commit to user 21
suhu 2- 8 C sampai penggunaan berikutnya Certificate of Analysis; Wizard
TM
Genomic DNA Purification System, Promega Corporation, 2010.
3. Uji Kualitas dan Kuantitas DNA
DNA yang diperoleh dari hasil ekstraksi di uji kualitas dan kuantitasnya. Uji kualitas DNA dilakukan dengan elektroforesis horisontal
menggunakan gel agarose 1 dalam buffer TAE Tris-EDTA. Uji dilakukan dengan mencampur 5
DNA yang akan dicek dan 2 loading dye. 1 gel agarose dibuat dengan melarutkan 0,48 mg serbuk agarose dalam 48 ml 1 x
buffer TAE Tris-EDTA . Selanjutnya campuran buffer tersebut dipanaskan dalam microwave pada suhu sedang medium selama 2 menit. Setelah itu
Erlenmeyer dikeluarkan dari microwave dan ditunggu sampai suhu turun menjadi suhu kamar hangat, selanjutnya larutan gel agarose dituangkan ke
dalam cetakan yang sebelumnya telah dipasangi sisir dan ditunggu hingga gel mengeras. Setelah gel mengeras sisir diangkat dengan hati-hati untuk
menghindari rusaknya gel agarose, maka akan terbentuk sumuran – sumuran
kecil. Selanjutnya gel dimasukkan ke dalam tangki yang berisi 1X buffer TAE Tris-EDTA sampai terendam, kemudian sampel DNA dan Loading dye di
masukkan ke dalam sumuran-sumuran kecil pada gel agarose. Proses elektroforesis berlangsung selama 30 menit pada 85 volt, setelah proses selesai
gel agarose direndam dalam ethidium bromida. Ethidium bromida dibuat dengan mencampurkan 2 tetes EtBr yang dilarutkan dengan 100 ml aquades.
Hasil pemisahan fragmen DNA dideteksi dengan UV transluminator,
commit to user 22
kemudian difoto dengan menggunakan kamera digital. Apabila terdeteksi adanya pita berarti ekstraksi DNA dari sampel berhasil.
Uji kuantitas DNA dilakukan dengan metode spektrofotometri pada panjang gelombang 260 nm. Menurut formula yang digunakan dalam
perhitungan menggunakan alat RNADNA kalkulator menyatakan bahwa absorbansi A
260
1,0 sesuai untuk 50 µgmL DNA murni untai ganda, maka kadar DNA sampel dapat dicari melalui perhitungan
berikut : XµgmL =
Keterangan : X : kadar DNA yang dicari
A260 : absorbansi sampel DNA pada panjang gelombang 260 nm DNA dikatakan murni jika rasio kedua nilai tersebut berkisar antara 1,8
– 2,0. Jika nilai rasio lebih kecil dari 1,8 maka masih ada kontaminasi protein
didalam larutan Ratnayani K et al, 2009 .
4. Amplifikasi DNA mikrosatelit dengan Polymerase Chain Reaction PCR
