Zonasi perwilayahan perairan tergenang lentik dibagi menjadi dua, yaitu zonasi benthos dan zonasi kolom air Gambar 1. Zonasi benthos juga
disebut zonasi dasar, terdiri atas supra-litoral, litoral, sub-litoral, dan profundal. Zonasi kolom air open water zone terdiri atas zonasi limnetik, tropogenik,
kompensasi, dan tropolitik Effendi, 2003. Zonasi pada perairan tergenang lentik dapat dilihat pada Gambar 1.
Gambar 1. Zonasi pada perairan tergenang lentik Cole, 1988 dalam Effendi, 2003
Keterangan :
a. Supra-litoral : wilayah di pinggir danau yang masih terkena pengaruh
danau, biasanya berupa daratan yang kadang kala tergenang air jika volume danau meningkat.
b. Litoral : wilayah pinggir danau yang dangkal, dengan batuan dasar
berukuran relatif besar dan cahaya matahari mencapai dasar perairan. Wilayah ini banyak ditumbuhi tumbuhan akuatik yang meningkat di dasar
perairan dan memiliki keanekaragaman bentos yang cukup tinggi. Wilayah litoral merupakan wilayah yang mendapat pengaruh pertama kali, jika terjadi
erosi pada daratan di sekitarnya.
c. Sub-litoral : wilayah di bawah zona litoral, dengan batuan dasar berukuran
lebih kecil dan cahaya matahari sudah berkurang. Wilayah ini masih mendapat cukup oksigen, namun keanekaragaman benthos sudah berkurang.
Benthos misalnya moluska yang telah mati, yang semula adalah penghuni wilayah litoral biasanya akan terbenam di wilayah sub-litoral.
d. Profundal : wilayah paling dalam dengan suhu yang rendah dan cahaya
matahari sedikit atau bahkan tidak ada sama sekali. Jumlah oksigen terlarut sangat sedikit atau terbentuk suasana anoksik tidak ada oksigen. Meskipun
banyak mengandung gas metana dan karbondioksida, namun kadar ion hidrogen dalam wilayah ini juga tinggi sehingga pH air rendah karena
keberadaan asam karbonat. Sedimen dasar berukuran sangat kecil halus.
e. Zona limnetik pelagik : wilayah perairan yang sudah tidak banyak
mendapat pengaruh dari tepi dan dasar perairan. Zona limnetik dibagi menjadi zona tropogenik dan tropolitik.
f. Zona tropogenik : kolom air dari permukaan yang memiliki aktivitas
fotosintesis intensif hingga kedalaman dimana aktivitas fotosintesis sangat sedikit. Pada zona ini, kadar oksigen terlarut cukup tinggi. Zona tropogenik
biasanya berada pada lapisan epilimnion.
g. Zona tropolitik : wilayah yang berada di bawah zona tropogenik. Pada zona
