UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
3.4.1.5 Validasi persamaan HKSA Setelah membangun persamaan multilinier regression metode
backward akan didapatkan beberapa model persamaan. Kemudian
diuji validitasnya dengan menghitung nilai r
2
, F
hit
F
tabel
, Standar Error, dan predicted residual sums of squares PRESS
.
Persamaan yang diterima harus memenuhi syarat:
1. nilai r
2
dari 0,8 hingga 1 2. nilai F
hit
F
tabel
1 3. nilai SE dan PRESS terkecil atau mendekati 0
Kemudian dihitung nilai Root Mean Standar Deviation RMSD dengan membandingkan nilai Log 1MIC eksperimen
pada data test sets dengan Log 1MIC prediksi test sets dari hasil model persamaan yang dibuat. Model persamaan yang diterima
bila nilai RMSD terkecil atau mendekati 0.
3.4.1.6 Prediksi aktivitas sample sets
Senyawa amidasi etil p-metoksisinamat pada format .mol dihitung nilai deskriptor dengan model persamaan yang telah
memenuhi syarat. Nilai deskriptor yang didapat kemudian di masukkan kedalam persaman HKSA untuk mendapatkan prediksi
aktivitas anti-tuberkulosis Log 1MIC yang baik.
3.4.2. Penambatan Molekuler 3.4.2.1 Penyiapan dan Optimasi Enzim Inh A
Makromolekul enzim InhA diunduh dari Bank Data Protein melalui situs
http:www.rcsb.orgpdb . Identitas molekul pada
situs tersebut adalah 1ENY dalam format .pdb. Makromolekul protein kemudian dilakukan proses pemisahan
molekul air dan ligan atau residu non standar. Proses ini dilakukan dengan menggunakan software Discovery Studio 3.5 Visualizer.
Hasil makromolekul yang telah dipisahkan disimpan pada dalam format .pdb.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Selanjutnya, dilakukan proses optimasi makromolekul menggunakan software Autodock Tool. Buka software Autodock
tool
klik file
read molecul
pilih makromolekul dengan format .pdb. Optimasi meliputi penambahan atom hidrogen dan
pengaturan grid box parameter untuk menentukan lokasi penambatan molekul ligan. Hasil optimasi makromolekul disimpan
dalam format .pdbqt.
3.4.2.2 Penyiapan dan Optimasi Ligan senyawa uji Ligan yang digunakan sebagai pembanding adalah Isoniazid
yang dapat
diunggah melalui
PubChem http:PubChem.ncbi.blm.nih.gov
.
Sedangkan senyawa amidasi Etil p-metoksisinamat yang akan diujikan dibuat struktur tiga
dimensinya dengan software Marvinsketch dan disimpan dalam format .mol, kemudian dikonversi menjadi .pdb dengan program
open babel. Optimasi struktur ligan yang telah dibuat dengan menggunakan software Autodock Tools. Dengan cara: Buka ligan
yang telah dibuat ligand → input → open. Kemudian, optimasi
pengaturan number of active torsion. Simpan ligan hasil optimasi ligand → output → save as pdbqt →save dalam format .pdbqt.
3.4.2.3 Penambatan Molekul dengan Autodock Vina Langkah awal yang dilakukan adalah mengkopi atau
menyimpan data Ligan dan Protein format .pdbqt yang telah dioptimasi kedalam folder Vina. Kemudian buat pengaturan
konfigurasi file vina pada notepad dan disimpan dengan format conf.txt
. Selanjutnya, jalankan software Vina melalui Command prompt
.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
3.4.2.4 Analisis dan Visualisasi Penambatan Molekul Hasil kalkulasi penambatan dilihat pada output dalam format
out.pdbqt. Pemilihan hasil penambatan dengan memilih ligan yang memilki nilai energi bebas Gibbs
∆G
bind
terendah. Data nilai energi ikatan setiap ligan dapat dilihat pada output hasil
penambatan ‘log.txt’.
Visualisasi posisi setiap ligan pada makromolekul dan asam amino yang terikat pada ligan dengan menggunakan program
Pymol dan Ligplot. Pymol digunakan untuk melihat kecocokan situs tambat pada makromolekul dengan ligan. Pymol akan
menvisualisasi secara 3 dimensi, sedangkan ligplot secara 2 dimensi.
Makromolekul yang sebelumnya telah dioptimasi dengan format .pdbqt dan data hasil penambatan output.pdbqt, dibuka
menggunakan wordpad. Data dari output.pdbqt disalin kedalam data makromolekul, kemudian disimpan dalam format .pdb dan
dilihat interaksi asam amino dan ligannya menggunakan program Ligplot secara dua dimensi.
37
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
BAB 4 HASIL DAN PEMBAHASAN
