UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Nilai energi bebas Gibbs yang kecil menunjukkan bahwa konformasi yang terbentuk adalah stabil, sedangkan nilai energi
bebas Gibbs yang besar menunjukkan tidak stabilnya kompleks yang terbentuk. Sedangkan penggunaan algoritma berperan dalam
penentuan konformasi docking pose yang paling stabil dari pembentukan kompleks Funkhouser, 2007.
2.11 Pemograman HKSA dan Penambatan Molekuler
2.11.1 Hyperchem Program HyperChem, merupakan program kimia aplikasi
32 bit, yang dikembangkan oleh HyperCube Inc. HyperChem merupakan program yang handal dari pemodelan molekul yang
telah diakui mudah digunakan, fleksibel dan berkualitas. Dengan menggunakan visualisasi dan animasi tiga dimensi hasil
perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika molekular, menjadikan HyperChem terasa sangat mudah digunakan
dibandingkan dengan program kimia kuantum yang lain. Program Kimia menyediakan fasilitas pembuatan model tiga dimensi 3D,
perhitungan mekanika molekular dan mekanika kuantum semiempiris dan ab initio. Disamping itu tersedia pula database
dan program simulasi Monte Carlo dan molecular dynamics MD Pranowo, 2009.
2.11.2 Protein Data Bank Protein data bank PDB;
http:www.pdb.org merupakan
kumpulan arsip tunggal mengenai data structural makromolekul biologi dari seluruh dunia. Penentuan struktur molekul protein yang
terdapat berkas PDB diperoleh dengan menggunakan data eksperimen. Data eksperimen ini berasal dari kristalografi sinar x
atau spektroskopi Nuclear Magnetic Resonance NMR.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Kemudian dilakukan proses dengan program komputer untuk membuat molekul yang paling sesuai dengan data eksperimen
Berman et al, 2000. PDB merupakan tempat penampungan data struktur 3D dari protein dan asam nukleat. Situs PDB dapat diakses
pada alamat http:www.pdb.org
oleh seluruh pengguna internet seluruh dunia secara gratis Yanuar, 2012.
2.11.3 Discovery Studio 4.0 Visualizer Discovery Studio Visualizer adalah penampil gratis yang dapat
digunakan untuk membuka, mengedit data serta alat untuk melakukan analisis data yang dihasilkan oleh perangkat lunak lain.
Perangkat ini dirancang untuk memberikan gambaran yang interaktif untuk melihat dan mengedit struktur molekul, urutan,
data refleksi X-ray, script, dan data lainnya.Aplikasi ini dapat digunakan pada Windows dan Linux dan terintegrasi dengan
desktop yang menyediakan akses ke fitur sistem operasi standar seperti sistem berkas, clipboard, dan percetakan Accelrys
Enterprise Platform, 2005.
2.11.4 MarvinSketch MarvinSketch merupakan aplikasi mendesain gambar struktur
yang didirikan oleh ChemAxon, perangkat lunak yang dikembangkan untuk bioteknologi dan farmasetikal industry.
MarvinSketch adalah perangkat chemical drawing berbasis Java yang memungkinkan membuat dan mengedit molekul dalam
berbagai format file DBM et al., 2014.
2.11.5 Autodock Autodock merupakan sebuah perangkat lunak yang dibangun
untuk melakukan suatu prosedur dalam rangka memprediksi interaksi sebuah molekul kecil dari suatu senyawa dengan molekul
target.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
Hal yang menyebabkan tercetusnya pembuatan software ini adalah karena adanya permasalahan dalam merancang suatu
senyawa bioaktif, khususnya dalam hal perancangan obat dengan bantuan komputer Computer Aided Drug Design. Program ini
bertujuan sebagai alat yang dapat digunakan pada computer untuk membantu proses pembentukan interaksi yang akurat Yanuar,
2012. Setiap proses docking dengan AutoDock membutuhkan paling
sedikit empat input file, yaitu: PDBQT file untuk ligan; PDBQT file untuk makromolekul atau reseptor; grid parameter file GPF
untuk perhitungan oleh AutoGrid; dan docking parameter file DPF untuk perhitungan oleh AutoDock Yanuar, 2012.
2.11.6 Autodock Vina AutoDock Vina adalah salah satu perangkat lunak yang tepat
dan dapat diandalkan yang tersedia untuk penemuan obat, penambatan molekul dan skrining virtual yang dirancang dan
diterapkan oleh Dr. Oleg Trott. Vina menawarkan fungsi yang beragam, tingkat kinerja tinggi dan meningkatkan akurasi untuk
mempermudah penggunaan. Perangkat lunak ini dapat dioperasikan dengan bantuan AutoDockTools ADT atau instruksi command
line. Untuk hasil input dan output vina, file type yang digunakan
dalah struktur molekul PDBQT seperti yang digunakan pada software
Autodock. Untuk pengaplaksiannya, hanya diperlukan struktur molekul yang akan di docking dan spesifikasi binding site
Yanuar, 2012.
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
2.11.7 Pymol Pymol adalah program visualisasi molekuler yang diciptakan
oleh Warren Lyford DeLano. Pymol memberikan kualitas gambar tiga dimensi yang baik dari molekul kecil dan makromolekul
seperti protein. Pymol merupakan salah satu program visualisasi yang
digunakan untuk memahami suatu struktur biologi dan dapat menampilkan gambar tiga dimensi yang berkualitas dan mampu
menyajikan tampilan struktur dalam beberapa warna dari suatu molekul kecil maupun makromolekul seperti protein. Visualisasi
sangatlah penting untuk lebih memahami dan mendalami struktur suatu molekul DeLano Bromberg, 2004.
2.11.8 LigPlot Program Ligplot secara otomatis menghasilkan skema
gambaran 2-D dari interaksi kompleks protein-ligan dari input file standar Protein Data Bank. Hasil Output yang diberikan berupa
warna, atau hitam-putih, file PostScript memberikan representasi sederhana dan informatif tentang interaksi antarmolekul dan
kekuatan interaksinya, termasuk ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik dan aksesibilitas atom. Program ini sepenuhnya secara
umum digunakan untuk ligan apapun dan juga dapat digunakan untuk menunjukkan jenis interaksi protein dan asam nukleat
Wallace et al., 1994.
31
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta
BAB 3 METODE PENELITIAN
