Gambar 29. Perbandingan akurasi prediksi struktur sekunder protein model HSMM dengan durasi empiris dan teoritis
Gambar 29 memperlihatkan bahwa hasil akurasi prediksi alpha-helix H lebih tinggi pada penggunaan durasi teoritis, namun pada prediksi betha-sheet B dan
coil, penggunaan durasi empiris memberikan akurasi yang lebih tinggi. Secara umum perbandingan akurasi rata-rata prediksi alpha-helixH, betha-sheet B dan
coil C dengan durasi empiris dan teoritis dapat dilihat pada grafik Gambar 30.
Gambar 30. Perbandingan rata-rata akurasi prediksi struktur alpha-helix, betha- sheet dan coil model HSMM dengan durasi empiris dan teoritis
4.6 Matriks Konfusi Hidden Markov Model HMM Standar
Hasil pengujian juga dilakukan terhadap model dengan HMM standar untuk mengetahui tingkat akurasi yang dihasilkan. Akurasi prediksi setiap struktur
protein dapat dilihat pada Matriks konfusi Tabel 13. Tabel 13. Matriks Konfusi Prediksi dengan HMM Standar
kelas hasil prediksi akurasi
prediksi H
B C
kela s ssa
l H 5957 11 85
98,4 B 2715 28 91
1 C 4815 21 334
6,4
Tabel 13 memperlihatkan bahwa proses identifikasi menunjukkan hasil yang tidak seimbang. Hal ini terlihat bahwa untuk struktur betha-sheet B dan
coil C hampir sama sekali tidak dikenali sebagai kelasnya meskipun dalam mengidentifikasi alpha-helixH mencapai 98,4. Dapat dilihat bahwa akurasi
betha-sheet B hanya 1 dan coil C yang hanya 6,4 Gambar 31.
Gambar 31. Akurasi prediksi struktur sekunder protein tiap segmen kelas alpha- helix, betha-sheet dan coil model HMM standar
4.7 Perbandingan Akurasi Prediksi HSMM dan HMM Standar
Perbandingan akurasi HSMM dan HMM dilakukan untuk menunjukkan keunggulan HSMM dibandingkan HMM standar. Dapat dilihat Gambar 32
bahwa meskipun pada prediksi alpha-helix H akurasi HMM jauh lebih tinggi, namun tidak diikuti oleh akurasi struktur lainnya. Dengan demikian, secara rata-
rata akurasi prediksi struktur sekunder protein dengan HSMM manghasilkan akurasi sebesar 56,9 sedangkan HMM standar menghasilkan akurasi sebesar
35,3.
Gambar 32. Perbandingan Akurasi prediksi struktur sekunder protein model HSMM dan HMM sSandar
4.8 Pengaruh Distribusi Empiris Durasi State Terhadap Akurasi HSMM
Pada proses pelatihan model HSMM dilakukan dengan mempertimbangkan distribusi durasi state yang digunakan baik secara empiris
maupun teoritis. Secara keseluruhan rata-rata akurasi struktur alpha-helix H dengan distribusi empiris paling tinggi dibandingkan dengan betha-sheet B dan
coil C. Rata-rata akurasi struktur H dari skenario satu sampai delapan adalah 71,2, struktur B 37,1 dan struktur C 64,0. Terlihat bahwa akurasi
struktur betha-sheet B paling rendah. Rendahnya nilai akurasi ini diduga disebabkan oleh terjadinya perbedaan
distribusi antara data latih dan data uji. Oleh karena itu distribusi empiris dari data latih dan data uji dikaji untuk dilihat sejauh mana perbedaannya. Gambar 33
memperihatkan distribusi empiris antara data latih dan data uji.
