betha-sheet B dan coil justru menurun masing-masing 29,4 dan 58,1. Secara visual akurasi prediksi skenario 7 dapat dilihat pada grafik Gambar 27.
Gambar 27. Akurasi prediksi struktur sekunder protein tiap segmen kelas alpha- helix, betha-sheet dan coil model HSMM skenario 7
4.4.8 Matriks Konfusi Skenario 8
Matriks konfusi skenario 8 memperlihatkan hasil identifikasi struktur protein untuk model HSMM dengan peluang durasi state yang digunakan adalah
distribusi peluang normal. Akan tetapi rataan yang digunakan untuk menghitung fungsi kepekatan peluang adalah rataan geometrik. Ini dilakukan karena panjang
segmen tiap struktur protein memiliki sebaran yang tidak normal. Hasil Matriks konfusi dapat dilihat pada Tabel 12.
Tabel 12. Matriks Konfusi Skenario 8
kelas hasil prediksi akurasi
prediksi H B C
kela s asal
H 4362 183 1508 72,1
B 1032 878 924 31,0
C 1577 331 3245 63,0
Pembangkitan distribusi durasi state dengan fungsi kepekatan peluang fungsi
normal memberikan akurasi seperti yang terlihat pada Tabel 12. Akurasi prediksi struktur alpha-helix H sebesar 72,1 sedangkan prediksi struktur betha-sheet
B dan coil C menghasilkan akurasi masing-masing sebesar 31 dan 63. Gambar 28 memperlihatkan grafik akurasi untuk pengujian skenario 8.
Gambar 28. Akurasi prediksi struktur sekunder protein tiap segmen kelas alpha- helix, betha-sheet dan coil model HSMM skenario 8
4.5 Perbandingan Akurasi Prediksi HSMM Distribusi Empiris dan
Teoritis Akurasi prediksi struktur sekunder protein dengan model HSMM pada
skenario 1 sampai dengan 6 menggunakan distribusi durasi state empiris sedangkan pada skenario 7 dan skenario 8 distribusi durasi state dibangkitkan
dengan menggunakan pendekatan teoritis yaitu fungsi kepekatan peluang. Perbandingan akurasi prediksi struktur sekunder protein dengan distribusi empiris
dan teoritis dapat dilihat pada grafik Gambar 29.
Gambar 29. Perbandingan akurasi prediksi struktur sekunder protein model HSMM dengan durasi empiris dan teoritis
Gambar 29 memperlihatkan bahwa hasil akurasi prediksi alpha-helix H lebih tinggi pada penggunaan durasi teoritis, namun pada prediksi betha-sheet B dan
coil, penggunaan durasi empiris memberikan akurasi yang lebih tinggi. Secara umum perbandingan akurasi rata-rata prediksi alpha-helixH, betha-sheet B dan
coil C dengan durasi empiris dan teoritis dapat dilihat pada grafik Gambar 30.
Gambar 30. Perbandingan rata-rata akurasi prediksi struktur alpha-helix, betha- sheet dan coil model HSMM dengan durasi empiris dan teoritis
