Penambatan Molekul Perhitungan deskriptor Log D Optimasi struktur pada Hyperchem

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

1.2 Penambatan Molekul

v Penyiapan struktur molekul enzim InhA, dengan mengunduh struktur dari Bank Data Protein http:www.rcsb.orgpdb. Output berupa file 1ENY.pdb Pemisahan dari pelarut dan ligan atau residu non standar dengan Discovery Studio 4.0 Visualizer. Pemisahan dari pelarut dan ligan atau residu non standar dengan Discovery Studio 4.0 Visualizer. Output berupa file 1ENY.pdb Pengoptimasian dengan Autodock Tools yang meliputi : penambahan atom hidrogen dan pengaturan grid box parameter. Output berupa file 1ENY.pdbqt Penyiapan struktur ligan. Ligan yang digunakan adalah struktur senyawa amidasi EPMS. Struktur 3D dibuat dengan program MarvinSketch, simpan dalam format .pdb Output berupa file ligan.pdb Pengoptimasian dengan Autodock Tools, yaitu pengaturan number of active torsion . Output berupa file ligan.pdbqt Penambatan molekul dengan program autodock vina Analisis hasil pada nilai log.txt dan visualisasi hasil pada out.pdbqt dengan program Pymol serta Ligplot Output berupa nilai: 1. Pose: Posisi dan Orientasi Ligan terhadap Asam Amino Protein 2. ΔG bind UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Lampiran 2 Prosedur Kerja HKSA 2.1 Pembuatan struktur pada marvin sketch Setelah struktur dibuat, kemudian dilakukan clean 3D dengan cara: pilih structure claening methodfine with HydrogenizeClean in 3D

2.2 Perhitungan deskriptor Log D

Proses perhitungan dengan pilih tools partitioningLogDklik kiri. Akan didapat hasil seperti gambar diatas, kemudian pilih nilai Log D pada pH 7,4 2.3 perhitungan deskriptor Harary dan Randic index Pilih tools  Geometry  Topology Analysis  klik kiri  Ok. Akan muncul hasil nilai Randic dan Harary index lingkaran merah seperti pada gambar diatas UIN Syarif Hidayatullah Jakarta 2.4 Pembuatan struktur pada Hyperchem Struktur yang telah dibuat kemudian ditambahkan atom hidrogen dengan cara: build add H model buildklik kiri

2.5 Optimasi struktur pada Hyperchem

optimasi dengan cara pilih setup semiempiricalklik kirikemudian pilih AM1Ok

2.6 Perhitungan deskriptor energi HOMO dan LUMO