Kewenangan Pemerintah dan Kewenangan Propinsi sebagai daerah otonom dalam pengelolaan perikanan tangkap yang baik dijelaskan pada peraturan
pemerintah pasal 2 ayat 3 No. 25 tahun 2000. Pemerintah pusat memiliki beberapa kewenangan, meliputi: 1 penetapan kebijakan dan pengaturan
eksplorasi, konservasi, pengelolaan dan pemanfaatan sumberdaya alam perairan di wilayah laut di luar perairan 12 mil, termasuk perairan nusantara dan dasar
lautnya serta ZEE dan landas kontinen; 2 penetapan kebijakan dan pengaturan pengelolaan dan pemanfaatan benda berharga dari kapal tenggelam di luar
perairan laut 12 mil; 3 penetapan kebijakan dan pengaturan batas-batas maritim yang meliputi batas-batas daerah otonom di laut dan batas-batas ketentuan
kebijakan laut internasional; 4 penetapan standar pengelolaan pesisir pantai dan pulau-pulau kecil; dan 5 penegakan kebijakan di wilayah laut diluar perairan 12
mil dan di dalam perairan 12 mil yang menyangkut hal spesifik serta berhubungan dengan internasional.
Pelabuhan perikanan yang merupakan salah satu komponen perikanan tangkap diperlukan suatu kebijakan untuk pengelolaannya, menurut Peraturan
Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor: Permen. 16MEN2006 pasal 12 ayat 1 dikatakan, pengelola pelabuhan perikanan bertanggung jawab atas pemeliharaan
fasilitas yang berada di pelabuhan perikanan. Selanjutnya pasal 13 ayat 1 dan 2 menjelaskan bahwa pengelolaan pelabuhan perikanan yang dimiliki oleh
Pemerintah Provinsi, Pemerintah KabupatenKota dipimpin oleh seorang Kepala Pelabuhan dan pengelolaan pelabuhan perikanan yang dimiliki oleh BUMN
maupun perusahaan swasta dipimpin oleh seorang Kepala Pelabuhan yang mendapat penetapan dari Direktur Jenderal.
2.5 Operasional Pelabuhan Perikanan
Panduan yang disusun sebagai pedoman operasional Pelabuhan Perikanan atau Pangkalan Pendaratan Ikan dengan menyelenggarakan pelayanan prima akan
terbatas pada hal-hal yang menyangkut pelaksanaan pelayanan berbagai fasilitas pokok dan fasilitas fungsional yang ada. Sebagai suatu sistem kegiatan yang
berlangsung dari waktu secara berkesinambungan maka terselenggaranya pelayanan prima ini sangat dipengaruhi oleh adanya tugas-tugas perawatan dan
pemeliharaan terhadap fasilitas yang digunakan dalam operasional fungsi fasilitas
tersebut. Operasional adalah implementasi dari segala kegiatan dan pekerjaan yang dilakukan di PPPPI dalam melayani kebutuhan masyarakat pengguna yang
memerlukannya. Kegiatan operasional PPPPI yang dilakukan hendaknya berorientasi pada kepentingan masyarakat pengguna PPPPI Murdiyanto, 2002.
2.5.1 Kegiatan operasional di pelabuhan perikanan
Kegiatan operasional yang berlangsung di pelabuhan perikanan adalah Direktorat Jenderal Perikanan, 1994 diacu dalam Lubis, 2007:
1 Pendaratan ikan
Pendaratan ikan di pelabuhan perikanan sebagian besar berasal dari kapal penangkapan ikan yang mendaratkan hasil tangkapannya di pelabuhan itu,
hanya sebagian kecil berasal dari PPPPI yang dibawa ke pelabuhan itu dengan menggunakan sarana transportasi darat.
2 Penanganan, pengolahan, dan pemasaran ikan
Sesuai dengan salah satu fungsinya sebagai tempat pembinaan dan pengawasan mutu hasil perikanan, penanganan ikan segar di pelabuhan perikanan dilakukan
dengan metode pendinginan yang dapat dikelompokkan menjadi tiga kategori yaitu pendinginan dengan es, pendinginan dengan udara dingin, dan
pendinginan dengan air dingin. Pengolahan ikan dimaksudkan untuk mempertahankan mutu sehingga waktu
pemasaran menjadi lebih lama serta meninggikan nilai jual ikan. Kegiatan pemasaran di pelabuhan perikanan bersifat lokal, nasional, dan ekspor. Sistem
rantai pemasaran yang terdapat di beberapa pelabuhan perikanan di Indonesia, antara lain :
1 TPI Pedagang besar
Pengecer Pedagang Konsumen 2
TPI Pedagang besar Pedagang lokal Konsumen
3 TPI Pengecer
Konsumen 3
Penyaluran Perbekalan 4
Pengisian perbekalan. Aktivitas pelabuhan perikanan terkait adalah penyaluran BBM, penjualan air bersih, penjualan es dan suku cadang. Pelayanan
perbekalan ini umumnya diadakan oleh pihak UPT Pelabuhan, KUD, Koperasi pegawai pelabuhan, BUMN, dan pihak swasta.