UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
c Nilai F menunjukkan kemaknaan hubungan bila dibandingkan dengan tabel F. Makin besar nilai F makin
besar derajat kemaknaan hubungan. Nilai F adalah indikator bilangan untuk menunjukkan bahwa hubungan
yang dinyatakan oleh persamaan yang didapat, adalah benar atau merupakan kejadian kebetulan. Semakin tinggi
nilai F semakin kecil kemungkinan hubungan tersebut adalah karena kebetulan.
d Nilai t menunjukkan perbedaan koefisien regresi a, b, c, dan d dari persamaan regresi bila dibandingkan dengan
tabel t e Nilai s simpangan baku menunjukkan nilai variasi
kesalahan dalam percobaan.
2.10 Penambatan molekuler Molecular Docking
Molecular docking atau penambatan molekuler adalah
prosedur komputasional yang digunakan untuk memprediksikan ikatan non kovalen makromolekul, lebih sering, sebuah molekul
besar reseptor dan sebuah molekul kecil ligan secara efisien, dimulai dari struktur-struktur yang tidak saling berikatan, struktur
yang ditemukan dari simulasi dinamika molekul, homology modeling,
dll. Tujuan dari molecular docking adalah untuk memprediksikan konformasi ikatan dan afinitas pengikatan Yanuar,
2012. Dalam bidang pemodelan molekul, docking adalah metode
untuk memprediksi orientasi yang lebih diutamakan dari suatu molekul ketika terikat satu sama lain untuk membentuk kompleks
yang stabil.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Informasi tentang oreintasi ini dapat digunakan untuk memprediksi kekuatan hubungan atau afinitas ikatan antara dua
molekul yang digunakan misalnya fungsi penilaian. Hubungan antara molekul biologis yang relevan seperti protein, asam nukleat,
karbohidrat, dan lipid memainkan peran sentral dalam transduksi sinyal.
Selanjutnya, orientasi relatif dari dua pasangan yang berinteraksi dapat mempengaruhi jenis sinyal yang dihasilkan. Oleh
karena itu docking berguna untuk memprediksi baik kekuatan dan jenis sinyal yang dihasilkan. Docking sering digunakan untuk
memprediksi orientasi ikatan kandidat obat bermolekul kecil terhadap target proteinnya untuk memprediksi afinitas dan aktivitas
molekul kecil. Maka docking memainkan peran penting dalam desain obat secara rasional Mukesh Rakesh, 2011.
Prediksi pengikatan molekul kecil pada protein penting karena data tersebut digunakan untuk screening database virtual
molekul mirip obat untuk menemukan senyawa penuntun untuk mengembangkan obat selanjutnya. Docking juga dapat digunakan
untuk mencoba memprediksi konformasi ikatan dari pengikat yang diketahui, ketika percobaan seluruh struktur tidak tersedia Yanuar,
2012. Untuk melakukan skrining penambatan, syarat pertama
adalah struktur protein yang dikehendaki. Biasanya struktur telah ditentukan dengan menggunakan teknik biofisik seperti kristalografi
sinar-x, atau spektroskopi NMR. Struktur protein dan basis data ligan yang potensial ini
berfungsi sebagai input untuk program docking. Keberhasilan program docking tergantung pada dua komponen: pencarian
algoritma dan fungsi scoring Mukesh, 2011. Fungsi scoring dapat memprediksi afinitas ikatan antara makromolekul dengan ligan.
Identifikasi ini didasarkan pada beberapa teori seperti teori energi bebas Gibbs.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Nilai energi bebas Gibbs yang kecil menunjukkan bahwa konformasi yang terbentuk adalah stabil, sedangkan nilai energi
bebas Gibbs yang besar menunjukkan tidak stabilnya kompleks yang terbentuk. Sedangkan penggunaan algoritma berperan dalam
penentuan konformasi docking pose yang paling stabil dari pembentukan kompleks Funkhouser, 2007.
2.11 Pemograman HKSA dan Penambatan Molekuler
