Matrik Konfusi Skenario 5 Analisis Error Identifikasi Struktur Sekunder Protein

Gambar 25. Akurasi prediksi struktur sekunder protein tiap segmen kelas alpha- helix, betha-sheet dan coil model HSMM skenario 5 Penggunaan durasi state tertentu ini, memberikan akurasi prediksi yang berbeda bila dibandingkan dengan penggunaan presentasi panjang duras state. Dapat dilihat bahwa akurasi struktur alpha-helix H menurun dari sekitar 72 pada penggunaan presentase durasi state menjadi kurang lebih 70. Sementara akurasi beta-sheet dan coil justru sedikit menaik masing-masing 37,4 dan 64,1. Menurunnya akurasi alpha diduga disebabkan oleh hilangnya informasi durasi state dengan pemotongan panjang durasi yang hanya 21 ini. Padahal segmen alpha-helix memiliki distribusi dengan panjang maksimum terbesar.

4.4.6 Matriks Konfusi Skenario 6

Matriks konfusi skenario 6 menunjukkan hasil identifikasi struktur protein dengan model HSMM yang menggunakan panjang durasi tertentu, yaitu 15. Hasil identifikasi dalam Matriks konfusi diperlihatkan pada Tabel 10. Tabel 10. Matriks Konfusi Skenario 6 kelas hasil prediksi akurasi prediksi H B C ke la s asa l H 4007 359 1687 66,2 B 792 1177 865 41,5 C 1228 443 3482 67,6 Tabel 10 memperlihatkan hasil prediksi struktur sekunder protein dengan skenario 6. Dibandingkan dengan skenario durasi empiris lainnya, penggunaan panjang durasi state sebesar 15 ini berdampak pada turunnya akurasi untuk prediksi struktur alpha-helix H. Ini terlihat dari jumlah residu yang hanya 4007 diprediksi dengan benar atau 66,2 saja. Adapun akurasi betha-sheet B dan coil C justru mengalami kenaikan mencapai 41,5 dan 67,6. Grafik akurasi prediksi struktur sekunder protein dapat dilihat pada Gambar 26. Gambar 26. Akurasi prediksi struktur sekunder protein tiap segmen kelas alpha- helix, betha-sheet dan coil model HSMM skenario 6

4.4.7 Matriks Konfusi Skenario 7

Matriks konfusi skenario 7 memperlihatkan hasil identifikasi struktur protein untuk model HSMM dengan peluang durasi state yang digunakan adalah distribusi dengan fungsi kepekatan peluang eksponensial negatif. Hasil Matriks konfusi dapat dilihat pada Tabel 11. Tabel 11. Matriks Konfusi Skenario 7 kelas hasil prediksi akurasi prediksi H B C k el as as al H 4717 218 1118 77,9 B 1209 834 791 29,4 C 1800 357 2996 58,1 Hasil akurasi prediksi dengan distribusi teoritis Tabel 11 menunjukkan bahwa akurasi prediksi struktur alpha-helix H mencapai 77,9. Akan tetapi akurasi