Sebaran salinitas di laut dipengaruhi oleh berbagai faktor, seperti: pola sirkulasi air, penguapan, curah hujan, dan aliran sungai. Kisaran salinitas di
perairan Pulau Nain adalah 30 –34 ppt. Saat pengukuran, salinitas di lokasi
penelitian pada waktu yang hampir sama menunjukkan bahwa kisaran salinitas seragam. Hal ini menunjukkan bahwa perairan di Gugus Pulau Nain memiliki
sirkulasi air yang lambat dan dampak dari suhu sangat tinggi. Eucheuma adalah alga laut yang bersifat stenohaline, relatif tidak tahan
terhadap perbedaan salinitas yang tinggi. Fluktuasi salinitas selama penelitian masih pada taraf normal. Perbedaan salinitas pada saat pengukuran terjadi lebih
diakibatkan karena pada saat itu baru terjadi hujan. Menurut Wyrtki 1961 in Bengen dan Retraubun 2006 fluktuasi nilai salinitas pada musim pancaroba
bervariasi dipengaruhi oleh tinggi rendah curah hujan yang terjadi. Berdasarkan hal tersebut, maka salinitas perairan Gugus Pulau Nain dapat
dikatakan berada dalam batas yang layak untuk pertumbuhan rumput laut. Peta sebaran salinitas di perairan Gugus Pulau Nain seperti pada Gambar 16.
Gambar 16 Sebaran salinitas di Perairan Gugus Pulau Nain.
e. Substrat dasar
Substrat dasar perairan berhubungan dengan kecerahan perairan. Substrat dasar di lokasi penelitian terdiri dari pecahan karang dan pasir berkarang. Dasar
perairan yang sedikit berlumpur hanya di dekat permukiman dan sebagian kecil di padang lamun Gambar 17.
Gambar 17 Sebaran substrat dasar di Perairan Gugus Pulau Nain. Tipe substrat yang paling baik bagi pertumbuhan rumput laut adalah
campuran pasir karang dan potongan atau pecahan karang, karena perairan dengan substrat demikian biasanya dilalui oleh arus yang sesuai bagi pertumbuhan rumput
laut. Substrat dasar yang berlumpur di kedalaman yang rendah akan mudah terangkat saat adanya arus yang kuat dan gelombang sehingga dapat menyebabkan
kekeruhan perairan Gerung et al. 2008. Dawes 1998 menyatakan bahwa pertumbuhan rumput laut akan baik apabila lokasi budidaya di perairan dangkal
bersubstrat karang, pecahan karang, pasir atau campuran ketiganya. Budidaya rumput laut di Gugus Pulau Nain tidak akan terlalu dipengaruhi
oleh substrat dasar karena metode yang digunakan adalah tali panjang permukaan. Substrat dasar hanya mengindikasikan bahwa banyak terjadi pertumbuhan alga di
lokasi tersebut yang tentunya layak juga untuk pertumbuhan rumput laut yang dibudidaya. Lee et al. 1999 dan Rorrer Cheney 2004 menyatakan bahwa
pertumbuhan dan penyebaran rumput laut selain sangat tergantung pada faktor- faktor ekologis juga ditentukan oleh jenis substrat dasarnya. Rumput laut hidup di
alam dengan melekatkan dirinya pada karang, lumpur, pasir, batu, dan benda
keras lainnya. Karakteristik perairan pulau-pulau kecil, seperti di lokasi penelitian, menyebabkan perairan ini sangat terhindar dari dasar perairan yang berlumpur
tetap. Selain tidak memiliki sungai, substrat lumpur hanya disebabkan oleh erosi dan limbah rumah tangga lokal sehingga substrat ini akan hanyut mengikuti arus.
f. Suhu perairan
Suhu merupakan salah satu faktor yang sangat menentukan dalam proses metabolisme organisme di perairan. Suhu yang mendadak berubah atau terjadinya
perubahan suhu yang ekstrim akan mengganggu kehidupan organisme atau dapat menyebabkan kematian. Suhu perairan dapat mengalami perubahan sesuai dengan
musim, letak lintang suatu wilayah, letak tempat terhadap garis edar matahari, sirkulasi udara, penutupan awan, aliran air, waktu pengukuran dan kedalaman air.
Gambar 18 Sebaran suhu di Perairan Gugus Pulau Nain. Pada rumput laut kenaikan suhu yang tinggi akan mengakibatkan thallus
menjadi pucat kekuning-kuningan dan tidak sehat. Selama penelitian kisaran suhu di perairan Pulau Nain 29
–31,5
o
C Gambar 18. Eucheuma sp. dapat tumbuh dengan baik pada suhu 24
–35 C dengan fluktuasi harian maksimum 4°C Mairh
et al . 1986 dan Puslitbangkan 1991.
Suhu perairan yang
tinggi dapat menyebabkan kematian pada rumput laut, serta kerusakan enzim dan membran sel
yang bersifat labil. Pada suhu rendah, membran protein dan lemak dapat
mengalami kerusakan sebagai akibat terbentuknya kristal di dalam sel, sehingga mempengaruhi kehidupan rumput laut Luning 1990.
Dawes 1998 menyatakan suhu mempunyai peranan yang sangat penting bagi kehidupan dan pertumbuhan rumput laut. Suhu air dapat berpengaruh
terhadap beberapa fungsi fisiologis rumput laut seperti fotosintesa, respirasi, metabolisme, pertumbuhan, dan reproduksi. Kisaran suhu perairan di Gugus Pulau
Nain secara keseluruhan memiliki sebaran yang hampir sama. Fluktuasi harian suhu hanya sekitar 1
o
C, dengan demikian kegiatan budidaya rumput laut dapat berlangsung pada wilayah Gugus Pulau Nain.
g. Derajat keasaman pH
