coil adalah 31. Perbandingan akurasi untuk HMM standar dan Hidden Semi Markov Model HSMM skenario 2 dapat dilihat pada grafik Gambar 13.
Gambar 13. Perbandingan akurasi prediksi struktur sekunder protein total pada skenario 2 model HSMM dan HMM standar
Berdasar hasil percobaan, terlihat bahwa model yang diperoleh dengan menggunakan HSMM lebih baik dibandingkan dengan HMM standar. Hal ini
terlihat dari rata – rata akurasi proses prediksi struktur sekunder protein yang secara umum menghasilkan nilai lebih tinggi bila dibandingkan dengan rata-rata
akurasi HMM standar. Gambar 12, dapat dilihat bahwa akurasi prediksi struktur sekunder protein dengan HSMM memiliki akurasi 64,1, sedangkan akurasi
dengan HMM standar menghasilkan akurasi 53, 8.
4.2.3 Pengujian skenario 3 dengan panjang durasi state 75 dari total
panjang dengan alpha = 40, betha = 11 dan coil = 26
Pengujian pada skenario 3 dilakukan dengan menggunakan 75 dari panjang state masing-masing segmen baik alpha-helix, betha-sheet dan coil.
Masing-masing panjang segmen tersebut adalah 40 residu alpha-helix, 11 residu betha-sheet dan 26 residu coil. Perbandingan hasil pengujian skenario 3 dapat
dilihat pada Gambar 14. Gambar 14 menunjukkan hasil akurasi prediksi struktur sekunder protein
secara total dengan HSMM sebesar 63,8 yang mengalami penurunan. Hal ini disebabkan informasi yang semakin berkurang dengan penggunaan 75 panjang
durasi.
Gambar 14. Perbandingan akurasi prediksi struktur sekunder protein total pada skenario 3 model HSMM dan HMM standar
4.2.4 Pengujian skenario 4 dengan panjang durasi state 50 persen dari total
panjang dengan alpha = 27, betha = 8 dan coil = 18
Pengujian pada skenario 4 dilakukan dengan menggunakan panjang durasi state 50 persen dari panjang total dengan durasi alpha-helix adalah 27 residu,
betha-sheet 8 residu dan coil 18 residu. Hasil akurasi prediksi struktur sekunder protein model HSMM pada skenario adalah 63,8 sedangkan akurasi dengan
model HMM standar sebesar 53,8. Perbandingan hasil akurasi model HSMM dan HMM standar untuk skenario 4 dapat dilihat pada Gambar 15.
Gambar 15. Perbandingan akurasi prediksi struktur protein total pada skenario 4 model HSMM dan HMM standar
