Penambatan molekuler Molecular Docking

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta c Nilai F menunjukkan kemaknaan hubungan bila dibandingkan dengan tabel F. Makin besar nilai F makin besar derajat kemaknaan hubungan. Nilai F adalah indikator bilangan untuk menunjukkan bahwa hubungan yang dinyatakan oleh persamaan yang didapat, adalah benar atau merupakan kejadian kebetulan. Semakin tinggi nilai F semakin kecil kemungkinan hubungan tersebut adalah karena kebetulan. d Nilai t menunjukkan perbedaan koefisien regresi a, b, c, dan d dari persamaan regresi bila dibandingkan dengan tabel t e Nilai s simpangan baku menunjukkan nilai variasi kesalahan dalam percobaan.

2.10 Penambatan molekuler Molecular Docking

Molecular docking atau penambatan molekuler adalah prosedur komputasional yang digunakan untuk memprediksikan ikatan non kovalen makromolekul, lebih sering, sebuah molekul besar reseptor dan sebuah molekul kecil ligan secara efisien, dimulai dari struktur-struktur yang tidak saling berikatan, struktur yang ditemukan dari simulasi dinamika molekul, homology modeling, dll. Tujuan dari molecular docking adalah untuk memprediksikan konformasi ikatan dan afinitas pengikatan Yanuar, 2012. Dalam bidang pemodelan molekul, docking adalah metode untuk memprediksi orientasi yang lebih diutamakan dari suatu molekul ketika terikat satu sama lain untuk membentuk kompleks yang stabil. UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Informasi tentang oreintasi ini dapat digunakan untuk memprediksi kekuatan hubungan atau afinitas ikatan antara dua molekul yang digunakan misalnya fungsi penilaian. Hubungan antara molekul biologis yang relevan seperti protein, asam nukleat, karbohidrat, dan lipid memainkan peran sentral dalam transduksi sinyal. Selanjutnya, orientasi relatif dari dua pasangan yang berinteraksi dapat mempengaruhi jenis sinyal yang dihasilkan. Oleh karena itu docking berguna untuk memprediksi baik kekuatan dan jenis sinyal yang dihasilkan. Docking sering digunakan untuk memprediksi orientasi ikatan kandidat obat bermolekul kecil terhadap target proteinnya untuk memprediksi afinitas dan aktivitas molekul kecil. Maka docking memainkan peran penting dalam desain obat secara rasional Mukesh Rakesh, 2011. Prediksi pengikatan molekul kecil pada protein penting karena data tersebut digunakan untuk screening database virtual molekul mirip obat untuk menemukan senyawa penuntun untuk mengembangkan obat selanjutnya. Docking juga dapat digunakan untuk mencoba memprediksi konformasi ikatan dari pengikat yang diketahui, ketika percobaan seluruh struktur tidak tersedia Yanuar, 2012. Untuk melakukan skrining penambatan, syarat pertama adalah struktur protein yang dikehendaki. Biasanya struktur telah ditentukan dengan menggunakan teknik biofisik seperti kristalografi sinar-x, atau spektroskopi NMR. Struktur protein dan basis data ligan yang potensial ini berfungsi sebagai input untuk program docking. Keberhasilan program docking tergantung pada dua komponen: pencarian algoritma dan fungsi scoring Mukesh, 2011. Fungsi scoring dapat memprediksi afinitas ikatan antara makromolekul dengan ligan. Identifikasi ini didasarkan pada beberapa teori seperti teori energi bebas Gibbs. UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Nilai energi bebas Gibbs yang kecil menunjukkan bahwa konformasi yang terbentuk adalah stabil, sedangkan nilai energi bebas Gibbs yang besar menunjukkan tidak stabilnya kompleks yang terbentuk. Sedangkan penggunaan algoritma berperan dalam penentuan konformasi docking pose yang paling stabil dari pembentukan kompleks Funkhouser, 2007.

2.11 Pemograman HKSA dan Penambatan Molekuler

Dokumen yang terkait

Amidasi Senyawa Etil p-metoksisinamat Melalui Reaksi Langsung dengan Iradiasi Microwave Serta Uji Aktivitas Sebagai Antiinflamasi

4 31 104

Hubungan Kuantitatif Struktur Aktifitas Senyawa Nitrasi Etil P -Metoksisinamat Terhadap Aktivitas Anti Tuberkulosis Melalui Pendekatan Hansch Secara Komputasi

1 34 82

Amidasi senyawa etil p-metoksisinamat melalui reaksi langsung dengan iradiasi microwave serta uji aktivitas sebagai antiinflamasi

2 16 104

Modifikasi Struktur Senyawa Asam p-metoksisinamat Melalui Proses Amidasi Urea Serta Uji Aktivitas Sebagai Antiinflamasi

1 7 92

Amidasi Senyawa Etil p-metoksisinamat yang Diisolasi dari Kencur (Kaempferia galanga L.) dan Uji Aktivitas Antiinflamasi Secara In-Vitro

1 18 82

Hubungan kuantitatif struktur aktifitas senyawa nitrasi etil p -metoksisinamat terhadap aktivitas anti tuberkulosis melalui pendekatan hansch secara komputasi

0 9 82

Studi hubungan kuantitatif strukturaktivitas anti-tuberkulosis senyawa amidasi etil p-metoksisinamat dengan pendekatan hansch dan penambatan molekuler pada enzim inh a

0 6 101

Studi Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas Dari Amidasi Senyawa Etil-P-Metoksisinamat Sebagai Antiinflamasi Dengan Pendekatan Hansch dan Komputasi

38 208 108

Studi Penambatan Molekul Senyawa-Senyawa Amidasi Etil Para Metoksisinamat Pada Peroxisome Proliferator- Activated Receptor- Gamma (PPARĪ³)

8 56 121

Optimasi Daya dan Waktu Reaksi Amidasi Etil P-Metoksisinamat dengan Dimetil Formamida Menggunakan Irradiasi Microwave

1 14 78