31
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
BAB 3 METODE PENELITIAN
3.1. Tempat dan Waktu Penelitian
Penelitian dilakukan pada Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan FKIK Universita Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta
dan di Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia LIPI Serpong selama bulan Maret hingga Juni 2015.
3.2. Alat
3.2.1. Perangkat Keras Notebook
Asus X44C series dengan spesifikasi Intel® celeron® CPU B800 1.50GHz 2 CPUS, ~1.50 GHz, RAM
Random Access Memory 2.00 gigabyte, dan Graphic Card Intel® HD Graphics Family 784 MB. Notebook terhubung dengan
ACDC adapter dan terkoneksi internet.
3.2.2. Perangkat Lunak Sistem operasi menggunakan Windows 7 Ultimate 64 bit,
Autodock Tools, Discovery Studio 3.5 Visualizer Accelrys Enterprise Platform
, Open Babel 2.3.2, Autodock Vina, Pymol De
Lano Scitientific
LLC ,
Marvin Sketch
5.5.1.0 http:www.chemaxon.com
, LigPlot, Hyperchem
TM
trial for Windows, Protein Data Bank
http:www.rcsb.orgpdb , SPSS
16.0 for windows, Microsoft Excel 2007.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
3.3. Bahan
3.3.1. Struktur molekul tiga dimensi enzim Inh A Mycobacterium tuberculosis
Struktur tiga dimensi enzim Inh A diunduh dari Bank Data Protein melalui situs
http:www.rcsb.orgpdb . Makromolekul
protein yang dipilih adalah enzim Inh A pada Mycobacterium tuberculosis
yang didapat dari metode X-ray Diffraction dengan resolusi 2,70 Å. Identitas makromolekul tersebut adalah 1ENY
dengan format .pdb.
3.3.2. Struktur tiga dimensi ligan senyawa amidasi Etil p-metoksisinamat. Ligan yang digunakan adalah ligan dari senyawa amidasi
etil p-metoksisinamat EPMS yang dibuat dengan Marvin Sketch dengan format .mol untuk perhitungan deskriptor dan format .pdb
untuk proses docking.
3.3.3 Data anti-tuberculosis beberapa senyawa beserta strukturnya Data anti-tuberkulosis beberapa senyawa di ambil dari
referensi dan jurnal penelitian, kemudian digunakan sebagai training sets
dan test sets untuk membangun persamaan HKSA. Data aktivitas anti-tuberkulosis yang didapat adalah nilai Minimum
Inhibitor Concentration MIC dan strukturnya dalam format .mol.
3.4. Cara Kerja