnya dapat dilihat pada Gambar 2. translasi transkripsi DNA RNA PROTEIN DNA : TAC CGC GGC TAT TAC TGC CAG GAA GGA ACT RNA : AUG GCG CCG AUA AUG ACG GUC CUU CCU UGA Protein : Met Ala Pro Ile Met Thr Val Leu Pro Stop Gambar 2. Contoh urutan asam amino pembentuk suatu protein Gambar 2 merupakan ilustrasi proses pembentukan protein mulai dari urutan sekuens DNA sampai dengan proses translasi yang dapat menghasilkan suatu protein. Tabel 1. Asam amino, singkatan, simbol dan karakteristik Asam Amino Singkatan Simbol Karakteristik Alanine Ala A Nonpolar, hydrophobic Arginine Arg R Polar, hydrophilic Asparagine Asn N Polar, hydrophilic Aspartic acid Asp D Polar, hydrophilic Cystein Cys C Polar, hydrophilic Glutamine Gln Q Polar, hydrophilic Glutamic acid Glu E Polar, hydrophilic Glycine Gly G Polar, hydrophilic Histidine His H Polar, hydrophilic Isoleucine Ile I Nonpolar, hydrophobic Leucine Leu L Nonpolar, hydrophobic Lysine Lys K Polar, hydrophilic Methionine Met M Nonpolar, hydrophobic Phenylalanine Phe F Nonpolar, hydrophobic Proline Pro P Nonpolar, hydrophobic Serine Ser S Polar, hydrophilic Threonine Thr T Polar, hydrophilic Tryptophan Trp W Nonpolar, hydrophobic Tyrosine Tyr Y Polar, hydrophilic Valine Val V Nonpolar, hydrophobic