commit to user 13
Reaksi – reaksi seperti yang sudah dijelaskan tersebut diulangi lagi
sampai 25 – 30 siklus sehingga pada akhir siklus akan didapatkan molekul –
molekul DNA rantai ganda yang baru hasil polimerasi dalam jumlah yang jauh lebih banyak dibandingkan dengan jumlah DNA cetakan yang digunakan.
Banyaknya siklus amplifikasi tergantung pada konsentrasi DNA target di dalam campuran reaksi. Paling sedikit, diperlukan 25 siklus untuk
melipatgandakan satu kopi sekuen DNA target di dalam DNA genom mamalia agar hasilnya dapat di lihat secara langsung, misalnya dengan elektroforesis
gel agarose Sambrook et al., 1989.
5. DNA Mikrosatelit
Salah satu penanda molekuler yang sangat populer dewasa ini adalah mikrosatelit. Mikrosatelit adalah runutan DNA pendek berulang 2 sampai 6
basa nukleotida dan dapat berulang 10-100 kali, runutan yang paling banyak ditemukan pada mamalia adalah dC-dAn dan dT-dG n Moore et al.,
1991. Mikrosatelit merupakan salah satu penanda genetik yang sudah diaplikasikan secara meluas dalam bidang peternakan. Selain untuk uji test
keturunan, dapat pula digunakan untuk mengidentifikasi sejumlah sifat dengan nilai ekonomi tinggi dikarenakan DNA mikrosatelit sangat polimorfik dan
terdapat banyak dalam DNA genom Bawden dan Nicholas, 1999. Mikrosatelit SSR = simple sequence repeat merupakan salah satu
marka molekuler yang berupa urutan di-nukleotida sampai tetra-nukleotida yang berulang dan berurutan. Mikrosatelit merupakan marka genetik yang
bermanfaat karena bersifat kodominan, dapat mendeteksi keragaman alel pada
commit to user 14
tingkat tinggi, serta mudah dan tidak terlalu mahal untuk dianalisis dengan menggunakan PCR Muljopawiro, 2007.
Aplikasi penanda genetik molekuler untuk seleksi dan pemuliaan dapat meningkatkan mutu genetik ternak Bawden dan Nicholas, 1999. Mikrosatelit
merupakan penanda genetik yang sering digunakan untuk mempelajari sistem perkawinan dan struktur populasi Steffen et al., 1993, pautan linkage,
pemetaan kromoson, dan analisa populasi Silva et al., 1999. Mikrosatelit banyak digunakan oleh peneliti sebagai marka karena keberadaanya
melimpah, bersifat kodominan dan sangat polimorfik Bennett, 2000. Berikut hasil penelitian terdahulu mengenai amplifikasi DNA mikrosatelit sapi dengan
primer ILSTS068, yang identik dengan kerbau :
Gambar 4. Urutan nukleotida sapi marker mikrosatelit ILSTS068 dan identik dengan kerbau. garis tebal menunjukkan urutan primer Navani et al, 2002.
Marka mikrosatelit merupakan sekuen DNA yang bermotif pendek dan diulang secara tandem dengan 2 sampai 6 unit nukleotida yang tersebar dan
commit to user 15
meliputi seluruh genom, terutama pada organisme eukariotik. Pasangan primer mikrosatelit forward dan reverse diamplifikasi dengan PCR berdasarkan
hasil konservasi daerah yang diapit flanking-region marka untuk suatu gen pada kromosom. Menurut Powell et al. 1996, beberapa pertimbangan untuk
penggunaan marka mikrosatelit dalam studi genetik di antaranya 1 marka terdistribusi secara melimpah dan merata dalam genom, variabilitasnya sangat
tinggi banyak alel dalam lokus, sifatnya kodominan dan lokasi genom dapat diketahui; 2 merupakan alat uji yang memiliki reproduksibilitas dan
ketepatan yang sangat tinggi; 3 merupakan alat bantu yang sangat akurat untuk membedakan genotipe, evaluasi kemurnian benih, pemetaan, dan seleksi
genotip untuk karakter yang diinginkan; 4 studi genetik populasi dan analisis diversitas genetik. Kelemahan teknik ini adalah marka SSR tidak tersedia pada
semua spesies tanaman, sehingga untuk merancang primer baru membutuhkan waktu yang lama dan biaya yang cukup mahal.
Beberapa laporan menunjukkan adanya asosiasi yang signifikan antara lokus mikrosatelit dengan sifat kuantitatif seperti sifat produksi susu
Kantanen et al., 2000, lemak karkas Fitzsimmons et al., 1998, perbedaan tingkat fertilitas Oliveira et al., 2002 dan efisiensi reproduksi João et al.,
2005 pada beberapa bangsa sapi.
commit to user 16
B. Kerangka Pemikiran
